دو نوع اخلاق وجود دارد: اخلاق عام و اخلاق خاص؛ اخلاق عام آن است که تمام جامعه به آن نیاز دارد و اخلاق خاص نیز برای گروه‌های خاصی است. صاحب‌جواهر علاوه بر اخلاق علمی‌اش در فقاهت و احکام الهی، به اخلاق عملی نیز آراسته بودند و همین، ایشان را به عنوان یک شخص بی‌نظیر نموده بود.

صاحب‌جواهر شخصیتی والا در میان فقهای شیعه بود و منش ایشان باید مورد تدقیق و بررسی قرار گیرد.

مرحوم شیخ محمدحسن نجفی یک شخصیت استثنایی بود و ابعاد علمی ایشان در مقام اجتهاد و فقاهت و استنباط احکام الهی و نیز ابعاد اخلاقی‌شان باید مورد دقت و بررسی باشد.

ایشان هنگامی که به مسأله‌ای ورود پیدا می‌کردند، ریشه‌ی آن بحث و مسأله را بیان می‌کردند و به بیان تمام اقوال در این مرحله می‌پرداختند؛ لذا توجه به نظرات صاحب‌نظران، برای ایشان در مسأله‌ی مورد بحث، بسیار اهمیت داشت و نظر خود را فصل‌الخطاب نمی‌دانست و نظرات بسیاری از فقها را نیز بیان می‌کرد.

ایشان شخصیتی بسیار باتقوا و خداترس داشتند و تمام تلاش خود را در این راستا قرار می‌دادند که حرفی از حرف‌هایشان بدون در نظر گرفتن عمق آیات و روایات و نظرات فقهای بزرگ، صادر نشود.

آیت‎ﷲ‌العظمی اراکی از قول سید آقا نورالدین اراکی بیان می‌کردند که یکی از شاگردان صاحب‌جواهر، طلب تصدیق اجتهاد از ایشان کرد و ایشان نیز اجازه‌نامه‌ای برای او نوشت؛ ولی در آن نامه، کلمه‌ی اجتهاد را نیاورده بود؛ اما آن شاگرد، با دست‌خط خود، واژه‌ی اجتهاد را به نامه افزود. بعد از این‌که آن شاگرد، در مجامع علمی شهرهای مختلف حضور بیش‌تری یافت و مشهور گردید، برای دیگران سؤال شد که چطور توانسته از شیخ محمدحسن نجفی ـ صاحب جواهر ـ اجازه‌ی اجتهاد دریافت کند. از سوی دیگر، پینه‌دوزی در مسیر رفت و آمد این شاگرد متقلب بود که به او اعتنایی نمی‌کرد. از همین‌رو یک‌بار سراغ آن پینه‌دوز رفت و به او سلام کرد و پینه‌دوز به او گفت: سلام بر تو ای شیاد! سپس ادامه داد که تو در اجازه عبدصالح، تقلب و تدلیس کردی و در جمع دوستان امام زمان^(عج) به‌عنوان متقلب و مدلس شناخته شدی که بر عبدصالح، نیرنگ کرده‏‌ای. لذا حضرت ولی‌عصر، مرحوم صاحب‌جواهر را عبدصالح خطاب کردند. نهایت این‌که آن شاگرد هم توبه کرد و به‌عنوان یک مسأله‌گو در شهرها و روستاهای مختلف حضور می‌یافت و از کارش پشیمان بود. این خیلی مهم است که امام زمان^(عج) از انسان راضی باشند.

صاحب‌جواهر، در نظرات و مباحث علمی، مخالفان را نیز نادیده نمی‌گرفت و نام آن‌ها را نیز با استدلال‌های ایشان بیان می‌کرد و در نهایت نظر خود را بیان می‌‌نمود و از این رهگذر، راه تعصب به نظر خود را مسدود می‌کرد.

عمده استناد مرحوم شیخ محمد حسن نجفی به کتاب و سنت بود و هرگز به حسب وجود روایات فقهی، آیات را کنار نمی‌گذاشت و آن‌ها را نیز مد نظر داشت و بر زبان می‌آورد و هم‌چون مفسری خبره به آیات ورود می‌کرد. هم‌چنین ایشان، در استدلالات خود به روایات نظر عمیقی داشت و تسلط ایشان به سند، دلالت و متن روایات بسیار قابل تأمل است و شیوه‌ی ورود و تسلط ایشان به متن روایات بسیار عجیب بود. وی یک حدیث‌شناس ماهر بود و همواره تلاش می‌کرد به روایات، خدشه‌ای وارد نشود. جامعه‌ی علمی شیعه باید به‌خاطر وجود چنین فقیهی در اریکه‌ی علمی تشیع، به خود ببالد.

صاحب‌جواهر، به‌عنوان یک فقیه، مشهور به این بود که در مقام اجتهاد و استنباط از محدوده انصاف خارج نمی‌شد و از تعصبات پیروی نمی‌کرد.

صاحب‌جواهر توجه زیادی بر تصدیق احکام بر اساس قوت و تعدد روایات داشت و جمع و حمل روایات را مورد توجه قرار می‌داد و حرمت روایات را بسیار مراعات می‌کرد و معتقد بود که روایات، سخن امامان است و نباید از آن‌ها به سادگی گذشت.

عقیده داشت که هیچ شخصی را نمی‌توان با علی^(ع) و آل او مقایسه کرد؛ چراکه هرکسی به هر میزانی بزرگ است که در مقابل او و اهل‌بیتش فروتن باشد و هیچ شخصی نباید از روایات ائمه چشم‌پوشی کند.

در مباحث علمی، جدال‌کردن مهم نیست؛ لذا طلاب و فضلا باید در مقام استدلال، حساسیت بسیاری داشته باشند و اگر چنین باشد، اجتهاد، بابرکت و مقدس می‌شود؛ لذا تحقیق به علاوه خضوع در مقابل اولیای الهی است که باعث رشد علمی و اخلاقی و معنوی و برکت و توفیق انسان می شود.

نداشتن عدالت، خطر بزرگی برای روحانیت است و حتی در مقام استنباط نیز باید بسیار مراقب بود و حق و انصاف را در نظر گرفت؛ لذا برای فقیه لازم است که به‌دنبال عدل و انصاف باشد.

استنباط و اجتهادی ارزشمند و با برکت است که با معنویت و اخلاص نسبت به آل علی و دلسوزی برای جامعه همراه باشد و مرحوم صاحب جواهر، آراسته به این حسنه بود.