حافظ شیرازی را اگرچه با شعر و شاعری می‌شناسند، ولی بن‌مایه‌های فکری و ذوق عرفانی وی بیشتر مورد توجه اندیشمندان قرار گرفته است. امام خمینی^(ره) از جمله افرادی است که هرگاه به شعر حافظ نظر می‌کند، سویه‌های عرفانی آن را مد نظر دارد. ایشان بارها و بارها به اشعار حافظ استناد می‌کند و از کلام خود، گره می‌گشاید.

امام خمینی علی الاغلب در مواضعی که کلامی عرفانی را تبیین می‌کنند، از اشعار حافظ مدد می‌گیرند تا بر لطافت کلام خود بیفزایند. ایشان در کتاب آداب الصلاة، پس از آنکه پاره‌ای از مراحل سیر إلی ﷲ را در پیش چشم قرار می‌دهند، دست به دامان حافظ شیرازی می‌شوند و این‌گونه بیان می‌کنند: «پس ای طالب حق و سالک الی ﷲ! چون طائر خیال را رام نمودی و شیطان واهمه را به زنجیر کشیدی و خلع نعلینِ حب زن و فرزند و دیگر شئون دنیوی را نمودی و با جذوه نار عشق فطره الهی مأنوس شدی و «إنی آنست نارا» گفتی و خود را خالی از موانع دیدی و اسباب سفر را آماده کردی، از جای برخیز و از این بیت مظلمه طبیعت و عبور گاه تنگ و تاریک دنیا هجرت کن و زنجیرها و سلسله‌های زمان را بگسلان و از این زندان، خود را نجات ده و طائر قدس را به محفل انس پرواز ده. تو را ز کنگرهٔ عرش می‌زنند صفیر/ ندانمت که در این دامگه چه افتاده‌‌ست». (آداب الصلاة، ص ۵۲) امام خمینی پس از تبیین مراحل سلوک، به این بین از حافظ استناد می‌کنند و کلام خود را لطافت می‌بخشند.

امام خمینی^(ره) هرگاه در مبادی علم عرفان سخن می‌گفت، از کلام و قلم ثقیلی بهره می‌برد. در پاره‌ای موارد، کلام ایشان پیچیده به نظر می‌رسد و فهم آن دشواریاب است. ولی ایشان در همین مواقع دست به دامان حافظ شیرازی می‌شود و با ارائهٔ ابیاتی از وی، دست‌یابی به فهم معنا را سهل الوصول می‌گرداند. وی در تبیین پاره‌ای از اندیشه‌های خود این‌گونه می‌آورد: «اگر بخواهی از جنابت پدر که اصل تو است خارج شوی و لایق لقای حضرت محبوب شوی و استعداد وصول به مقام انس و حضرت قدس پیدا کنی، باید با آب رحمت حق، باطن دل را غسل دهی و از اقبال به دنیا که از مظاهر شجره منهیه است، توبه کنی و قلب خود را که محفل جناب جمیل و جمال جمیل است، از حب دنیا و شئون خبیثه آن، که رجز شیطان است شست‌وشو دهی که جنت لقای حق، جای پاکان است، شست‌وشویی کن و آنگه به خرابات خرام». (آداب الصلاة، ص ۷۶) امام خمینی با استناد به این شعر، معنای نهایی عبارات خود را مکشوف کرده است. این بیت از حافظ شیرازی است: شست‌و شویی کن و آنگه به خرابات خرام/ تا نگردد ز تو این دیر خراب آلوده.

امام خمینی در تفسیر سورهٔ حمد هم از اشعار حافظ برای فهم فحوای کلام مدد می‌گیرد و این‌گونه می‌گوید: «و بدان که سالک الی ﷲ و مجاهد فی سبیل ﷲ نباید به حد علمی این معارف قناعت کند و تمام عمر را صرف استدلال، که حجاب بلکه حجاب اعظم است، کند. چون که طی این مرحله با پای چوبین، بلکه با مرغ سلیمان نیز نتوان کرد». (تفسیر سوره حمد، ص ۳۰) اشارهٔ امام به این بیت حافظ است که «من به سر منزل عنقا نه به خود بردم راه/ قطع این مرحله با مرغ سلیمان کردم». به نظر می‌رسد اشعار حافظ چنان در ذهن و ضمیر امام خمینی حضور داشته است که در جای‌جای مباحث خود، آن ابیات را به خاطر می‌آورده‌اند و از آن یاد می‌کرده‌اند.

امام خمینی اما در برخی از مواضع نیز به تبیین و تفسیر اشعار حافظ می‌پرداخته‌اند و فهم ناصحیح از ابیات را تذکر می‌داده‌اند. ایشان هنگامی که در تبیین صفات خداوند سخن می‌گویند، فهم ناروا از ابیات حافظ را نیز تذکار می‌دهند: «یکی از اشکالاتی که کسی که اطلاع از مسائل ندارد مطرح می‌کند، این است که اهل عرفان می‌گویند «چون که بی‌رنگی اسیر رنگ شد…» با اینکه آن شعر در اصل مربوط به این باب نیست. آن‌ها اصلاً توجه هم نکرده‌اند که آن شعر مربوط به این باب نیست، مربوط به حقیقت نیست. مربوط به جنگی است که بین دو تا انسان واقع می‌شود، و مقصود او را چون متوجه نشده‌اند. از این جهت گفته‌اند که این کفر است با اینکه اصلاً ربطی به آن مسئله ندارد. مسالهٔ دیگری است که این همه جنگ‌ها که در تمام عالم واقع می‌شود، چیست و اساساً چرا جنگ واقع می‌شود. این رنگی که اینجا می‌گوید تعلقی است که بعضی شعرای دیگر هم در تعبیراتشان دارند».

ایشان در تفسیر «از آنچه رنگ تعلق پذیرد آزاد است» می‌گویند: بی‌رنگی آن است که تعلقی نداشته باشد به چیزی از طبیعت. وقتی تعلق نداشته باشد به طبیعت، نزاعی واقع نمی‌شود. تمام نزاع‌هایی که واقع می‌شود، مال این است که انسان‌ها تعلق‌ها دارند به طبیعت و طبیعت را هم به واسطه علقه‌هایی که دارند برای خودشان می‌خواهند. بنابراین، در هر شأنی از شئون، نزاع واقع می‌شود. ایشان این‌گونه ادامه می‌دهند که اگر در همه عالم انبیا جمع بودند، هیچ وقت دعوا نمی‌شد و این دعوا سر تعلقات است. همه دعواهایی که در عالم واقع می‌شود، سر این تعلقات است. «بی‌رنگی اسیر رنگ شد» یعنی اینکه فطرتی که رنگ نداشت، تعلق نداشت، وقتی اسیر تعلق شد، دعوایشان می‌شود. اگر این رنگ برداشته شود، موسی و فرعون هم آشتی می‌کنند. این باب، آن باب نیست. در عین حال آن کسی که این ایراد را می‌گیرد، متوجه نشده است که این راجع به دو تا موجودی است که با هم دعوا دارند، نه راجع به اصل مسئله. (تفسیر سوره حمد، ص ۱۷۸-۱۷۹)

امام خمینی، در مواجهه با حافظ شیرازی، از جنبهٔ عرفانی وی مدد می‌گرفت. مرحوم امام، حافظ را «عارف شیرازی» می‌نامید. انس امام با اشعار حافظ به گونه‌ای بود که در جای‌جای آثار خود و به کرّات از اشعار این شاعر عارف مدد می‌گرفت و برای گره‌گشایی از کلام خود به کار می‌بست.