ورود عقل به عرصه­ دین به این سادگی‌ها ممکن نبوده و نیست. تأکیدهای مکرر متون دینی بر توجه به عقل و عقلانیت هم مورد تفسیرهایی قرار گرفته و بعضاً مَنش عقل‌گریزی را توصیه کرده‌­اند. میرزا مهدی اصفهانی نمونه‌­ای از این قبیل بود که صراحتاً عقل بشری را در مقابل با علم الهی قرار می‌­داد. معتقد بود که میان این دو هیچ نسبت سازشی برقرار نیست، علوم الهی براساس مراجعه به آیات و روایات به دست می‌­آید و براساس تضرّع و خشوع در پیشگاه خداوند حاصل می‌­شود، اما علوم بشری در مقابل آن است و به بیراهه می‌­رود^‏[۱]‎ . این نحوه رویکردها البته فروکش نکرده و همچنان نیز حامیانی دارد.

در مقابل اما بوده‌­اند حامیان عقل و عقلانیت که دینداری را در قرابت با سیره‌­ی عقلی تفسیر کردند. علامه طباطبایی از آن جمله بود. او قدم در طریقت عقلانیت دینی گذاشته بود. معتقد بود که هدایتِ اسلام براساس علم و معرفت است، نه تقلید مقلدانه و کورکورانه. وی در «تفسیر المیزان»، صراحتاً از عقل و علم انسانی به دفاع پرداخت و عنوان کرد که: دین خدا می‌­خواهد تا جایی که افراد بشر ظرفیت و استعداد دارند، علم را در دل‌هایشان متمرکز کند، چون غرض دین، معرفت است و این غرض حاصل نمی‌­شود مگر از راه علم. چگونه این طور نباشد؟ با اینکه در میان کتب وحی، هیچ کتابی و در بین ادیان آسمانی هیچ دینی که مثل قرآن و اسلام مردم را به سوی تحصیل علم تحریک و تشویق کرده باشند، نیست^‏[۲]‎ .

اینگونه بها دادن به عقل انسانی را می‌­توان در آراء علامه طباطبایی شاهد بود، اما یکی از نتایج توجه به عقل و عقلانیت، ایجاد شک و شبهه است. اگر شبهه‌­ای در ساحتِ دین رخ داد، چه باید کرد؟ آیا به این بهانه می‌­توان از میدانِ عقلانیت پای پس کشید؟ پاسخ علامه این بود که ایجاد شبهه نیز امری طبیعی است و نمی‌­باید از آن هراسی به دل راه داد. تعبیر او این‌چنین بود که: «بر مسلمانان واجب است که در حقایق دین تفکر و در معارفش اجتهاد کنند، تفکر و اجتهادی دسته جمعی و به کمک یکدیگر و اگر احیاناً برای همه آنان شبهه‌­ای دست داد و مثلاً در حقایق و معارف دین به اشکالی برخوردند و یا به چیزی برخوردند که با حقایق و معارف دین سازگار نبود، هیچ عیبی ندارد. صاحب شُبهه و یا صاحب نظریه‌­ی مخالف، لازم است شُبهه و نظریه خود را بر کتاب خدا عرضه کند. یعنی در آنجا که مباحث برای عموم دانشمندان عرضه می‌­شود، مطرح کند. اگر دردش دوا شد که هیچ و اگر نشد آن را بر جناب رسول^(ص) عرضه بدارد و اگر به آن جناب دسترسی نداشت، به یکی از جانشینان ایشان عرضه کند، تا شبهه‌­اش حل و یا بطلان نظریه‌­اش (البته اگر باطل باشد) روشن گردد»^‏[۳]‎ .

مرحوم علامه طباطبایی با این رویکرد به مواجهه با مفاهیم دینی می‌­رفت. او در خصوص پاره‌­ای از مفاهیم دینی که دشواریاب بوده و نیاز به تأملات دقیقی داشتند، به میدان آمد و از برخی از این مفاهیم گره‌گشایی کرد. یکی از این مقولات، مسأله معاد جسمانی بود. فهم مسأله معاد جسمانی برای بسیاری دشوار شده بود تا آنجا که ابوعلی سینا اعلام کرد که با عقل و منطق و برهان نمی‌­توان به فهم معاد جسمانی نائل آمد. او گفت که آنچه که نبیّ مکرّم اسلام گفته است را می‌­پذیرم، اما برای آن دلیل و برهانی نمی‌­شناسم و عقل را به این عرصه راهی نیست^‏[۴]‎ . این سخنِ بوعلی سبب شد تا امام محمد غزالی این سخن را برنتابد و حکم به تکفیر بوعلی سینا دهد^‏[۵]‎ .

برخی دیگر از فیلسوفان و متفکرین اسلامی هم درپی فهم از معاد جسمانی و بدن اُخروی برآمدند. علامه حلّی گفت که آن جسم اُخروی که برانگیخته می­‌شود، همین جسم دنیایی و بدنی است^‏[۶]‎ . ملاصدرای شیرازی ادعا کرد که نفس انسانی در قیامت، بدنی دیگر را برای خود می‌‌سازد که شباهت تام با بدن دنیوی‌­اش دارد^‏[۷]‎ . آقا علی زنوزی رأی ملاصدرا را نپذیرفت و معتقد شد که بدن در قیامت توسط نفس ساخته نمی‌­شود، بلکه بدن دنیایی پس از جدایی نفس از بدن، همچنان به حرکت و تکامل خود ادامه می‌­دهد تا به جایی که شایستگی رسیدن مجدد به نفس و قرار گرفتن در آخرت را بیابد^‏[۸]‎ . شیخ احمد احسایی هم نظریه­‌ای را طرح کرد و گفت که بدنِ دیگری به همراه انسان است. این بدن قابل رؤیت نیست. پس از مرگ این بدن نامرئی است که از جسم و بدن اول جدا شده و به سرای آخرت پای می‌گذارد^‏[۹]‎ .

اینگونه مباحث در خصوص معاد جسمانی درگرفته بود. علامه طباطبایی هم به این میدان وارد شد. او ابتدا از معنای حقیقی معاد سخن گفت و عنوان کرد که معاد به معنای بازگشت اشیاء با تمام وجودِ خود به حقیقتی است که از آن وجود یافته‌­اند. این بازگشت ضروری و حتمی است. در نتیجه، وجودی که مراتب و جهات مختلف دارد، لازم است که با تمام وجود خود به آنجا بازگردد. پس ملحق شدنِ بدن به نفس در قیامت، امری ضروری است^‏[۱۰]‎ .

علامه با توجه به اینکه بدن را تابع و ظلّ نفس می‌­دانست، عنوان می‌­کرد که بدن در هر موطنی ماده‌­ی مخصوص به خود را دارد. به تعبیر دیگر، نفس، حقیقت است و بدن به عنوان امری تبَعی به آن ملحق می‌­شود. بدن مرتبه‌­ی نازله‌­ی نفس است. به تعبیر علامه، بین نفس و بدن دوگانگی‌­ای وجود ندارد؛ بلکه بدن شأنی از شئون نفس محسوب می‌شود. انسان جامع نفس و بدن است و آن چیزی که حقیقت و شخصیت انسان را تشکیل می‌­دهد، همان نفس اوست. با این تعبیر می‌­توان دریافت، حقیقتی که در عالم آخرت وجود دارد، عین همان نفس و حقیقتی است که انسان در این دنیا برای خود ساخته است. بدنی مطابق با این نفس نیز در عالم آخرت به او ملحق می‌­شود. به این ترتیب، میان نفس و بدن جدایی وجود ندارد. بدن شأنی از شئون نفس است. انسانی که در عالم آخرت برانگیخته می‌­شود، نفسی عین همین نفس دنیوی را دارا می‌‌باشد. اما بدنی مطابق با عالم آخرت به او ملحق می‌­شود و معاد جسمانی محقق می­‌گردد.

طباطبایی با این رویکرد عقلی و فلسفی، کوشید تا گره ماجرای معاد جسمانی را بگشاید. او در برخی دیگر از اعتقادات دینی نیز با همین رویکرد به مواجهه برخاست. او می­‌کوشید تا به معیار عقل وفادار بماند و مفاهیم دینی را براساس آن متر و میزان کند و به فهم آن مدد برساند. روش و مرامی که نیاز امروزین‌مان در فهم از دین و دیانت است. روشی که بر بنای عقلانیت استوار است. روشی که علامه طباطبایی از وفاداران به آن محسوب می­‌شود.