میرزا هاشم آملی، مِهر امام خمینی را بر دل داشت. وی با این‌که خود مرجع تقلید بود، اما گفته بود فرزندان من همه مقلد امام خمینی هستند.^‏[۱]‎ وی می‌کوشید در حرکت‌های سیاسی نیز پشت سر امام^(ره) حرکت کند. در شوخ‌طبعی زبان‌زد بود و در جایی گفته بود: «(در جریان انقلاب) همه ما اعلامیه می‌دادیم؛ اما همین که کشت و کشتار می‌شد، قضایا را به گردن امام خمینی می‌انداختیم.^‏[۲]‎ وی همچنین گفته بود که امام قیام کرد و ما هم تنها از دور طبل می‌‌زدیم.(همان) شوخ‌طبعی میرزا هاشم زبانزد بود. زمانی که بحث بر سر تشکیل جامه مدرسین بود و برخی با تشکیل آن مخالفت می‌کردند، میرزا هاشم با همان روحیه شوخ‌طبعی می‌گوید: «شاید آن آقا که جلسه جامعه را تحریم کرده، فکر می‌کند جامعه از جماع است…»^‏[۳]‎ همراهی و همدلی میرزا هاشم با امام خمینی به‌گونه‌ای بود که زمانی که سید صادق روحانی با میرزا هاشم گفت‌وگو می‌کرده، میرزا از امام خمینی با عنوان «رفیق ما» یاد می‌کند.^‏[۴]‎ زمانی که بحث بر سر مسأله ولایت فقیه در گرفته بود، آیت‌ﷲ صالحی مازندرانی نزد میرزا هاشم می‌رود تا نظر وی را در خصوص این بحث جویا شود: «به ایشان گفتم که در این بحث چه نظری دارید؟ می‌خواهید ولایت فقیه را اثبات یا رد کنید؟» و ادامه دادم: چون بحث حکومت اسلامی و ولایت فقیه امام را خوانده و به آن معتقد بودم، اگر بخواهید این بحث را مطرح کرده، در پایان رد یا بر آن نقض و ابرام وارد کنید، من بعد از اتمام بحث می‌آیم؛ ولی در صورتی که بخواهید آن را تثبیت کنید، در بحث شرکت می‌کنم؛ که ایشان خندیدند و فرمودند: من این بحث را رد نمی‌کنم و همان‌گونه که امام آن را مطرح کردند، بیان می‌کنم.^‏[۵]‎

در ماجرای تبعید و سپس رهایی امام^(ره) نیز گفته شده است میرزا هاشم از نخستین افرادی بود که به استقبال و دیدن ایشان رفت. عبدالمجید معادیخواه می‌گوید: زمانی که امام از تبعید رهایی یافت «دوان‌دوان به خیابان ارک آمدم؛ دیدم آقا میرزاهاشم آملی نیز در حالی که عبایش را زیر بغل گرفته بود، به سمت بیت امام آهسته می‌دوید…^‏[۶]‎

آیت‌ﷲ محمد یزدی در بیان همراهی مراجع تقلید با انقلاب اسلامی و تبعیت آن‌ها از امام خمینی، تصویری  ارائه می‌دهد که بیان‌کننده جایگاه میرزا هاشم در تبعیت و همراهی با امام^(ره) است: «آیت‌ﷲ گلپایگانی معمولاً به دیدگاه حضرت امام نزدیک بودند و زودتر حمایت می‌کردند؛ در حالی که آقای شریعتمداری دیرتر به قافله می‌پیوستند. در این میان بزرگانی همچون حضرات آملی و مرعشی به سرعت از تصمیم امام استقبال و پشتیبانی می‌کردند؛ اما دیگرآقایان خود را به اندیشه و تأمل بیش‌تری نیازمند می‌دیدند و اغلب جانب احتیاط را نگاه می‌داشتند. بعضی موارد عذر می‌آوردند که آقای خمینی در خارج از ایران هستند و از شرایط داخلی ایران اطلاع دقیقی ندارند و ممکن است برخی از تصمیم‌گیری‌های ایشان منجر به تکرار حادثه فیضیه شود و دروس حوزه تعطیل گردد».^‏[۷]‎ در این روایت، جایگاه میرزا هاشم آملی در تبعیت از امام^(ره) به نیکی نشان داده شده است. البته این‌طور نبود که فقط میرزا دلبسته آیت‌ﷲ خمینی باشد؛ امام نیز حرمت وی را پاس می‌داشت. آیت‌ﷲ گرامی در خاطره‌ای از مشورت امام خمینی با آیت‌ﷲ آملی سخن می‌گوید؛ به‌گونه ای که امام، نظر میرزا را به‌عنوان رأیی صائب می‌پذیرد و بدان عمل می‌کند.^‏[۸]‎

اگرچه میرزا هاشم روابط حسنه‌ای با امام خمینی داشت و از سر مِهر با ایشان برخورد می‌کرد؛ اما برخی یاران امام، میرزا هاشم را به عدم همراهی با انقلاب متهم می‌کردند و علیه وی برمی‌آشفتند. با فروکش کردن اقدامات انقلابی پس از سال ۴۲، اعتراضات میرزا نیز علیه حاکمیت پهلوی کمتر شد. در سال ۱۳۴۵ش که تعدادی از طلاب به نشانه اعتراض به حاکمیت پهلوی، در منزل آیت‌ﷲ آملی تجمع کرده بودند، با این پاسخ ایشان مواجه می‌شوند: «من اقدامات لازم را انجام می‌دهم؛ اما شما سعی کنید آرامش شهر را حفظ کنید».^‏[۹]‎ این رویّه و منش آیت‌ﷲ در این سال‌ها بود که برخی یاران و نزدیکان امام را دلگیر کرده بود.

گفته می‌شود میرزا هاشم در پرداخت شهریه به افرادی که مشی انقلابی داشتند امتناع ورزید. گروهی به نام «ضربت» که در میان طلاب تشکیل شده بود و اقدامات انقلابی را در پیش گرفته بود، مورد انتقاد آیت‌ﷲ آملی قرار گرفتند. گروه ضربت گروهی بود با محوریت قدرت‌ﷲ علیخانی که عده‌ای از طلاب جوان را گرد خود جمع آورده بود. گفته می‌شود  این گروه علیه آیت‌ﷲ گلپایگانی نیز اقداماتی را انجام داده بودند. آیت‌ﷲ آملی نیز شهریه این افراد را قطع کرده بود. این مسأله باعث می‌شود چهل و پنج نفر از طلاب پس از قطع شهریه‌شان توسط میرزا هاشم، تصمیم بگیرند مقسمین شهریه را کتک بزنند. قدرت‌ﷲ علیخانی و علی‌اصغر فقیه مشکینی تحریک‌کننده اصلی این ماجرا بودند. مقسمین شهریه از این ماجرا مطلع می‌شوند؛ دفتر شهریه را جمع و از پرداخت شهریه خودداری می‌کنند و اسامی آن طلاب را به میرزا هاشم آملی می‌دهند. قدرت‌ﷲ علیخانی و علی اصغر فقیه، طلبه‌ها را تحریک می‌کنند که در نماز جماعت صریحاً به آملی بگویند چنانچه شهریه ما آماده نشود، آزار و اذیت خواهی شد.^‏[۱۰]‎ مرحوم آملی نیز از این افراد نزد آیت‌ﷲ شریعتمداری گلایه می‌کند. مرحوم شریعتمداری واسطه می‌شود و قرار بر آن می‌شود تا آیت‌ﷲ آملی در آن ماه  به‌طور خصوصی به آن طلاب شهریه پرداخت نماید و از ماه آینده از روی دفتر آیت‌ﷲ خویی به کسانی که امتحان داده‌اند شهریه پرداخت شود. ساواک اما گزارش داد که مرحوم آملی از دادن شهریه به این چهل‌وپنج نفر خودداری کرده و لذا قدرت‌ﷲ علیخانی و علی اصغر فقیه، آنان را تحریک می‌کنند که در نماز جماعت صریحاً به آملی بگویند چنانچه شهریه ما آماده نشود، آزار و اذیت خواهی شد.^‏[۱۱]‎

منش سیاسی آیت‌ﷲ آملی در اوج فعالیت‌های انقلابی هم چندان تند و آتشین نبوده است؛ به‌گونه‌ای که ساواک چندان حساسیتی بر روی ایشان نشان نمی‌داده است. در یکی از گزارش‌های ساواک حتی برای دوری مردم از مرجعیت امام خمینی، توصیه شده است که از میرزا هاشم آملی حمایت شود تا مردم از رجوع به آیت‌ﷲ خمینی سر باز زنند.^‏[۱۲]‎  در قسمت بعد به عملکرد مرحوم آملی در آستانه انقلاب اسلامی اشاره خواهیم کرد.