وقتی مرتضی مطهری کتاب «سیری در نهج البلاغه» را نوشت، در مقدمهٔ آن کتاب از عالمی یاد کرد که در گرایش به نهج‌ البلاغه خود را مدیون او می‌دانست: «دریغ است در این مقدمه از آن بزرگ‌مردی که مرا اولین بار با نهج ‌البلاغه آشنا ساخت و درک محضر او را همواره یکی از ذخایر گران‌بهای عمر خودم- که حاضر نیستم با هیچ چیز معاوضه کنم- می‌شمارم و شب و روزی نیست که خاطره‌اش در نظرم مجسم نگردد، یادی نکنم و نامی نبرم و ذکر خیری ننمایم. به خود جرئت می‌دهم و می‌گویم او به حقیقت یک «عالم ربانی» بود اما چنین جرئتی ندارم که بگویم من متعلم علی سبیل النجاة بودم. یادم هست که در برخورد با او هماره این بیت سعدی در ذهنم جان می‌گرفت: عابد و زاهد و صوفی همه طفلان رهند/ مرد اگر هست به جز «عالم ربانی» نیست.»

مرتضی مطهری دل‌بستهٔ میرزا علی آقا شیرازی شده بود. وی در جای دیگری از کلام خود و در تمجید از میرزا علی آقا گفته بود: «نهج‌ البلاغه به میرزا علی آقا حال می‌داد و روی بال و پر خود می‌نشاند و در عوالمی که ما نمی‌توانستیم درست کنیم، سیر می‌داد. او با نهج ‌البلاغه می‌زیست، با نهج ‌البلاغه تنفس می‌کرد، روحش با این کتاب همدم بود، نبضش با این کتاب می‌زد و قلبش با این کتاب می‌تپید، جمله‌های این کتاب ورد زبانش بود و به آن‌ها استشهاد می‌نمود. غالباً جریان کلمات نهج ‌البلاغه بر زبانش با جریان سرشک از چشمانش، بر محاسن سپیدش همراه بود. او نمونه‌ای عینی از سلف صالح بود، سخن امام علی^(ع) درباره‌اش صادق می‌نمود «عظم الخالق فی أنفسهم فصغر ما دونه فی أعینهم»».

میرزای علی آقا اگرچه دل‌بستهٔ نهج‌ البلاغه بود ولی در دیگر علوم نیز تخصصی کسب کرده بود. او، هم فقیه بود، هم حکیم و ادیب و طبیب. فقه، فلسفه، ادبیات عرب و فارسی و طب قدیم را می‌شناخته و در برخی متخصص بوده است. کتاب قانون بوعلی سینا را تدریس می‌کرده و بسیاری از فضلای حوزه در درسش حاضر می‌شده‌اند. گفته می‌شود هرگز نمی‌شد او را در بند یک تدریس مقید کرد. قیدوبند به هر شکل با روح او ناسازگار بوده است.

او کتاب تفسیر تبیان را نیز از مهجوریت به درآورده بود. آیت‌ﷲ رضا استادی این اقدام میرزا علی آقا شیرازی را ستوده و می‌گوید: «یکی از مهم‌ترین و قدیمی‌ترین تفاسیر قرآن مجید در حوزه شیعه تفسیر تبیان است و عظمت و ارزش فوق‌العاده این تفسیر ایجاب می‌کرد که همواره نسخه‌های فراوانی از آن در حوزه‌های شیعه موجود باشد و مورد استفاده قرار گیرد. اما در عمل، به‌ویژه پس از تألیف مجمع البیان به وسیله امین الاسلام طبرسی این طور نبوده. یعنی نسخه‌های وافری از آن وجود نداشته است.»

آیت‌ﷲ رضا استادی حدس می‌زند که چون مجمع البیان تقریباً بیشتر مطالب تبیان را با نظم بسیار جالبی به اضافه مطالب دیگر واجد بوده، انگیزه استنساخ تبیان کم گشته و بیشتر به مجمع البیان اقبال شده و شاهد این حدس هم کثرت نسخه‌های خطی مجمع البیان است.

رضا استادی تلاش میرزا علی آقا را این‌گونه ستوده است: «در این اواخر محققان از علما بسیار مایل بودند که تفسیر تبیان را در اختیار داشته باشند و مانند سایر مصادر قدیم مورد استفاده قرار دهند، اما نسخه این کتاب آن‌قدر کمیاب و نایاب بود که آیت‌ﷲ سید محمد حجت کوهکمری از مراجع تقلید شیعه و شیخ آقا بزرگ تهرانی و شیخ عبدالحسین امین و شیخ علی آقا شیرازی همه دست به دست هم دادند و تتبع و تفحص و پیگیری کردند تا توانستند یک دوره از این کتاب را به دست آورند. تفسیر تبیان شیخ طوسی برای اولین بار زیر نظر مرحوم حاج میرزا علی آقا شیرازی جمع‌آوری و تصحیح گردید.»

محمدرضا خراسانی رئیس حوزه علمیه وقت اصفهان می‌گوید زمانی از حاجی خواستیم برای طلبه‌ها مباحث اخلاقی مطرح کند؛ وی به تدریس نهج ‌البلاغه روی آورد. غیر ممکن بود جایی لب به سخن بگشاید و از نهج ‌البلاغه چیزی بر زبان نیاورد.

زمانی آیت‌ﷲ محمد واعظ‌زاده خراسانی حاج میرزا علی آقا را در اصفهان دیده و گفته بود: وی را در بیت آیت‌ﷲ بروجردی در قم دیدم. فرمود: «سید رضی در نهج‌البلاغه خطبه‌ها را تقطیع کرده. من دارم قطعات حذف‌شده را جمع می‌کنم و متوجه شده‌ام که این تقطیعات گاه مخل مقصود است. از جمع‌آوری این کتاب گزارشی در دست نیست. اما به نظر می‌رسد وجود سایر خطبه‌ها و نکات مغفول مانده از دید سید رضی می‌تواند کمک شایسته‌ای برای فهم بیشتر آراء حضرت امیر باشد.»

گفته می‌شود هر وقت میرزا علی آقا شیرازی به قم می‌آمد با اصرار از او خواسته می‌شد که منبر برود و موعظه کند و منبرش بیش از آنکه «قال» باشد، «حال» بود. شاید به همین دلیل بود که وقتی آیت‌ﷲ بروجردی تصمیم گرفت کلاسی اخلاقی در حوزه علمیه قم برگزار کند، با وجود آنکه اشخاص برجسته‌ای در قم بودند، حاج میرزا علی آقا را که با مراتب فضل و کمالش از قبل آشنایی داشت برای این منظور به قم فراخواند. همچنین در بیان ویژگی‌های روحی و اخلاقی میرزا گفته شده است که در مدرسهٔ صدر وقتی به نماز می‌ایستاد، با وجود اینکه می‌خواست در اختفا نماز بخواند و از امامت جماعت پرهیز داشت، هنوز در رکعت اول بود که صحن و ایوان مدرسه از نمازگزار پر می‌شد. آیت‌ﷲ فاضل لنکرانی گفته است حاج میرزا علی آقا شیرازی انصافاً اخلاقی علمی و عملی متجسم بود و هرکس که با ایشان برخورد می‌کرد، تحت تأثیر و جاذبه او قرار می‌گرفت.

با این ویژگی‌ها بود که شهید مطهری ادعا کرده بود: میرزا علی آقا شیرازی یکی از بزرگ‌ترین اهل معنایی است که من در عمر خود دیده‌ام. این مرد اخلاق‌گرا در اصفهان چشم از جهان فروبست. پیکر پاکش مطابق با وصیت‌نامهٔ او به قم برده شد و در جوار حرم حضرت فاطمه معصومه و در قبرستان شیخان به خاک سپرده شد؛ عالمی ربانی از جهان شیعه. مرد اگر هست به جز عالم ربانی نیست.