گفته می‌شود که آیتﷲ خویی، کم‌تر اجازه‌ی اجتهادی به شاگردان خود می‌داد. در این میان اما سه تن از فقها موفق به کسب این اجازه از مرحوم خویی شدند: میرزا علی فلسفی، سید علی سیستانی و سید تقی طباطبایی قمی.
آیتﷲ طباطبایی قمی از خاندان برجسته‌ی مرجعیت بود. وی نواده‌ی حاج سید محمود طباطبایی قمی بود. سید محمود از مراجع بزرگ تقلید معاصر محسوب می‌شد. فرزند سید محمود، آقا حسین طباطبایی قمی است. آقا حسین قمی بعد از درگذشت سید ابوالحسن اصفهانی مرجعیت عام یافته بود. وی به‌سبب اعتراض به قانون کشف حجاب شهرت بیش‌تری به دست آورد. به‌دنبال اجباری‌شدن کلاه شاپو و سیاست‌های تغییر لباس در دوران پهلوی اول، در تیر ماه ۱۳۴۱ آیتﷲ حسین طباطبایی قمی به پیشنهاد علمای مشهد جهت مذاکره با رضاشاه راهی تهران گردید. قمی در تهران در حصر قرار گرفت و ممنوع‌الملاقات شد. رضا شاه او را به عراق تبعید کرد. پس از این اعمال نابخردانه شاه پهلوی بود که واقعه‌ی مسجد گوهرشاد رقم خورد. آقا حسین قمی در زمان حضور در عراق نیز به فعالیت‌های سیاسی اقدام کرد و فتوای جهاد علیه متفقین را در جریان جنگ جهانی دوم صادر نمود. با سقوط رضاشاه، آقا حسین قمی هم در سال ۱۳۲۲ به مشهد بازگشت. وی با حضور در مشهد نیز به اعتراض‌هایی علیه دولت پرداخت. عمده‌‌ی اعتراض‌های او نشان از منش یک روحانی سنتی می‌داد. او به انحلال مدارس مختلط، تعلیم دروس دینی در مدارس و تلاش برای تعمیر قبور ائمه بقیع(ع)، اصرار و تأکید داشت.
فرزند آقا حسین، سید حسن طباطبایی قمی بود. پس از پدر، وی جانشینش شد. سید حسن اگرچه به مانند پدرش نفوذ مرجعیت گسترده‌ای نیافت، اما در مشهد از اقتدار فقاهت بهره می‌برد و مورد احترام بود. سید حسن نیز مانند آقا حسین، دستی در سیاست داشت. از او و آیتﷲ میلانی به‌عنوان رهبر مبارزات انقلابی در مشهد یاد می‌شد. ساواک با کنار هم نشاندن سیدحسن قمی و امام خمینی، از این‌دو به‌عنوان مخالفان جدی خود یاد کرده بود: «دو نفر روحانی جانب ستیزه‌جویی را رها نکردند؛ یکی سیدابوالحسن طباطبایی قمی، روحانی سرشناس مقیم مشهد که در اثر کینه‌هایی قدیمی که از زمان پدرش با اعلی‌حضرت رضا شاه کبیر بر جای مانده بود، از موضع مخالفت عدول نکرد و دیگری روحﷲ خمینی مدرس و مجتهد مقیم قم».[۱] سید حسن مانند پدر، مشی سنتی داشت. همین رویکرد سنتی سبب شده بود که در جریان مبارزات پیش از انقلاب زمانی که امام خمینی(ره) در جریان اعتصاب کارکنان شرکت نفت، گفته بود حقوق آن‌ها را از سهم امام و حتی سهم سادات پرداخت خواهد کرد، آیتﷲ قمی ابراز تعجب کرده و اختصاص سهم امام را به کارکنان شرکت نفت برنتابد.[۲] آیتﷲ خامنه‌ای در خصوص منش سنتی مرحوم قمی گفته بود: «آیتﷲ قمی (فردی کاملاً سنتی بود) مثلاً مشروطیت را قبول نداشت… معتقد بود که در مقابل قانون خدا، دکان قانون باز کردن است… هر کاری می‌کردیم که نشان بدهیم در چارچوب قوانین الهی قانون رانندگی هم مردم می‌خواهند که در قرآن نیست و باید یک جایی وضع شود… به خرج ایشان نمی‌رفت… با مرحوم آخوند خراسانی که طرفدار مشروطه بود… بد بود. یک چنین عقاید و افکاری داشت. روشن‌فکرها و قشر تحصیل کرده… جذب ایشان نمی‌شدند. اما چون جنبه‌های تقدس و پای‌بندی به تعصب‌های مذهبی از او زیاد بروز می‌کرد، عامه مردم به ایشان علاقمند بودند».[۳] همین رویکرد سنتی سیدحسن قمی سبب اعتراض‌هایی علیه وی شده بود. عمادالدین باقی که از منتقدان و مخالفان رفتارها و عقاید سید حسن قمی است، در نقد وی این‌گونه می‌گوید: «انگیزه مخالفت و مبارزه‌ی قمی با شاه، در واقع مبارزه با فساد و بی‌حجابی و مشروب‌فروشی و امثال این مسائل بود. یعنی اگر شاه مشروب‌فروشی را جمع می‌کرد و جلوی بی‌حجابی را می‌گرفت، در واقع حکومت از نظر آیتﷲ قمی مصداق حکومت اسلامی می‌شد. ایشان با این‌که اساس سلطنت مشروع هست یا نیست کاری نداشت».[۴]
فرزند دیگر حاج‌آقا حسین قمی، سید تقی بود. وی دایی امام موسی صدر بود. از همین‌رو سید احمد خمینی و فاطمه طباطبایی به مناسبت نسبت خانوادگی خود با سید تقی قمی، برای شروع زندگی مشترکشان در منزل ایشان ساکن شدند.[۵] سید تقی نیز رویّه‌ای سنتی را به دین می‌پسندید و بر آن جهد بلیغ می‌ورزید. کتبی که وی به رشته‌ی تحریر درآورده، نشان‌دهنده‌ی رویکرد و منش سنتی این فقیه خاندان قمی است. وی در کتابی که در شأن امیر المومنین(ع) نگاشته حتی از این‌گونه روایات اسطوره‌ای نیز مدد گرفته است: «گنجشک درباره‌ی علی(ع) چه گفت؟ موقعی که خضر(ع) با موسی(ع) ملاقات نمودند و گذشت بین آن‌ها آن‌چه که بود، گنجشکی آمد و یک قطره از آب دریا بر دست موسی(ع) نهاد. موسی از خضر پرسید: این چه باشد؟ به او گفت: این حیوان می‌گوید علم تمام اولین و آخرین در مقابل علم علی(ع) مثل قطره‌ای است نسبت به دنیا».[۶] سید تقی از این گونه روایات بارها و بارها بهره برد. مثلاً در خصوص وصایت امیرالمؤمنین(ع) نیز از نوشته‌ای بر بال جبرئیل حکایت می‌کند.[۷]
رویکرد سید تقی قمی در خصوص ماجرای کربلا نیز آمیخته با نگاهی سنتی و بعضاً اسطوره‌ای است. وی کتابی نیز در خصوص امام حسین(ع) به رشته‌ی تحریر در آورد و در مقدمه‌ی کتاب سبب نگارش آن را این‌گونه ذکر کرد: «چنین می‌گوید این بنده عاصی، عاجز درمانده. نظر به این‌که به حکم قطعی الهی هر فردی خواه ناخواه از این عالم باید رخت بر بندد و در پس این زندگی عاریتی عالمی دیگر است، ابدی و تمام نشدنی و هرکس مسئول اعمال خود می‌باشد، و به حکم عقل و نقل برای عالم آخرت و در زمان برزخ و تهیه وسیله‌ای برای نجات، پس از حساب رستاخیز باید فکری نمود و توشه برای این راه پر خطر اندوخت؛ لذا این بنده گنه‌کار مدت‌هاست در این اندیشه بودم که خود را به‌وسیله حکمی متصل نمایم و دست توسل به دامن فردی که در درگاه الهی آبرویی داشته باشد، بیاویزم. اخیراً به‌نظرم رسید چه بهتر که این وسیله را عزیز زهرا قرار دهم که در رتبه‌ی اول آبرومندان درگاه خداست و با کمی مجال و ضعف و ناتوانی و قلّت بضاعت به یاری خودش قطره‌ای از فضائل و مناقب این مرد الهی و این حجت بزرگ خدا را به‌رشته‌ی تحریر در آورم و در اختیار عموم گذارم؛ شاید از این طریق مورد توجه آن بزرگوار واقع گردم تا به این وسیله سعادتی نصیبم شود و به فوز عظیم نائل آیم».[۸] سید تقی طباطبایی قمی با این منش و رویکرد بود که بر دین نظر می‌کرد و بر خاندان اهل بیت(ع) توسل می‌جست. او در محرم‌الحرام و در کربلای معلی دیده از جهان فرو بست و شاید به همان فوز عظیمی که آرزوی آن‌را داشت نائل آمد؛ روحش شاد.