در یک تقسیم‌بندی کلان می‌توان گفت اقتصاد، دین و دولت به عنوان سه مرجع اقتدار خارجی در پی کنترل انسان هستند. هر یک از این سه مرجع اقتدار خارجی علی‌رغم درهم‌تنیدگی‌ها و ارتباطات متقابل، ریشه‌های پیدایش، سیر تاریخی و منطق درونی خود را دارند و از استقلال نسبی برخوردارند؛ بنابراین در کشورهای مختلف و در دوره‌های گوناگون شاهد صورتبندی‌های متفاوتی از زندگی اجتماعی هستیم.

بین نهاد دین و دولت در طول تاریخ همواره نسبت‌های متغیری برقرار بوده و تفاوت در این نسبت‌ها بر فرماسیون اجتماعی تأثیرات مشخص و بارزی داشته است. واگرایی نهاد دین و دولت، جامعه را دچار تنش‌های بی‌پایان و چالش‌های خونین می‌کند؛ اما همگرایی این دو نیز الزاماً راه به سعادت بشر نمی‌برد؛ بلکه همگرایی دین و دولت مشروط به شروطی می‌تواند ثبات و آسایش و آزادی به همراه آورد. اینکه این نسبت‌ها چگونه باید تعیین شود و اصولاً وضع مطلوب چیست یا چگونه شکل می‌گیرد، وابسته به متغیرهای بسیاری است که پرداختن به آنها در حوصله این نوشتار نیست. آنچه مسلم است نهاد دین اصولاً با قدرت سیاسی ـ علی‌رغم رقابت‌های گاه پنهان و گاه آشکار ـ دارای همگرایی بوده و جز در موارد خاص نظیر ظهور ادیان جدید یا ضعف قدرت سیاسی دچار واگرایی نمی‌شده است؛ لیکن باید اعتراف کرد که در بخش اعظم تاریخ بشر، قدرت سیاسی در سیطره نهاد دین بود؛ زیرا آنچه که آدمی را به اطاعت از قدرت سیاسی وا می‌دارد بیش از آنکه قدرت پلیسی و سرکوب باشد، ناشی از کسب هژمونی از طریق دستگاه‌های فرهنگی است و دین همواره مهم‌ترین دستگاه فرهنگی مشروعیت‌بخش قدرت سیاسی و توجیه‌کنندهٔ نابرابری‌های اجتماعی و اقتصادی بود که فرد را به اطاعت از قدرت سیاسی حاکم وامی‌داشت.

حال ببینیم وضعیت دین و دولت به عنوان دو مرجع اقتدار خارجی در جمهوری اسلامی چگونه است؟

جمهوری اسلامی همچنان که از آشفتگی نسبت بین اقتصاد و دولت رنج می‌برد و تاکنون موفق به تعریف یک اقتصاد سیاسی متناسب با پویه‌های درونی دولت نشده ـ به‌گونه‌ای که ضمن حفظ استقلال هریک، در ارتباطی متقابل موجب هم‌افزایی یک دیگر شوند ـ همین آشفتگی بین دو مرجع اقتدار خارجی دین و دولت نیز برقرار است.
با نظریه ولایت فقیه و حاکمیت یک فقیه بر نهاد دولت، نهاد حوزه و مرجعیت به مهم‌ترین رقیب نهاد قدرت سیاسی تبدیل شد. به تعبیر دیگر، همان چیزی که باید نقطه قوت نظام جمهوری اسلامی می‌شد، تبدیل به چشم اسفندیار آن شده است. شاید طراحان اولیه جمهوری اسلامی فکر می‌کردند با منحل‌کردن دولت در دین، یک بار برای همیشه، مسأله نسبت بین دو مرجع اقتدار خارجی دین و دولت را حل می‌کنند؛ اما خیلی زود دریافتند حوزه‌های علمیه و مراجع تقلید را در وضعیتی پاردوکسیکال نسبت به نظام جمهوری اسلامی و نهاد دولت قرار داده‌اند. از یک سو مراجع و حوزه‌های علمیه خود را در موقعیتی می‌یابند که باید از جمهوری اسلامی به‌عنوان یک نظام سیاسی شکل‌گرفته ذیل نهاد دین حمایت کنند، و از سوی دیگر چه برای کسب قدرت و چه در نقش اپوزیسیون نظام دینی به رقابت و گاه مخالفت با آن پرداختند.
در داخل نظام هم ترکیب دین و دولت شرایطی را فراهم آورد که فشار قدرت سیاسی و منطق درونی آن، روحانیت و دین مسلط بر دولت را به مسیر ضد خود یعنی سکولاریسم سوق می‌دهد. اگرچه جمهوری اسلامی با طرح شورای مصلحت نظام کوشید تا به‌گونه‌ای از این فشار فزاینده بکاهد، اما این فشارها همچنان خود را به صورت زاویه پیدا کردن گاه‌به‌گاه مسئولان بلند‌پایه نظام با ولی فقیه نشان می‌دهد.
بنابراین اگر بخواهیم خیلی صریح و شفاف بگوییم، آمیختگی دو مرجع اقتدار خارجی موجب شده تا منطق درونی متفاوت این دو مرجع با تداخل در هم، نوعی آشفتگی منطقی در درون هر دو مرجع اقتدار خارجی ایجاد نماید و تلاش برای منحل کردن دولت در دین  ذیل نظریه ولایت فقیه، با حضور هم‌زمان نظریه نیابت عامه و استقلال حوزه‌های علمیه، موجب شده تا رفقای دیروز به رقبای امروز تبدیل شوند. روحانیت و اسلام مسلط بر دولت از یک سو تحت فشار منطق درونی دولت و قدرت سیاسی در معرض سکولاریسم و حرکت در مسیر ضد خود قرار دارد، و از سوی دیگر در رقابت دائم با حوزه‌های علمیه و مراجع تقلید قرار گرفته است. این وضعیت بغرنج امکان هرگونه تعادل نسبتاً پایداری را بین دین و دولت به‌عنوان دو مرکز اقتدار خارجی از بین برده و پویایی سازنده هر دو مرجع را به مخاطره افکنده است.