رسول جعفریان طی یادداشتی با انتقاد از برگزاری همایش «تصوف؛ شاخصه‌ها و نقدها» ـ که توسط دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم با همکاری پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی و پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (isc) برگزار می‌شود ـ نوشت:

• اینکه پژوهشی در باره تصوف یا هر مسأله دیگری بشود، تحقیقاتی صورت گیرد، آثاری از میراث آن، موافق و مخالف منتشر شود، مطلبی از جدای از این است که یک نهاد تبلیغی که کارش نهادینه کردن اخلاق دینی در جامعه است، به موضوعی بپردازد که بوی تفرقه و تشتت می‌دهد.
• سال‌هاست که این بنده خدا در باره منازعات صوفیه و فرق دیگر تحقیق می‌کنم و آخرین نمونه هم انتشار کتاب علم الهدی فرزند فیض کاشانی بود که دیدگاه‌های مهمی درباره صوفیه دارد؛ اما یادمان باشد که در اواخر دولت صفویه، با احساس تکلیف شماری از علما برای استوار کردن حق! دامنه منازعات مذهبی بالا گرفت و کار دست این دولت داد.
• این را بدانیم که ادبیات عرفانی و تصوف دست کم در زبان فارسی و در  عمق جان ایرانی فراگیر بوده و هست و وقتی شما به جان آن می‌افتید و با یک نهاد تبلیغی علم مخالفت با آن بر افراشته و علیه آن مقاومت می‌کنید، شمار زیادی را از خود می‌رانید.