در گفت‌وگو با حجت الاسلام اباذری تشریح شد؛

آیت الله ملکوتی در پی درخواست حضرات آیات محمد فاضل لنکرانی و علی مشکینی از آیت الله خامنه‌ای پس از کسب نظر موافق وی در خرداد ماه سال۱۳۷۴ به شهر قم برگشت. ایشان پس از ورود به قم، تدریس خارج فقه و اصول را آغاز کرده و یکی از مراجع تقلید و شخصیت‌های برجسته شیعه محسوب می‌گشت.