سید احمد خمینی آخرین لحظات وداع را این‌گونه به تصویر کشیده است: «امام گفته بودند خانم‌ها بیایند پیش من کارشان دارم؛ که خانم‌ها (همسر و دختران و نوه‌های امام) رفته بودند حضرت امام آن‌ها را نصیحت کرده بودند و گفته بودند بالاخره همه ما می‌میریم و سفارش کرده بودند که اگر اتفاقی افتاد، خودتان را حفظ کنید. سعی کنید ضجه نکنید و آرام باشید. سفارش مادر را کرده بودند. گفته بودند مرگ حق است؛ همه می‌میرند. من هم دیر یا زود می‌میرم. امیدوارم شماها من را حلال کنید و ممکن است من شما را رنجانده باشم. آن‌ها خیلی ناراحت شده بودند و جوّ عاطفی شدیدی آن‌جا به‌وجود آمده بود. من در آن جلسه شرکت نکردم؛ چون اصلاً تحمل نداشتم. روز آخر که روز سیزدهم خردادماه بود، دکترها هم دیگر مأیوس شده بودند؛ برای این‌که هرچه دارو به‌کار می‌بردند، فشار خون بالا نمی‌آمد. آقایان دکترها و چندتن از دوستان این طرف و آن طرف با حالت ناراضی نشسته بودند و نمی‌توانستند چیزی بگویند. آقای دکتر فاضل و آقای دکتر عارفی یک‌جا نشسته بودند. من رفتم پیششان گفتم چه خبر است؟ چرا این‌طور نشسته‌اید و زانوی غم بغل کرده‌اید؟ دکتر فاضل به من گفت: فلانی! آقا تا یکی دو ساعت دیگر بیش‌تر نمی‌توانند حرف بزنند. شما برو هر چه می‌خواهی از آقا بپرس. گفتم: خیلی خوب و رفتم در اتاق؛ دیدم صورت آقا نورانی شده و چهره‌ی ایشان گل‌ انداخته است و دارند نماز می‌خوانند. آقا از شب پیش‌ نماز می‌خواندند؛ یعنی از ساعت ۱۰ شب قبل از روز فوتشان نماز می‌خواندند و آن شب دیگر آقای انصاری ایشان را برای وضو مهیا نکردند؛ برای این‌که خودشان دیگر نگفتند که من وضو می‌خواهم؛ چون از شب تا صبح بیدار بودند و نماز می‌خواندند. همان‌طور که خوابیده بودند با آن فشار سرشان را بالا می‌آوردند به‌عنوان رکوع و بعد دوباره برای سجود پایین می‌بردند. من هرچه کردم با آقا حرف بزنم، دلم نیامد آن فضای معنوی را به‌هم بزنم. بعد فقط کمی به ایشان نگاه کردم و بیرون آمدم. ساعت ۳ بعد از ظهر حالشان بد شد که دستگاه شروع کرد به کار و ساعت ۱۰ شب هم ایشان فوت کردند».

سید حسن خمینی صحنه‌ی غم‌بار وداع را این‌گونه به‌خاطر می‌آورد: «وقتی پدرم در جلوی در بیمارستان ایستاده بود، صحنه‌ای عاطفی بود. همان‌موقع که امام داشتند می‌رفتند، ناگهان دست انداختند به گردن بابا و او را بوسیدند. بعد سر را انداختند پایین و رفتند داخل بیمارستان. آن لحظه واقعاً لحظه‌ی خاصی بود؛ یعنی همه ناگهان بهتشان زد و چون شنیدیم که می‌گویند هرچه سن بالاتر می‌رود، پدر به‌گونه دیگری به او می‌نگرد. در ماجرای حضرت علی اکبر^(ع) هم حالات امام حسین^(ع) را ذکر می‌کنند. آن‌جا من احساس کردم که آقا دیگر می‌دانسته‌اند که کار تمام است و ایشان رفتنی است. آن لحظه عطوفت پدری بر سایر مسائل و حجبی که از دکترها داشتند غلبه کرد».

صدیقه مصطفوی دختر امام، وسواس امام در تحصیل را در آخرین لحظات عمرشان برجسته دیده و می‌گوید: «گاهی که امام چشم باز می‌کردند، اگر مورد خلافی را می‌دیدند تذکر می‌داند. مثلاً یک‌بار به خواهرزاده‌ام آقا مسیح گفتند: تو چرا درس را تعطیل کرده‌ای؟ زودی به قم برگرد. من در همه دوران تحصیل یک ساعت وقت درس را به کار دیگری نداده‌ام».

زهرا مصطفوی دیگر دختر امام دغدغه‌ی امور فقهی و ریزبینی‌های ایشان در مسائل علمی را در آخرین لحظات زندگانی ایشان به‌خاطر می‌آورد: «ساعت ۱۰ صبح بود که گفتند حال ایشان خوب نیست. ولی البته به هوش بودند و صحبت می‌کردند. بعد از ظهر گفتند: بگویید که آقایان آشتیانی و توسلی بیایند. من به بعضی‌ها که آن‌جا بودند گفتم بروند. وقتی گفتند آقای توسلی نیست، گفتند: آقای انصاری و آشتیانی بیایند. آقا رو کردند به من و با قیافه خیلی جدی گفتند: من دارم تو را شاهد می‌گیرم که بگویی اعلام کنند. دو مرتبه فرمودند: من تو را شاهد می‌گیرم که بگویی اعلام کنند. بعد دو مسأله شرعی را به آقایان آشتیانی و انصاری گفتند و آن دو مسأله یکی مربوط به وضوی قبل از وقت و دیگری مربوط به بلاد کبیره بود. من قبل از این‌که ایشان به بیمارستان بروند از ایشان سؤال کرده بودم که نظر شما درباره وضوی قبل از وقت چیست؟ ایشان فرمودند: من معتقدم که با هر نیتی که وضو گرفته باشند، با وضوی قبل از وقت می‌توان نماز خواند. عرض کردم: می‌دانید برخی از آقایان نظرشان غیر از این است و با وضویی که برای نماز یا کاری گرفته شود، اجازه نمی‌دهند نماز دیگری خوانده شود؟ ایشان گفتند: چه برای نماز قید کند، چه قبل از وقت باشد یا برای امر دیگری وضو بگیرد، من جایز می‌دانم. در بیمارستان هم مسأله وضوی قبل از وقت را مطرح کردند و فرمودند: شما این را بگویید اعلام کنند. مسأله مربوط به بلاد کبیره مربوط می‌شد. البته کلام امام به سختی قابل فهم بود؛ زیرا هم صدای ایشان خیلی ضعیف بود و هم از زیر ماسک اکسیژن صحبت می‌کردند. جملات اولی که ایشان به‌کار می‌بردند این بود: اگر شهر آن‌قدر بزرگ باشد که از یک طرفش خورشید طلوع کند و از یک طرفش ماه غروب کند… صدای ایشان به قدری ضعیف می‌شد که چیزی نمی‌توانستیم بشنویم. با آن‌که برای آقای آشتیانی تکرار می‌کردند، ولی باز قسمت آخرش مفهوم نبود. فقط آقای آشتیانی گفتند: چشم، چشم. بعد فرمودند: ما با شما دیگر کاری نداریم و آقای آشتیانی رفتند…».

فاطمه طباطبایی- همسر حاج‌احمد‌آقا – جنبه‌ای عرفانی از لحظات وداع را بازگو می‌کند: «یک روز من پیش امام بودم؛ امام داستانی را از یک عارف تعریف کردند. اسم آن عارف یادم نیست. گفتند وقتی پایان عمر آن عارف بود، با خودش خلوت کرد؛ دید که تمام تعلقات خود را دور ریخته؛ یعنی به هیچ چیز دلبستگی ندارد. فقط یک چیز از این‌که بتواند کاملاً به دوست بپیوندد مانعش می‌شود و آن بچه‌ی کوچکی در خانواده‌اش بود که به آن علاقه داشت و آن علاقه نمی‌گذاشت تمام وجودش خالی شود و بتواند به حق برسد. این قضیه را تعریف کردند و تمام شد. مدتی که گذشت دیدم کسی آمد و گفت امام گفتند: علی را پیش من نیاورید. من بلافاصله یاد حرف ایشان افتادم که آن داستان را بی‌خود تعریف نکرده بودند. هیچ نگفتم؛ با کسی هم حرفی نزدم؛ فقط پرسیدم: امام نگفتند چرا؟ آن فرد پاسخ داد: چرا؛ من پرسیدم: آقا؛ علی را بیاورم پیشتان؟ گفتند: نه؛ بچه کسل می‌شود؛ محیط بیمارستان اذیتش می‌کند؛ خسته می‌شود. ولی من متوجه شدم که مسأله از جای دیگری آب می‌خورد. مگر فقط امروز بیمارستان کسل می‌کند؟ ۱۰ روز است که هر روز علی می‌آید. آقا مرتب سراغش را می‌گرفتند و می‌گفتند: علی اگر بیدار شد بیاید».