حاج‌آقا حسین قمی در زمان حضور در عراق نیز فعالیت‌های سیاسی داشت؛ از جمله صدور فتوای جهاد علیه متفقین در جنگ جهانی دوم. عمده‌‌ی اعتراض‌های او به دولت پهلوی نشان از منش یک روحانی سنتی می‌داد. او به انحلال مدارس مختلط، تعلیم دروس دینی در مدارس و تلاش برای تعمیر قبور ائمه بقیع(ع)، اصرار و تأکید داشت. ←