حجت‌الاسلام شریف رازی گفته است سید صدر برای مخالف هم به همان اندازه پدر بود که برای موافق. دوست و دشمن را نوازش می‌کرد و به همه محبت می‌نمود. درباره این روحیهٔ سید صدرالدین صدر بسیاری سخن گفته‌اند. سید هادی خسروشاهی از مرحوم آیت‌ﷲ سید محمد علی ابطحی نقل کرده است که با وجود اینکه سید ابطحی شاگرد دیگر بزرگان بوده، اما نزد سید صدر می‌رفته و مشکلات خود را با او در میان می‌گذاشته و با استقبال و گشاده‌رویی صدر مواجه می‌شده است.

شاید همین روحیهٔ مداراجویی سید صدرالدین سبب شد تا گروه مؤتلفه اسلامی وقتی که از تأیید آیت‌ﷲ بروجردی نا امید شد، خود را وابسته و فرمانبر سید صدرالدین بداند. محمد مهدی عبد خدایی از اعضای فدائیان اسلام، ادعا کرد ترورهایی که توسط فدائیان اسلام صورت می‌گرفت با مجوز مرحوم آیت‌ﷲ‌العظمی صدر بوده است. عبد خدایی ضارب مرحوم دکتر حسین فاطمی بود. در هنگام ترور، او تنها ۱۵ سال سن داشت. وی نقل کرده است که مأموریت و آلت ترور مرحوم فاطمی توسط مرحوم سید عبدالحسین واحدی به ایشان داده شده و وقتی از وی در خصوص مجوز شرعی ترور سؤال کرده، پاسخ شنیده است که ما مجوزمان را از آیت‌ﷲ صدر می‌گیریم. عبد خدایی همچنین نقل کرده است که بعد از انجام عملیات ناموفق ترور و بازداشت و انتقال وی به زندان، پدر ایشان مرحوم آیت‌ﷲ شیخ عبدالحسین تبریزی از مشهد به آیت‌ﷲ‌العظمی صدر نامه نوشته و اعتراض کردند که «این چه کاری است که شما جوانان مردم را تشویق می‌کنید که بروند سران رژیم را ترور کنند؟ اگر این کارها خوب است چرا مجوز نمی‌دهید فرزندانتان بروند این کارها را انجام دهند؟»

این سخنان اما توسط آیت‌ﷲ علی اکبر صادقی – داماد مرحوم صدر- مورد تردید قرار گرفت. وی در پاسخ به این سخنان گفته بود که روحیه و منش اخلاقی سید صدر اجازهٔ خطور این سخنان به ذهن را هم نمی‌دهد. او گفته بود: «آیت‌ﷲ صدر به جهت اخلاقی و روحی وضعیتی داشتند که من به نظرم نمی‌آید ممکن باشد ایشان گِرد چنین کارهایی بگردند. البته فداییان اسلام نسبت به آقای بروجردی گرایش مثبتی نداشتند، نسبت به آقای صدر یک جور احساس پدری (فرزندی) داشتند. من نمی‌توانم بر خود هموار کنم که آقای صدر اجازهٔ انجام چنین کاری را به کسی داده باشد؛ خصوصاً به یک بچه که قدرت تشخیص ندارد. مگر تمام تشخیص یک بچه چقدر می‌تواند باشد؟ یعنی یک مرجع تقلید هفتاد و چند ساله بیاید دستور دهد، اجازه دهد یا اسلحه بدهد که یک بچه ده پانزده ساله برود آدم بکشد؟»

عبد خدایی اما در جای دیگری نیز ادعا کرد که نزد آیت‌ﷲ صدر رفته و از وی این‌گونه شنیده است: «راهی که با نواب صفوی رفته‌ای درست رفته‌ای. ادامه بده». سید رضا صدر فرزند سید صدرالدین ادعا کرده بود: «در میان فرزندان پدرم، آن کس که با فدائیان اسلام رفیق بود من بودم؛ آقا سید موسی صدر، مُصدقی بود». سید رضا صدر روحیهٔ تندتری داشت. او در اواخر عمرِ آیت‌ﷲ صدر مخالفت‌هایی با بیت آیت‌ﷲ بروجردی کرده بود که سبب کدورت‌هایی میان این دو بیت شده بود. منش آیت‌ﷲ صدر اما این‌گونه نبوده و با درشتی‌های فرزندش مخالف بود.

آیت‌ﷲ صدر، مورد وثوق آیت‌ﷲ حائری یزدی بود. آیت‌ﷲ حائری وصیت کرده بود پس از ایشان، سید صدرالدین وصی وی باشد و ادارهٔ حوزه را به عهده بگیرد. سیدِ صدر اما از مرحوم حائری اجازه خواست تا در کنار ایشان، مرحوم آیت‌ﷲ حجت هم همراهی کنند. پس از درگذشت آیت‌ﷲ حائری، مرحوم سید محمد تقی خوانساری هم به این دو نفر افزوده شد و ادارهٔ حوزه به مدت هشت سال در اختیار این سه قرار گرفت. از این سه مرجع با عنوان مراجع ثلاثهٔ قم یاد می‌شود. این در حالی بود که در زمان مرحوم حائری، سید صدرالدین در مشهد بوده و آیت‌ﷲ بروجردی هم در بروجرد ساکن بوده‌اند. با این حال، مرحوم حائری، آیت‌ﷲ صدر را ارجحیت می‌دهند و از ایشان دعوت می‌کنند تا به قم برود و زعامت را بپذیرد. به نظر می‌رسد سید صدر با توجه به روحیاتی که داشته از برتری خود نسبت به دیگر مراجع ابا می‌کرده و از مرحوم حجت و خوانساری نیز دعوت می‌کند تا امر زعامت را بر عهده بگیرند. سید صدر در پذیرفتن امر آیت‌ﷲ حائری نیز بسیار اکراه داشته و مرجعیت را نمی‌پذیرفته است.

گفته می‌شود از نظر علمی، مرحوم حجت و خوانساری از سید صدرالدین اعلمیت داشته‌اند، ولی مرحوم صدر جامعیت بیشتری داشته است. مرحوم صدر در ادبیات عرب و تاریخ اسلام نیز صاحب نظر بوده برخلاف آن دو مرجع دیگر که عمدتاً به فقه و اصول حوزوی عنایت داشته‌اند.

به نظر می‌رسد نَسَب خانوادگی و احترامی که سید صدر در میان مردم داشته، برای اینکه به تنهایی امر مرجعیت را بپذیرد کفایت می‌کرده است. روحیهٔ سید صدر اما چنان بوده که بر اتفاق و هم‌دلی میان روحانیت بسیار حساسیت می‌ورزیده و کوچک‌ترین کدورتی را برنمی‌تافته است. شاید همین روحیهٔ وی باعث شد که از پذیرفتن ادارهٔ حوزه به تنهایی سر باز زند. اهتمام او به هم‌دلی میان روحانیت تا بدانجا بود که وقتی میان آیات عظام محمد کاظم خراسانی و سید محمد کاظم یزدی اختلافی در گرفته بود، سید صدرالدین به همراه پدرش سید اسماعیل – که از مراجع زمان خود بود- از کربلا به نجف رفته بود تا میان این دو وفاقی برقرار کند. زمانی که سید صدرالدین در مشهد بود نیز اختلافی میان روحانیت شهر درگرفته بود که سید صدر پادرمیانی کرد و آتش اختلاف را خاموش کرد.

آیت‌ﷲ شبیری زنجانی در خاطرات خود آورده است که در دوران ریاست آیات ثلاث، مرحوم آیت‌ﷲ‌العظمی ابوالحسن اصفهانی که در نجف مرجعیت داشته‌اند، ابتدا اجازه داده بودند مقلدان ایشان وجوهات خود را برای اداره حوزهٔ علمیه قم به آیت‌ﷲ‌العظمی صدر بدهند، ولی از مقطعی به بعد اجازهٔ خود را پس گرفتند. حتی بعداً نیز که آیت‌ﷲ‌العظمی بروجردی به قم آمدند، دیگر چنین اجازه‌ای صادر نکردند.

این مسئله باعث شده بود ادارهٔ حوزهٔ علمیه قم برای آیت‌ﷲ‌العظمی صدر بسیار سخت شود. در این زمان، حوزهٔ قم بعد از حوزهٔ نجف و در مرتبهٔ دوم قرار گرفته بود. نقل شده است که فشار مالی بر سید صدر تا بدانجا بوده که سه دوره نمی‌توانند شهریهٔ طلاب را پرداخت کنند. پس از آن به حالت اعتراض به حرم حضرت معصومه^(س) مشرف می‌شود و از حضرت می‌خواهد که اگر خود نمی‌توانید شهریهٔ این طلاب را مهیّا کنید، از برادر خود امام رضا^(ع) بخواهید کمک کنند. شب‌هنگام فرد متمولی نزد آیت‌ﷲ می‌رود و وجوهات شرعیهٔ خود را پرداخت می‌کند و مشکل مالی حوزه نیز مرتفع می‌گردد. پس از آن سید صدر برای عرض تشکر به حرم حضرت معصومه می‌رود.

با وجود این مشکلات بود که عده‌ای از روحانیون و در رأس آن امام خمینی از آیت‌ﷲ بروجردی دعوت کردند که برای پذیرفتن زعامت به قم مشرف شوند. آیت‌ﷲ صادقی داماد مرحوم صدر گفته است که آمدن آقای بروجردی به قم، با دعوت آقای صدر صورت نگرفت. بلکه بعد از اینکه این کار صورت گرفته بود آیت‌ﷲ صدر هم با آن موافقت کردند. روحیات اخلاقی ایشان هم به گونه‌ای بود که مخالفتی با حضور آیت‌ﷲ بروجردی نکردند.

با آمدن آیت‌ﷲ بروجردی، سید صدرالدین صدر کرسی تدریس خود و جای نماز را در حرم حضرت معصومه^(س) به ایشان واگذار کرد. امام موسی صدر گفته بود: «مقامات آیت‌ﷲ بروجردی در اثر فداکاری و گذشت پدرم بوده است». آیت‌ﷲ جعفر سبحانی نیز در واکنش به این برخورد رئوفانهٔ سید صدر گفته بود ایثاری که از آیت‌ﷲ صدر دیده شد، از هیچ کس دیده نشده بود.

سید رضا صدر- فرزند ارشد سید صدرالدین- اما واکنش‌هایی نسبت به بیت آیت‌ﷲ بروجردی نشان داده بود. آیت‌ﷲ علی اکبر صادقی گفته است خیلی باعث تأسف بود که انتقادهای تند آقای آقا رضا صدر که کمی هم از نظر اخلاقی تند بود و گاهی اوقات زود از کوره در می‌رفت، موجب شد رابطهٔ این دو مرجع (سید صدر و آیت‌ﷲ بروجردی) از هم جدا شود و مقداری دور از هم قرار بگیرند.

پس از آمدن آیت‌ﷲ بروجردی به قم، علمای قم گرد ایشان حلقه زدند و رفت‌وآمدها با سید صدر کمتر شد. سید رضا صدر به آیت‌ﷲ صادقی گفته بود: «از ارادتمندان پدرم، تنها آقای آقا میرزا مصطفی، یعنی پدر من، ارادتش به پدر باقی مانده است بعد از اینکه آقای بروجردی آمدند». آیت‌ﷲ صدر اما هیچ‌گونه واکنش منفی نسبت به این برخوردها نشان نداده بود و از سر متانت با دیگران مواجه می‌شده است. آیت‌ﷲ صدر در پاسخ اینکه چرا ریاست را به آیت‌ﷲ بروجردی واگذار کرده است این آیه را خوانده بود: «تلک الدار الأخرة نجعلها للذین لا یریدون علواً فی الأرض و لا فسادا و العاقبة للمتقین». (قصص، ۸۲)

نام سید صدرالدین بعضاً در میان شاگردان آیت‌ﷲ میرزا مهدی اصفهانی نیز ذکر شده است. میرزای اصفهانی مؤسس مکتب تفکیک بود و از مخالفان فلسفه و عرفان محسوب می‌شد. اما به نظر می‌رسد حتی اگر حضور آیت‌ﷲ صدر در محفل میرزای اصفهانی صحت داشته باشد، سید صدر در این زمینه تأثیری از استاد نپذیرفته است. سید صدرالدین مخالفتی با فلسفه و عرفان نداشت. در زمانی که وی ادارهٔ حوزه را بر عهده داشته، امام خمینی هم به تدریس فلسفه در حوزه می‌پرداخته و سید صدر هیچ‌گونه مخالفتی با این امر نمی‌کرده است. در حالی که با حضور آیت‌ﷲ بروجردی تدریس فلسفهٔ مرحوم امام نیز تعطیل می‌شود. مرحوم بروجردی همچنین به علامه طباطبایی نوشته بود که نباید در حوزه از مباحث فلسفی سخن بگوید. در حالی که این شیوه رفتاری در سید صدرالدین یافت نمی‌شود.

سید صدرالدین از داعیه‌داران تقریب مذاهب بود. وی کتاب «لواء الحمد» را در ۱۲ جلد در راستای تقریب مذاهب نوشته بود. سید موسی صدر نیز این سلوک پدر را به نحو عملی به اجرا گذاشته بود. سید موسی اما در پاره‌ای از مواضع با پدر نیز مخالفت داشت. پدر از مخالفان حضور زنان در ادارهٔ جامعه بود. وی در نامه‌ای به آیت‌ﷲ بهبهانی نوشته بود: «… تصریح می‌دهم که با آنکه در طرح قانونی لایحه انتخابات که اخیراً از طرف جناب آقای نخست وزیر در معرض افکار عمومی قرار داده شده، صریحاً اجازه مداخله در انتخابات به زن‌ها داده نشده است و این امر از هر جهت مورد تحسین و تقدیر می‌باشد… مداخلهٔ زن‌ها در انتخابات به جهاتی چند مُحرم و غیر مشروع می‌باشد و در کشورهای اسلامی به حول و قوه الهی اجرا نمی‌گردد…». سید موسی صدر اما در لبنان شیوهٔ دیگری را در مواجهه با زنان برگزیده بود و حضور آنان را در اجتماع ترغیب می‌کرد.

آیت‌ﷲ صدر دو بار ازدواج کرد. همسر اول او دخترخاله‌اش بود که در جوانی در عراق درگذشت. پس از آن، وی در مشهد با دختر سید حسین طباطبایی قمی (از مراجع تقلید) ازدواج کرد و صاحب ۱۰ فرزند شد. سید رضا، سید علی و سید موسی صدر فرزندان ذکور وی بودند. از میان دختران او، صدیقه صدر همسر محمد باقر سلطانی طباطبایی است. صادق طباطبایی فرزند اوست. فاطمه طباطبایی همسر مرحوم احمد خمینی هم از دیگر فرزندان صدیقه صدر است. منصوره صدر نیز به ازدواج آیت‌ﷲ علی اکبر صادقی در آمد. زهره صادقی (همسر سید محمد خاتمی) فرزند اوست. فاطمه صدر هم با سید محمد باقر صدر صاحب کتاب «فلسفتنا» و «اقتصادنا» ازدواج کرد.

آیت‌ﷲ سید صدرالدین صدر در ۵ دی ماه ۱۳۳۲ در قم درگذشت. آیت‌ﷲ بروجردی بر پیکر وی نماز خواند. سید صدر در کنار قبر شیخ عبدالکریم حائری در آرامگاه حضرت معصومه^(س) به خاک سپرده شد. روحانی وارسته‌ای که تعلقی به دنیا نداشت؛ مرجعی که پدر بود برای همه. و تلک الدار الأخرة نجعلها للذین لا یریدون علواً فی الأرض و لا فسادا و العاقبة للمتقین.