حامیان انقلاب به دلیل مخالفت با مشرب سیاسی آیت‌ﷲ شریعتمداری، در محفل درسی وی شرکت نمی‌کردند. بعضاً حضور پای درس دیگر بزرگان حوزه را بهانه می‌آوردند و از شرکت در محفل وی سرباز می‌زدند. بعد از فوت آیت‌ﷲ محقق داماد، یکی از حامیان آیت‌ﷲ شریعتمداری به آیت‌ﷲ ربانی می‌گوید که تا به حال شما می‌گفتید ما می‌خواهیم به درس آقای داماد برویم؛ حال که ایشان از دنیا رفته است، جواب خدا را چه می‌دهید که در درس این سید (شریعتمداری) شرکت نمی‌کنید؟ ربانی پاسخ می‌دهد: برای ما شرکت در درس ایشان چندان مطلوب نیست.^‏[۱]‎ قرار بر آن می‌شود که آیت‌ﷲ طاهری به نحو آزمایشی به مدت یک هفته پای درس آیت‌ﷲ شریعتمداری برود و از نیک و بد محفل وی گزارش دهد تا دیگران نیز در مورد حضور یا عدم حضور در آن مجلس تصمیم‌گیری کنند. وی اما پس از دوسه روز حضور در محفل شریعتمداری گفته بود: انصافاً ایشان باید نزد امام مکاسب بخواند.^‏[۲]‎

مخالفت با طریقه‌ی تدریس آیت‌ﷲ شریعتمداری سویه‌های سیاسی داشت. آیت‌ﷲ مؤمن اذعان کرده است که آقای شریعتمداری به عدم همکاری با مبارزات متهم بود و حضور در درس ایشان چندان لطفی نداشت.^‏[۳]‎ آیت‌ﷲ مسعودی خمینی نیز قریب به همین سخن را تأیید کرده و گفته که مرحوم شریعتمداری از نظر علمی و فقهی فرد ملایی بود؛ ولی چه سود وقتی یک نفر با وجود این مراتب بالا … حرکات ناشایستی انجام دهد.^‏[۴]‎

مرحوم عمید زنجانی اما شیوه تدریس آیت‌ﷲ شریعتمداری را مورد تحسین قرار می‌دهد و می‌گوید: «من دو سال به درس آقای شریعتمداری رفتم؛ ذوق فقهی آقای شریعتمداری جالب بود؛ حالا کاری به شخصیت سیاسی ایشان ندارم؛ بنده چیزی از ایشان فرا گرفتم که در درس‌های دیگر ندیدم و از امتیازات درسی ایشان محسوب می‌شد؛ آن مسأله اشباه و نظایر بود. ایشان وقتی یک بحثی را عنوان می‌نمودند، سعی می‌کردند از اقوال مختلف فقهی برای تشریح و آمادگی ذهن و به‌عنوان استدلال، نظایرش را جمع کنند».^‏[۵]‎

گفته می‌شود که شیوه‌ی تدریس آیت‌ﷲ شریعتمداری با نیازهای زمان انطباق بیش‌تری داشته است؛ به‌گونه‌ای که تدریس  بحث اوقاف وی، مورد استقبال برخی از منتقدان نیز قرار می‌گیرد.^‏[۶]‎ همچنین نقل شده که آیت‌ﷲ شریعتمداری فردی منضبط و اهل برنامه‌ریزی بود و در آن سال‌ها کم‌تر مجتهدی این‌قدر انضباط فکری داشت.^‏[۷]‎ وی بعد از طرح تیترهای مطالب و تشریح آن‌ها، در نهایت مطالب را جمع‌بندی می‌کرد و با کلمه «فتخلّص» مطالب را خلاصه می‌نمود. مرحوم شریعتمداری بر این باور بود که طلاب باید برای خارج و داخل دروسی جدید را بخوانند و زبان‌های خارجی را فرا بگیرند تا بتوانند مؤثر باشند.

نیز نقل می‌کنند که هر روز مهم ترین مقاله‌های تایمز، گاردین، لوموند و واشنگتن پست را برای آیت‌ﷲ شریعتمداری ترجمه می‌کردند و کم نبود مواقعی که وی در سخنانش از فلان‌مفسر رادیو انگلستان یا امریکا یا روس نام می‌برد.^‏[۸]‎ مخالفان آیت‌ﷲ شریعتمداری اگرچه بعضاً شیوه تدریس وی را هم می‌پسندیده‌اند، اما به علت مشی سیاسی وی از رفتن به درس وی خودداری می‌کردند.

محل‌ تدریس امام و آیت‌ﷲ شریعتمداری هم باعث اختلاف میان طرفداران این دو شده بود. آیت‌ﷲ عمید زنجانی دراین‌باره می‌گوید: «آقای شریعتمداری صبح ساعت ۹ می‌آمد و امام ساعت ۸ صبح. گاه که امام یک کمی دیرتر می‌رسید و پایان درس کمی از ساعت ۹ می‌گذشت طلابی که می‌خواستند در درس آیت‌ﷲ شریعتمداری شرکت کنند، پشت شیشه‌های درب اجتماع می‌کردند که صورت خوشی نداشت و ماها که بیرون می‌آمدیم، اعتراض می‌کردند. من یادم هست که یکی از فضلای درس آیت‌ﷲ شریعتمداری که آن زمان به درس امام نمی‌آمد، جلو ما را گرفت و خیلی تند با ما برخورد کرد – وی الان هم یکی از مقامات کشور است و به همین خاطر اسمش را نمی‌برم – وی معترض بود که چرا این‌طور حق ایشان ضایع می‌شود و ما مسأله را خدمت امام منتقل کردیم».^‏[۹]‎ درمجموع، اختلاف میان طلاب حامی مرحوم شریعتمداری و مرحوم امام، در این‌گونه مباحث هم رسوخ کرده و سیاست،  در داوری علمی و فقهی هم اثر گذاشته بود.