عملاً طلاب حوزه‌های علمیه و حتی اساتید هیچ سهمی در انتخاب مدیران و تعیین سیاست‌های کلی و حتی مسائل جزئی اجرائی حوزه‌های علمیه ندارند و جالب این‌جاست که این روند تشکیلاتی تا کوچک‌ترین مدرسه علمیه شهرستان‌ها نیز جاری است. در کنار همه‌ی این مسائل، برخی باورهای اعتقادی مانند ولایت مدیر مدرسه بر کلیه‌ی‌امور عملاً حالت تقدس به تصمیمات و رفتارهای مدیران می‌دهد و هرگونه انتقاد، مذموم تلقی می‌شود.