حوزه علمیهٔ بغداد از برجسته‌ترین حوزه‌های فقه شیعه بود. این حوزه در تثبیت باورهای شیعی از سرآمدان ادوار فقهی محسوب می‌شود. شاید اگر حوزهٔ بغداد با حاکم شدن سلجوقیان، به زوال نمی‌رفت، عقلانیتِ امروزِ شیعه کمتر رقیبی در جهان می‌داشت.

شیخ ابوجعفر طوسی آخرین نماینده از این حوزه محسوب می‌شود. توجه به عقلانیت در آموزه‌های وی نیز بسیار برجسته است. اگر تعبیر نیوتن را بپذیریم که گفته بود: «من بر شانه‌های غول‌هایی ایستاده بودم» و منظور او از این سخن آن بود که دانشمندانی چون کپرنیک، تیکو براهه، کپلر و گالیله پیش از وی بوده‌اند، آنها شرایطی را فراهم کرده‌اند تا نیوتن بتواند با بهره‌گیری از تجارب آنها به نتایجی دست یابد که انقلاب علمی به پا کند، اینک باید در وصف شیخ طوسی نیز چنین گفت. حقیقتا که شیخ بر شانه‌های اساتیدی ایستاده بود که فقاهتی را عزت می‌بخشیدند.

شیخ طوسی اما بر مبانی اندیشه‌ای اسلاف خود نیز نقد وارد می‌کرد. او بر نص‌گرایی شیخ صدوق انتقادات بسیاری وارد آورد. شیخ صدوق یکی از بزرگ‌ترین نص‌گرایان جهان تشیع بود. صدوق بر این باور بود که طریق متکلمان و احتجاج و استدلال آنها، مورد رضایت معصومین^(ع) نیست. به نظر صدوق، تنها احتجاجی معتبر است که مفاد سخن معصوم^(ع) باشد. (اعتقادات الإمامیه، صص ۴۲-۴۳) تأکید عمدهٔ صدوق بر این بود که اوج تعقل‌ورزی در آن است که فحوای کلام معصوم^(ع) دریافته شود. اگر معصومین^(ع) از به کار بردن عقل سخن گفته‌اند، مرادشان به کار بستن عقل در فهم احادیث بوده است و نه بیش از آن.

این نحوه از تفکر در دوران جدید نیز طرفدارانی دارد. قریب به این سخن را می‌توان در اندیشه‌های بانیان مکتب تفکیک و اخلاف آنها نیز مشاهده کرد. برخی خرده‌گیری‌ها بر تعقل‌ورزی در مکتب شیعه نیز بر همین اساس استوار شده است. مخالفان بر این نکته انگشت می‌نهند که فصل الخطاب گفتمان شیعه، کلام معصوم^(ع) است و هیچ گونه خردورزی بیش از آن نمی‌توان در این مکتب یافت.

شیخ طوسی اما سال‌ها پیش‌تر در پاسخی که بر شیخ صدوق نگاشت، این اتهامات را پاسخ داد. شیخ طوسی گفته بود هر کس به حرام بودن استدلال‌ورزی حکم کند، با نص قرآن مخالفت کرده است. وی ذیل آیهٔ «و تلک حجتنا آتیناها إبراهیم علی قومه نرفع درجات من نشاء إنَّ ربَّک حکیم علیم» (أنعام/۸۳) این‌گونه آورده بود که خداوند در این آیه احتجاج با کفار و دشمنان را مورد تصویب و تأیید و تشویق قرار می‌دهد. (التبیان، ج ۴، صص ۱۹۱-۱۹۲) شیخ طوسی بر اساس این آیهٔ قرآنی، به التزام بر مبانی عقلانی استدلال کرده بود.

شیخ طوسی بر تقلیدگرایی و التزام بر فهم گذشتگان نیز خط بطلان کشید و آن را خلاف سیرهٔ قرآنی و کلام معصومین^(ع) قلمداد کرد. وی در ذیل آیهٔ شریفه «و إذا قیل لهم اتّبعوا ما أنزل ﷲ قالوا بل نتّبع ما ألفینا علیه آبائنا أو لو کان آباؤهم لایعقلون شیئا و لا یهتدون» (بقره/۱۷۰) این‌گونه بیان کرد که توبیخی که خداوند در این آیه در ارتباط با پیروی و تقلید از گذشتگان متوجه ایشان کرده، نشان از فساد و بطلان تقلید است؛ و همچنین نشان از بطلان ضروری بودن دانش و اعتقادات. بر اساس اندیشهٔ شیخ طوسی، دو گونه فساد ممکن است دامان دینداران را بگیرد؛ یکی توجه صرف به تقلید و دیگری توهم دست یافتن به دانش و رأی نهایی. به نظر او اگر فردی به دانشی دست یابد و خود را تکیه زده بر حقیقت محض بپندارد، زود است که بر فساد مبتلا شود. او سپس تأکید می‌کند که تنها راه دوری از این دو فساد، درافتادن در وادی عقل و نظرورزی است. (التبیان، ج ۲، ص ۷۷)

شیخ طوسی علت اصلی رویگردانی اصحاب حدیث و نص‌گرایان از عقل‌ورزی را ترس اصحاب حدیث از تفسیر به رأی می‌داند. تفسیر به رأی عمیقا از جانب معصومین^(ع) مورد انکار قرار گرفته است و از تمسک به این شیوه تحذیر شده است. شیخ طوسی نیز بر این نکته واقف است و بیان می‌کند که این بیم و هشدارها سبب شده تا اصحاب حدیث از تمسک به خردورزی رویگرادنی کنند. وی معتقد است برخی با سوء استفاده از احادیث مربوط به تفسیر به رأی، راه را بر تدبر در قرآن بسته‌اند. شیخ طوسی در این باره می‌گوید: «هر چند ظاهر اخبار اصحاب ما دلالت دارد که تفسیر قرآن جز با خبر صحیح از ناحیه پیامبر^(ص) جایز نیست و تفسیر به رأی ناصواب است، ولی آنچه ما در این باب معتقدیم آن است که صحیح نیست که در کلام الهی و کلام پیامبرش تناقض و تضاد باشد؛ چگونه جایز است که قرآن به زبان قوم باشد و برای انسان آمده باشد اما از سوی دیگر، چیزی از ظاهر آن فهم نشود؟» (التبیان، ج ۱، ص ۴) به بیان شیخ طوسی نمی‌توان از طرفی آیات متعدد قرآنی در توجه دادن این کتاب به فهم انسان‌ها را دید اما از جانب دیگر، آیات قرآنی را فهم‌ناپذیر قلمداد کرد و تفسیر و تحلیل آنها را مسکوت گذاشت و به تعطیل خردورزی در آیات حکم کرد.

شیخ طوسی همچنین بر مدعای خود ادلهٔ قرآنی زیادی را به کار می‌گیرد. وی با تأکید بر آیهٔ «أفلا یتدبرون القرآن أم علی قلوب أقفالها» بر دلالت و اهمیت خردورزی و به‌کارگیری آن در فهم قرآن تأکید می‌کند.

ایشان همچنین بر حدیث ثقلین انگشت می‌نهد و آن را یکی از وجوه خردورزی در مکتب تشیع می‌داند. او با اشاره به این حدیث شریف می‌گوید چگونه قرآن می‌تواند حجت میان خلق باشد و از سوی دیگر قابل فهم و درک برای عقل انسانی نباشد؟ وی در جایی دیگر صریحا از این مهم پرده برمی‌دارد که امر کردن به عرضهٔ سخنان معصوم^(ع) به قرآن و ناشناختگی قرآن برای بشر، امری ناممکن است و روایاتی که تنها راه فهم کتاب الهی را مراجعه به اخبار می‌داند، دچار اشکال جدی است. (التبیان، ج ۱، ص ۵)

شیخ طوسی در اهتمام بر خردورزی حتی بر شیخ مفید نیز خرده وارد می‌کند. شیخ مفید نیز طریقت عقلانی را پیشه کرده بود. او از نخستین فقهایی بود که عقل‌گرایی را بر فقه شیعه وارد کرد. شیخ مفید اولین واجب الهی را معرفت خداوند می‌دانست. او معتقد بود اولین وظیفهٔ دینداران، کسب معرفت خداوند است و راهی به سوی معرفت خداوند جز از طریق پیامبر و شرع وجود ندارد. (النکت فی مقدمات الأصول من علم الکلام، صص ۲۰-۲۱) شیخ مفید اگرچه نخستین تلاش انسان را در رسیدن به معرفت خداوند می‌دانست، اما طریقهٔ رسیدن به این معرفت را محصور در تبعیت از شیوهٔ رسولان و معصومین^(ع) می‌دانست. شیخ طوسی بر این اندیشهٔ مفید خرده می‌گیرد و رأی وی را ناصواب می‌خواند. شیخ طوسی اظهار می‌کند که وجوب چنین تکلیفی فرع بر شناخت عدل و توحید خداوند است. عدل و توحید نیز جز به طریقهٔ عقلانی حاصل نمی‌شوند.

شیخ طوسی همچنین در ایرادی دیگر که بر شیخ مفید می‌گیرد، او را در ترجیح میان عقل و سمع بر خطا می‌داند. به اعتقاد شیخ طوسی اگر آن‌گونه که شیخ مفید می‌گوید، عقل به سمع در همهٔ حوزه‌ها نیازمند باشد، لازمه‌اش دوری باطل است. وی می‌گوید: «متکای ما در شناخت سمع، عقل است. حال اگر متکای ما در شناخت عقل و امور مربوط بدان، سمع باشد، دور لازم می‌آید». به تعبیر شیخ طوسی، تنها در صورتی می‌توان این سخن را نیازمند دور ندانست که قائل شویم سخن شرع در باب تنبه و ارشاد به حکم عقل است که در این صورت ملاک باز هم عقل است و نه غیر از آن.

شیخ طوسی با رویکردی عقلی، سنگ بنای فقه شیعه را استوار کرد. فقاهت در نظر وی، با عقلانیت معنا می‌یافت؛ عقلانیتی که گوهری گرانبها برای فقه شیعه است.