عصر روز یکشنبه (۱۴ اردیبهشت ۱۳۹۳) آیت‌ﷲ سید محمدباقر خوانساری (تولیت مدرسه علمیه آیت‌ﷲ خوانساری) با حضور در دفتر حضرت آیت‌ﷲ‌العظمی شبیری زنجانی با ایشان دیدار کردند. پس از این دیدار آیت‌ﷲ شبیری زنجانی در جمع تعدادی از روحانیون و فضلاء حوزه قم، خاطرات خود را از اولین سفرشان به عتبات عالیات به همراه آیت‌ﷲ سید محمدباقر خوانساری بیان نمودند:

«سفر اولی که من مشرف شدم عتبات با ایشان همسفر و هم‌صندلی توی ماشین بودیم. ایشان یک چیزی از این سفر یادشان بود که من با این خصوصیت یادم نبود. ما در این سفر که می‌خواستیم به عتبات برویم، گذرنامه آن سال نمی‌دادند و ممنوع بود، مگر این که نخست‌وزیر خودش دستور دهد. آن وقت هم نخست وزیر زاهدی بود و ما هر چه این طرف و آن طرف زدیم تا گذرنامه بگیرم نشد، چون منحصر بود فقط باید با امضاء نخست‌وزیر باشد که این هم مقدور نبود. مرحوم حاج میرفخرالدین جزایری گفت: نامه‌ای بنویسید تا کارتان را درست کنم. ما هم نامه‌ای نوشتیم و بعد با هم رفتیم منزل آقای بنی صدر و ایشان مطلب را گفت و قرار شد دو یا سه روز دیگر امضاء زاهدی را بگیرد. آقای بنی صدر هفته‌ای یک روز ملاقات با زاهدی داشت برای گرفتاری اشخاصی امثال ما که کارشان متوقف به امضاء نخست‌وزیر بود که او هم امضاء می‌کرد. خلاصه با این زحمت ما گذرنامه گرفتیم که چند ماه طول کشید. قرار شد برویم که یکی از بچه‌های ما کوچک بود، یک سالش بود که مریض شد و خانواده مجبور بود بماند و من والده را به اسم خانواده همراه خود بردم. آنجا در مرز مأمور می‌خواست مشخصات را با افراد تطبیق کند که ایشان (آیت‌ﷲ سید محمدباقر خوانساری) می‌گفت: یکی چراغ را گرفت روی چشم فردی که می‌خواست مشخصات را تطبیق کند و او چشم‌هایش ندید و کور شد و والده را پذیرفت و هیچ متوجه نبود، چون نمی‌توانست تطبیق کند. ایشان این مطلب را یادشان بود که من یادم رفته بود.»

آیت‌ﷲ‌العظمی شبیری زنجانی هم در شهریور ماه سال گذشته در مراسم افتتاح مدرسه علمیه آیت‌ﷲ خوانساری در قم شرکت نمودند.

لازم به ذکر است که آیت‌ﷲ سید محمدباقر خوانساری فرزند مرحوم آیت‌ﷲ سید محمدتقی خوانساری است. در سال ۱۳۲۳ در اثر خشک‌سالی و بی‌آبی در قم مرحوم آیت‌ﷲ سید محمدتقی خوانساری به همراه هزاران نفر از مردم قم نماز استسقاء و طلب باران برپا نمود که بعد از نماز بارانی بی‌سابقه در شهر قم بارید به حدی که رودخانه قم لب به لب پر از آب شد.