آیتﷲ استادی، مدیر اسبق حوزه علمیه قم، در مراسم فارغالتحصیلی دانشآموختگان مؤسسه فقهی امام محمد باقر(ع) با انتقاد از وضعیت علمی حوزه گفت: وضع عمومی حوزه بهگونهای نیست که همه طلبهها مجتهد شوند؛ باید مدارسی مثل مدرسه فقهی امام محمدباقر(ع) تشکیل شوند که طلبهها به درجه اجتهاد برسند. استاد سطح عالی حوزه علمیه قم با اشاره به رواج مدرکگرایی در حوزه گفت: مدرک، آفت و آسیب حوزه شده و مدارس نباید به فشار طلاب توجه کنند و مدرک بدهند. وی با اشاره به سنت سابق حوزه در گرفتن «اجازه اجتهاد» از بزرگان دین، خواستار ادامه این روند شد.
آیتﷲ استادی از طلبهها خواست درسخواندن و ترویج دین را وظیفه اصلی خود بدانند و از ورود به شغلهای اداری دوری کنند.
مدرسه فقهی امام محمد باقر(ع) در سال ۱۳۸۰ش با پیشنهاد و اشراف آیتﷲالعظمی شبیری زنجانی و با هدف تـقویت بنیاد اندیشه و مـطالعات فقهی و پرورش فقیهان قویبنیه، پایهگذاری شده است.