سید موسی صدر پس از اتمام سیکل اول و بخش مقدمات علوم حوزوی، در خرداد سال ۱۳۲۲ رسماً به حوزه علمیه قم وارد شد. استادان فقه و اصول او در قم حضرات آیات سید محمد باقر سلطانی طباطبایی، سید جلال الدین طاهری، سید حسین طباطبایی بروجردی، شیخ عبدالجواد جبل عاملی، محمد حجت کوه‌کمری، سید احمد خوانساری و سید محمد محقق داماد بودند و فلسفه را نزد علامه سید محمدحسین طباطبایی و سید رضا صدر فرا گرفت. از دوستان اصلی و هم بحث صدر در قم، می‌توان سید موسی شبیری زنجانی، سید محمد بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و ناصر مکارم شیرازی را نام برد.