گزارش‌های اولیه از مواجهه آیتﷲ خویی و امام خمینی نشان می‌دهد که این دو روابط حسنه‌ای داشته‌اند. اگر مشکلاتی میان دیگر مراجع وجود دارد، میان این دو صفا و صمیمیتی حاکم است. زمانی که آیتﷲ خمینی به نجف تبعید می‌شود به دیدار مراجع می‌رود. اگرچه دیدار با آیتﷲ حکیم به مباحثی انجامید که از اختلاف دیدگاه‌های این دو خبر می‌داد، اما دیدار با آیتﷲ خویی به نیکی برگزار شد. آیتﷲ رسولی محلاتی که در این دیدارها امام خمینی(ره) را همراهی می‌کرده است می‌گوید: «از منزل مرحوم آیتﷲ حکیم که بیرون آمدیم، به منزل آیتﷲ خویی رفتیم. بین راه به امام عرض کردم که به خاطر اطلاعیه‌های خوبی که آیتﷲ خویی در حمایت از نهضت داده‌اند، جا دارد از ایشان تشکر ویژه‌ای به‌عمل آورید. امام هم پذیرفتند و با بیان شیوای خود به‌خاطر مجموع کارهایی که آیتﷲ خویی در نجف، به حمایت از نهضت اسلامی انجام داده بودند، از ایشان تشکر کردند. این مجلس مجلس خوبی بود و مرحوم آیتﷲ خویی با رویی خوش برخورد نمودند و از صحبت‌های امام ابراز خرسندی کردند».[۱]
در این میان عده‌ای بر آن بودند تا میان این دو مرجع، اختلاف‌افکنی کنند؛ اما با درایت حضرات خمینی و خویی، اختلافاتی بروز نمی‌کرده است. آیتﷲ مسعودی خمینی خاطره‌ای نقل می‌کند به این مضمون که عده‌ای می‌خواسته‌اند میان این دو مرجع، اختلافاتی ایجاد کنند؛ اما برخوردهای این‌دو به‌گونه‌ای بوده که مانع از سوء استفاده دیگران می‌شده است: «شنیدم که چند نفر از فریب‌خوردگان به انگیزه خراب کردن چهره حضرت امام، حدود سه چهار هزار دینار به‌عنوان وجوهات شرعی برای امام می‌آورند. بعد از چند روز مجدداً مراجعه می‌کنند و می‌گویند: آقا اشتباهی به‌وجود آمده است؛ وجوهی که باید به آقای خویی بدهیم را اشتباهاً به شما داده‌ایم؛ شما لطف کنید و آن را به ما مسترد کنید! حضرت امام بی‌درنگ برمی‌خیزند و وجه مزبور را بازمی‌گردانند و حدود یک ربع از مقام و منزلت آقای خویی تعریف می‌کنند و از ایشان به‌عنوان یکی از استوانه‌های علمی یاد می‌کنند و می‌گویند: این مقدار وجه که قابل ایشان را ندارد. تمام وجوهی که برای من می‌آورند، در اختیار ایشان است! ما شاگردان ایشان هستیم و مانند آن. این برخورد حضرت امام مانند بمب در نجف صدا می کند…».[۲] در آستانه انقلاب اسلامی نیز نامه‌هایی به آیتﷲ خویی نوشته می‌شد تا میان ایشان و آیتﷲ خمینی اختلاف افکنی شود. در یکی از این نامه‌ها که از قم به نجف نوشته شد، آمده بود: «بیانات آقای خمینی در مسجد شیخ و اعلامیه و نواری که در قم منتشر است، غیر از این که باعث شده عده‌ای هدف گلوله قرار گرفته و عده‌ای دیگر زندانی و تبعید شوند، نتیجه دیگری نداشته و نخواهد داشت. قبل از این واقعه دولت نسبت به زندانیان ارفاق و عده‌ای را مرخص و قرار بود سایرین را نیز تا عید نوروز مرخص نماید؛ اما مجدداً شروع به سخت‌گیری نموده، حتی ملاقات زندانیان را فقط سه دقیقه مجاز اعلام کردند».[۳] ساواک اما در تحلیل این نامه گفته است که این‌گونه نامه‌ها نه‌تنها ثمری ندارد، بلکه نتایج عکس به‌همراه دارد و روابط خویی و خمینی را صمیمی‌تر می‌کند.
اگرچه در برخی موارد اختلافات عقیدتی و اندیشه‌ای میان آیتﷲ خمینی و آیتﷲ خویی وجود داشته است، اما این‌دو می‌کوشیدند تا این اختلاف رأی سبب سوء استفاده دیگران و شکسته‌شدن حرمت‌ها نشود. می‌گویند یکی از مریدان و اطرافیان آیتﷲ خویی که اغلب در خدمت ایشان بوده و نسبت به امام(ره) نظر منفی داشته است، به آیتﷲ خویی می‌گوید: آقا اگر اجازه بدهید، می‌خواهم کمی برای شما از علم رجال بگویم. آیتﷲ خویی درمی‌یابد که منظور از تعبیر علم رجال، منفی‌بافی و غیبت از امام خمینی است و با این‌که کسی حضور نداشته است، اجازه نمی‌دهد و با صراحت می‌گوید: نه! لازم نیست.[۴] آیتﷲ خویی نمی‌گذاشته است دیگران در روابط میان ایشان و آیتﷲ خمینی اختلال ایجاد کنند و میان این دو تفرقه افکنند. ایشان حتی هنگامی که فعالیت‌های سیاسی خود را کاهش داده بود، از اختلاف نظر سیاسی خود با آیتﷲ خمینی، حرفی به متولیان امور سیاسی نمی‌گفت. زمانی که شریف‌امامی به نجف رفته بود و قصد می‌کند خدمت آیتﷲ خویی برود، آیتﷲ وی را به حضور نمی‌پذیرد. شریف امامی می‌گوید: مسأله‌ای دارم و می‌خواهم در خصوص سیاست ایران صحبت کنم. آقای خویی پاسخ می‌دهد: ما را همان است که آقای خمینی می‌فرمایند.[۵]
وقتی که شایعه اعدام امام خمینی فراگیر شده بود، آیتﷲ خویی به همراه آیتﷲ شاهرودی نزد آیتﷲ حکیم می‌روند و از ایشان می‌خواهند تا الساعه اقدامی بکند.[۶] پس از پیروزی انقلاب هم گزارش‌ها حاکی از روابط مسالمت‌جویانه این دو است. در مجلسی که جمع کوچکی از فضلای معتمد نزد آیتﷲ خویی حضور داشته‌اند، یک نفر از حاضرین نقل می‌کند که چندی است در ایران مسأله جدیدی رسم شده است. ایشان می‌پرسند: چه رسم شده است؟ آن طلبه می‌گوید: رسم انداخته‌اند که بعد از نمازها بگویند: خدایا خدایا تا انقلاب مهدی خمینی را نگه دار، از عمر ما بکاه و به عمر او بیفزا! آیتﷲ خویی می‌گوید: خوب چه اشکالی دارد؟ یکی از حاضرین می‌گوید (احتمالاً) نوعی بدعت بعد از نماز در تعقیبات نماز ایجاد شده… ایشان در جواب می‌گوید: دعاست و بدعت نیست….یک نفر از حاضرین می‌گوید: بنابراین شما این امر را صحیح می‌دانید؟ آیتﷲ خویی می‌فرمایند: بلکه واجب می‌دانم».[۷]
حجت‌الاسلام بنابی از روابط صمیمانه آیتﷲ خمینی و مرحوم خویی در اوایل سخن می‌گوید و این‌که وقتی امام از ترکیه به عراق تبعید شد، آیتﷲ خویی هیأتی را به نمایندگی از سوی خود به همراه صدها طلبه جوان برای دیدن امام و استقبال از ایشان به کاظمین فرستاد و روابط این دو بزرگوار در نجف هم در اوایل بسیار خوب بود. وی اما اذعان می‌کند: خدا لعنت کند کسانی را که به‌خاطر دنیای خود، در این برهه سعی نمودند روابط حسنه‌ی ایشان را با امام به هم بزنند و تیره نمایند و تا حدودی هم سردی ایجاد کردند.[۸] آری؛ همان‌گونه که حجت‌الاسلام بنابی نیز می‌گوید، در پاره‌ای موارد نیز میان حضرات خمینی و خویی اختلافاتی ایجاد شد که طرفداران به آن دامن زدند.
ساواک در سال ۱۳۴۷ش گزارش داد که باطناً بین آیتﷲ خمینی و آیتﷲ خویی اختلافات شدیدی به‌وجود آمده… اگرچه ظاهراً با آقای خمینی اختلاف سلیقه دارند، ولی به‌علت این‌که آقای خمینی حقوق ماهیانه هفتاد درصد محصلین علوم دینی حوزه‌های علمیه نجف، کربلا، کاظمین، سامرا و هم‌چنین شهریه اکثر طلاب شهرستان‌های قم، مشهد و تهران را مرتباً و به‌موقع پرداخت می‌نماید، از مشارالیه حمیات می‌کند.[۹] گزارش ساواک اگرچه مغرضانه به‌نظر می‌رسد، اما اختلافاتی میان مرحوم خویی و آیتﷲ خمینی نیز به‌وجود آمده بود. روابط این دو به نحو حسنه‌ای باقی نماند و اختلافاتی درگرفت. اختلافات هم بیش‌تر رنگ و بوی مسایل سیاسی داشت و کدورت‌هایی را میان این دو ایجاد کرده بود. مباحثه‌ای که میان مرحوم خویی و امام خمینی در نجف بر سر مسایل سیاسی درگرفته بود، میان طلاب حوزه زبان به زبان می‌گشت و حتی بحث‌های حوزوی تحت‌الشعاع آن قرار گرفته بود.[۱۰]
آیتﷲ خاتم یزدی می‌گوید: «امام خمینی در چند مورد به گلایه از آیتﷲ خویی پرداختند. مورد اول ملاقات ایشان با فرح همسر محمدرضا پهلوی مربوط می‌شد که حضرت امام ضمن بازگو کردن این قضیه برای ما که در پاریس در خدمتش بودیم، آن را کار چندان درستی ندانست. مورد دوم نیز درباره یکی از جوانان انقلابی اهل قم بود که برادرش در حین تظاهرات در دانشگاه کشته شده بود و ایشان ضمن تشرف به نجف اشرف خدمت آقای خویی رفته وماجرای شهادت برادرش را به‌وسیله مزدوران رژیم بیان کرده، اما آقای خویی به‌جای تجلیل از آن شهید و تسلیت به ایشان گفته بود: برادرت چرا با دست خالی به مقابله با توپ و تانک و سربازان تا دندان مسلح شاه رفته است؟ آدم عاقل که به چنین کاری دست نمی‌زند. به‌هرحال این شخصِ برادرشهید‌شده، در سفری که به فرانسه آمد و با امام ملاقات کرد، ماوقع را به اطلاع ایشان رساند که باعث ناراحتی و تکدر خاطر شدید معظم له گردید؛ به همین جهت در اعتراض به آقای خویی فرمود: اگر واقعاً تصور شما این است که فردی بر اساس اعتقاد و عقیده‌اش به اسلام، مقابل گلوله دشمن قرار گرفته و به شهادت رسیده، کار ناصوابی انجام داده است، حداقل انتظار این بود که شما تصورتان را، آن هم به این صورت برای برادر شهید بازگو نکنید».[۱۱]
موارد دیگری هم بود که آیتﷲ خمینی، رفتارهای آیتﷲ خویی را نمی‌پسندید و اعتراض می‌کرد. زمانی که دستگاه حاکم عراق، یکی از وزرای خود را نزد آیتﷲ خویی می فرستد و اجازه ملاقات می‌گیرد نیز آیتﷲ خمینی، رفتار آیتﷲ خویی را نمی پسندد. عمید زنجانی ماجرا را این‌گونه توضیح می‌دهد: «دستگاه حاکم عراق وزیری داشت … او را به نجف فرستادند تا آقایان را ببینند و برای ملاقات با رییس‌جمهور عراق – جهت شکستن صولت آقای حکیم – آماده کنند. وی چون در دوران جوانی‌اش با آقای خویی رفاقت داشت، به منزل آقای خویی رفته بود. دستگاه حکومتی آقای خویی را برای این ملاقات آماده کرده بود و آقای خویی وعده داده بود ملاقاتی در صحن با رییس جمهوری داشته باشد… در بیت آقای خویی خیلی جا انداخته بودند. اطرافیان آقای خویی به این فکر افتاده بودند که وی در این شرایط می‌تواند جایگزین آقای حکیم شود تا به این طریق مرجعیت مطلق برای آقای خویی فراهم گردد. نمی‌دانم این فکر از طرف آقای خویی بود یا اطرافیان او این فکر را کرده بودند که اگر بتوانند امام را راضی کنند که امام هم در این ملاقات باشد. این‌ها بین خودشان فکر کرده بودند و به این نتیجه رسیده بودند که بیایند و از طریق من مسأله را به امام منتقل کنند…. امام یک لبخندی زد و بعد هم یک قیافه خیلی جدی و آمرانه‌ای گرفت و فرمود: نه‌تنها من این ملاقات را نمی‌پسندم، بلکه ملاقات هم نمی‌کنم؛ چون تا حالا با هیچ‌کس از این‌ها ملاقات نکرده‌ام؛ و بعد سه بار این کلمه را تکرار کرد و فرمود: الان رییس حوزه آقای حکیم است و آقای خویی هم باید رعایت کنند».[۱۲] آیتﷲ خمینی، رفتار مرحوم خویی را نپسندید و اذعان داشت که ایشان می‌باید شأن و منزلت مرجعیت را نگه دارد و در اعمالی که برعهده یک زعیم است مداخله نکند.
در این مقطع ارتباط آیتﷲ خمینی و آیتﷲ خویی به‌گونه ای بوده که مسئول ساواک در گزارش خود به اختلاف میان این دو اشاره می‌کند و ابراز می‌دارد که می‌توان با تکیه بر آیتﷲ خویی اهداف خود را پیش برد. تحلیل‌گر ساواک این‌گونه می‌گوید: «اگر امرای ارتش یا شخصیت‌های بلندپایه‌ی مملکت بروند پیش آیتﷲ سید ابوالقاسم خویی – که از علمای طراز اول جهان شیعه است و نکته قابل توجه آن‌که او هیچ اقدامی علیه دولت ایران نکرده و نیز من کاملاً اطلاع دارم که با آیتﷲ خمینی اختلاف سلیقه دارد و مریدان او با خمینی هم اختلاف دارند و مسلّم است که بیش‌تر آخوندهای ایران به‌خصوص آن‌هایی که اهل فضل و دانش هستند با آیتﷲ خویی بسیار خوبند- بسیار جالب خواهد شد که او را با افتخار تمام به ایران دعوت کنند و مقامات عالی‌رتبه ایران پیش او بروند؛ به‌خصوص امرای ارتش به او قول بدهند که با قوانین اسلامی مخالفت نمی‌شود؛ ما آن‌چه خواست مراجع عالی‌قدر شیعه هست را انجام خواهیم داد. ضمناً به آیتﷲ خویی بگویند و او را تفهیم کنند که آیتﷲ خمینی حاد و تند است و غیر مستقیم استقلال را به خطر انداخته؛ او معتقد است که حکومت جمهوری اسلامی تشکیل شود. کدام کشور جمهوری در دنیا وجود دارد که به اصطلاح خفقان و اختناق نیست و مردم آن آزادی کامل دارند…. بالأخره اگر آن‌ها نظر آیتﷲ خویی را جلب کنند و از او کمک بخواهند، کمک به خاموش کردن آشوب ایران است. حتی اگر زمینه را فراهم سازند که شاهنشاه آریا‌مهر با او ملاقات کند بهتر خواهد بود».[۱۳] این گزارش از اختلاف دیدگاه حضرات آیات خمینی و خویی خبر می‌دهد. این دو اگرچه در بسیاری مواقع مسالمت‌جویانه و مهربانانه با هم مواجه شدند، اما در پاره‌ای موارد نیز کج‌خلقی‌هایی نسبت به هم روا داشتند. شاید رفتار اطرافیان این دو، از عوامل مهم برجسته‌شدن اختلافات میان آن‌ها بود. در بخش بعد به اختلاف میان طرفداران این دو مرجع خواهیم پرداخت.