شیخ بهایی را باید عالمی ذوالفنون دانست. او در فقه نیز چیره‌دست بود. حجم قابل توجهی از آثار او را مباحث علم فقه و اصول تشکیل می‌داد. آن‌گونه که گزارش شده، ۲۸ اثر از آثار او در مباحث فقهی به رشتهٔ تحریر در آمده است. شیخ بهایی پنج اثر را با نام اثنی عشریه نوشته که صبغهٔ فقهی دارد. وی این آثار را در باب طهارت و زکات و صلاه و حج و صوم نوشته است. وی کتابی را به نام «أجوبة أسئلة الشاه عباس الصفوی» نگاشته است که در این رساله به ۱۵ سؤال شاه عباس در زمینهٔ برخی مسائل فقهی و تاریخی پاسخ گفته است.

کتاب جامع عباسی اما یکی از آثار مهم فقهی شیخ بهایی است. او این کتاب را به دستور شاه عباس صفوی نگاشته است و بدین سبب نیز به کتاب جامع عباسی شهرت یافته است. وی در مقدمهٔ این کتاب می‌نویسد: ارادهٔ خاطر اقدس آن است که جمیع خلایق و شیعیان و غلامان حضرت امیر المؤمنین^(ع) عارف به مسائل دین مبین و واقف بر احکام حضرت امیر المؤمنین^(ع) باشند. لهذا اشرف اقدس عرضه دریافت که این بنده دعاگوی بهاء الدین عاملی کتابی ترتیب نماید که مشتمل باشد بر مسائل ضروری دین مثل وضو و… امتثال الأمر الأشرف الأرفع این کتاب سمت تحریر یافت و مسائل آن به عبارات واضح نزدیک به فهم مقرر ساخت تا جمیع خلائق از خواص و عوام از مطالعه آن نفع یابند و بهره‌مند شوند. (جامع عباسی، صص ۷-۸)

این کتاب در بیست باب تنظیم شده که شیخ بهایی تنها به نگارش پنج باب آن یعنی طهارت، نماز، روزه، زکات و حج توفیق یافته است و پس از رحلت او نظام الدین ساوجی از شاگردان او پنج باب دیگر را از باب ششم (باب وقف) تا انتهای باب بیستم (کتاب حدود و دیات) به الگوی استاد به اتمام رسانیده است. بر این کتابِ شیخ بهایی، حاشیه‌های زیادی نوشته شده است. وی در این کتاب است که عمده مباحث فقهی خود را مطرح می‌کند.

شیخ بهایی در آثار فقهی خود کوشیده است تا با استدلال و برهان، بسیاری از علل احکام را نیز توضیح دهد. به عنوان نمونه، وی در رساله «ذبائح أهل الکتاب» در باب حرمت ذبائح اهل کتاب دلالت‌ها و استدلال‌هایی را پیش می‌کشد تا نشان دهد که حرمت ذبیحهٔ اهل کتاب از چه روی است و به چه علت، خوردن حیواناتی که به دست غیر مسلمانان انجام می‌شود، معقول است.

شیخ بهایی همچنین بر تألیفات برخی از فقهای سلف نیز حاشیه نگاشت. به عنوان نمونه بر کتاب مختلف الشیعه فی أحکام الشریعة که کتابی معتبر در فقه شیعه است، حاشیه‌ای نگاشت و زوایای مباحث آن را مورد بحث قرار داد.

عرفان در آراء شیخ بهایی

از مجموع علومی که شیخ را در آن متبحر دانسته‌اند، عرفان نیز از علومی است که شیخ از آن نصیب برده است. میرزا محمد طاهر نصر آبادی – تذکره نگار معروف عصر صفوی- دربارهٔ شیخ بهایی گفته است: «در تزکیه نفس و تصفیه باطن عدیل نداشت». (تذکره نصرآبادی، ص ۱۵۰) برخی او را بزرگ‌ترین عارف روزگار خود دانسته‌اند.

عرفان شیخ بهایی اما از نوع خلوت‌گزینی‌های فارغ‌دلانه و به دور از امورات زندگی نبود. او حتی برای خلوت‌گزینی‌های خود، در مدرسه‌ای به نام بابا قاسم که تا همین اواخر هم در اصفهان مورد توجه بود، می‌رفته و در آنجا به ذکر و ریاضت مشغول می‌شده است.

از آثار شیخ بر می‌آید که با صوفیانی در ارتباط بوده و از آن‌ها اذکاری را فرا می‌گرفته است. اما منش وی به گونه‌ای نبوده که تحت لوای سلسله‌ای از صوفیان در آید و آداب متفاوتی را برگزیند. گفته می‌شود روحیات وی به گونه‌ای بوده که نمی‌توانسته دست ارادت به پیر فلان خانقاه بدهد یا در فلان سلسله صوفیان در آید.

ادهم خلخالی شاگرد متصوف شیخ، در وصف او می‌نویسد: «مشرب تصوف و تحقیق اش به مذهب ظاهرش غالب بود، به زیارت فقرا و درویشان و گوشه‌نشینان مبادرت می‌نمود و رواج آداب ایشان می‌داد و با اهل ﷲ ارتباط تمام داشت و به آواز خوش و مجلس ذکر به غایت راغب بود». (رسائل فارسی ادهم خلخالی، ۱/۳۰۶)

در بیان ارادت شیخ بهایی بر عارفان همچنین گفته شده است: «روزی در خدمت حضرتش مذکور می‌سازند که فلان واعظ بی‌درد و مقلد بی بصیرت، شیخ جنید و شیخ شبلی و شیخ عطار و ملای رومی و حکیم سنایی و سایر مشایخ معروفه صوفیه را یکان یکان نام می‌برد و لعن می‌کند. می‌فرماید که: دعای ما به وی برسانید و بگویید که چه حاجت که تصریح کند و هر یک را بخصوص نام برد؟ چون از آن عمل محظوظ است، بدین عبارت اختصار کند که: نیکان و پاکان اولین و آخرین را لعنت باد! چون آن مقلد این سخن می‌شنود ترک آن می‌کند». (رسائل فارسی ادهم خلخالی، ۱/۳۰۷)

شیخ بهایی علی‌رغم اینکه دلبستهٔ اهل تصوف بوده و اندیشهٔ این جماعت را می‌پسندیده اما از برخی از متصوفان و خانقاهیان روزگار خویش نیز دلگیر بوده است. وی در یکی از اشعارش این‌گونه می‌گوید:

اندرین ویرانهٔ پر وسوسه / دل گرفت از خانقاه و مدرسه

نه ز خلوت کام بردم نه ز سیر / نی ز مسجد طرف بستم نی ز دیر

عالمی خواهم از این عالم به در / تا به کام دل کنم خاکی به سر

گفته می‌شود که در آن روزگار، مدرسه و خانقاه به ابتذال و انحراف کشیده شده بود و منش صوفیانه از رسالت اصلی خود خارج شده بود. انتقاد شیخ بهایی بر صوفیان نیز از این موضع است.

شیخ بهایی عالمی است که در علوم بسیاری متبحر بود. او علم فقه را به نیکی خوانده بود و گرایشی هم در منش عارفان داشت. وی رویکردی را در فقه برگزیده بود و با همین شیوه بود که در منش صوفیان نیز نظر می‌کرد. هر کجا انحرافی می‌دید پای پس می‌کشید و هر کجا دلربایی از دین می‌دید بدان متمایل می‌شد. به این روش بود که نام او جاودانه شد و به عنوان یکی از بزرگ‌ترین متفکران جهان اسلام از او یاد خواهد شد.