بر ظاهرش خُرده می‌گرفتند که چرا صورتت را به شیوه‌ای اسلامی نمی‌آرایی و محاسن بر چهره نمی‌گذاری؟ این سخن بر او سخت آمده بود و آن را با آیت‌ﷲ خمینی در میان نهاده بود. امام خمینی اما به او گفت که در رساله‌های عملیه هم آمده است هر که ریشش را تیغ بزند، ایراد شرعی دارد، اما شما اساسا نمی‌گذارید که ریشی بیرون بیاید که آن را بزنید.

پاسخ آیت‌ﷲ خمینی اگرچه صادق طباطبایی را به وجد آورد، اما او این دغدغه را با آیت‌ﷲ خویی هم در میان نهاده بود. مرحوم خویی پاسخ داده بود که نه، تراشیدن ریش مشکلی ندارد، شما هم ریش‌تان را تراشیده‌اید و اشکالی هم ندارد. طباطبایی اصرار می‌کند که آیا گناه خفیفی هم مرتکب نشده‌ام؟ که پاسخ می‌شنود: خیر، اشکالی ندارد.

وی سپس به آیت‌ﷲ خویی می‌گوید: حضرتعالی قاعدتا در چاپ بعدی رساله عملیه این را اصلاح خواهید کرد. آیت‌ﷲ اما لبخندی می‌زند و چیزی نمی‌گوید. طباطبایی به نزد آیت‌ﷲ سید محمدباقر صدر می‌رود و به او اعتراض می‌کند که چرا چنین شده است که این حکم را به صورت رسمی اعلام نمی‌کنید تا اینقدر مورد اعتراض قرار نگیریم؟ سید محمدباقر صدر با لهجه شکسته و نوک‌زبانی فارسی اما پاسخی تأمل‌برانگیز به وی می‌دهد: پسر عمو، ما دو تا فقه داریم، یکی فقه بازاری و آن فقهی است که علما و صاحبان فتوا از بازار نظر می‌گیرند؛ فقه دیگری، فقه مبتنی بر سنت نبوی است که وقتی حضورا مراجعه کنید، پاسخ شما را می‌دهند. آیت‌ﷲ خویی، عقیده‌اش و استنباط فقهی‌اش همان است که به شما گفته، اما آنچه در رساله نوشته، بر اساس فقه بازاری است.^‏[۱]‎

صادق طباطبایی در خانواده‌ای به دنیا آمد که به نیکی بر سیرت روحانیت وقوف داشت. به دلیل جایگاه پدرش در حوزه علمیه قم، روابط عمیق و پیوسته با بیوت مراجع داشت. تابستان‌ها که آیت‌ﷲ‌العظمی بروجردی به ییلاقات اطراف قم می‌رفت، وی نیز این ایام را در معیّت آیت‌ﷲ می‌گذرانید. با حضرات سید رضا و امام موسی صدر، مجالست و مؤانست بسیار داشت.‌

او از نزدیک با اموری که در بیوت مراجع می‌گذشت آشنایی یافته بود. زمانی که شریف‌امامی پس از درگذشت آیت‌ﷲ بروجردی به منزل ایشان رفته و با حضرات شریعتمداری و بهبهانی دیدار می‌کرده، صادق طباطبایی هم حاضر بوده و گفتگوها را از نزدیک می‌شنید. با سید مصطفی خمینی به مسافرت می‌رفت. با وی به نزد آیت‌ﷲ سید محمد شیرازی در کربلا رفته بود. صادق طباطبایی در ابتدا نمی‌دانسته که مصطفی خمینی او را به نزد چه کسی می‌برد. طباطبایی به تنهایی وارد اتاق آیت‌ﷲ می‌شود و مصطفی خمینی در بیرونی می‌ماند. لحظاتی می‌گذرد تا اینکه «یک روحانی میانسالی با وقار و طمأنینه وارد شد. پس از سلام و مقداری تعارفات معمولی، آن شخصیت روحانی از من خواست خودم را معرفی کرده و هدفم را از مراجعه به ایشان بازگو کنم. مقداری در اطراف رشته تحصیلی من گفتگو شد و سپس ارشادات خود را با معرفی «ثقافه‌های دین مبین» شروع کردند و از بکر بودن زمینه‌های تبلیغ دینی در اروپا و از آمادگی مسیحیون برای پذیرش شرع مقدس مطالبی گفتند و توصیه‌های اخلاقی و علمی و عملی فراوانی به من کردند که تا مدت‌ها مورد طنز دوستان ما در اروپا بود.»

طباطبایی به رویکرد سنتی آیت‌ﷲ شیرازی چندان رضایتی نشان نمی‌دهد. وی که ابتدا نمی‌دانسته با کدام یک از مراجع همسخن است، با ذکر دیدگاه‌های آیت‌ﷲ و فحوای کلام ایشان، متوجه می‌شود که با سید محمد شیرازی روبروست. طباطبایی از آیت‌ﷲ شیرازی اینگونه یاد می‌کند که «وی به دنبال تثبیت مرجعیت خود برای شیعیان کویت است و در صدد است اروپائیان را نیز ارشاد کرده و فوج فوج به دین مبین وارد سازد». وی از آیت‌ﷲ شیرازی خداحافظی می‌کند و بیرون می‌رود. حاج آقا مصطفی را می‌بیند که با شوخ طبعی و لبخندی بر لب از وی می‌پرسد: «کیف کردی؟» وی پاسخ می‌دهد: «اینجا کجا بود که مرا آوردی و چه هدفی از این کار داشتی؟» سید مصطفی در جواب می‌گوید: «سید خوبی است!» وی می‌گوید: «من نگفتم آدم بدی است ولی چه سنخیتی بین من و ایشان است؟» مصطفی علت تدارک دیدن این دیدار را اینگونه عنوان می‌کند که «می‌خواستم علمای اینجا را از نزدیک بشناسی و فکر نکنی همه مثل پدرت و یا آقا (امام خمینی) هستند.»^‏[۲]‎

طباطبایی در نجف هم به دیدار آیت‌ﷲ خویی رفته بود. در آن زمان، حکومت بعثی عراق، طلاّب علوم دینی ایرانی و افغانی را تحت فشار قرار داده و جنایات زیادی کرده بود. در این زمان، آیت‌ﷲ خویی اعتراضی نمی‌کنند و بیانیه‌ای در تأیید حکام بعثی انتشار می‌دهند. معترضین به رفتارهای حکومت بعثی اما بیانیه‌ای می‌نویسند و خدمت آیت‌ﷲ خویی ارسال می‌کنند به این مضمون که «دولت عراق مشکلاتی برای طلاّب فراهم آورده و اسائه ادب به ساحت شما و حوزه علمیه شده است؛ در این مورد خوب است که نظر آیت‌ﷲ خویی را بدانیم.»

در پاسخ به این نامه، مطلبی با مُهر و امضای آیت‌ﷲ خویی منتشر می‌شود مبنی بر اینکه «من چنین مطلبی نگفته‌ام و از جانب حکومت عراق نسبت به حوزه علمیه نجف و طلاب اسائه ادبی نشده و مشکلاتی ندیدم فراهم بشود و نسبت به خودم جز احترام و محبت و تسهیل کارهایم چیزی مشاهده نکردم.» صادق طباطبایی این نامه را به نزد آیت‌ﷲ خویی می‌برد. آیت‌ﷲ نامه را می‌خواند و می‌گوید: «امضای من جعل شده است، نه مطلب از من است و نه امضا از من.»

طباطبایی قلمش را بیرون می‌آورد و می‌گوید لطفا این مطلب را در این زیر مرقوم فرمایید؛ این جعل مطلب مزیّن به مُهر مرجعیت شماست و باید خیلی حساسیت نشان بدهید که چرا باید آن را جعل کنند؛ آن هم با یک چنین مطالبی. آیت‌ﷲ خویی اما عقب‌نشینی می‌کند و می‌گوید: «نه، به طریق دیگری باید این تکذیب را انجام بدهیم، اما شما از قول من به دوستانتان بگویید که این مطلب صحّت ندارد.» طباطبایی می‌گوید: «اینجا مُهر مرجعیت شما زیرش هست و با کلام شفاهی منِ فُکُلی تکذیب نمی‌شود. آیت‌ﷲ خویی اما زیر بار نمی‌رود و تن به امضا کردن نمی‌دهد.»^‏[۳]‎

طباطبایی در دیدارهای بسیاری از روحانیون با امام خمینی هم حضور داشت. در مجلسی که آیت‌ﷲ صدوقی در خدمت آیت‌ﷲ خمینی بود، بحث بر سر آن می‌رود که وقتی انقلاب به پیروزی برسد چه می‌شود؟ آقای صدوقی خطاب به صادق طباطبایی می‌گوید: «خوب شما می‌شوید نخست‌وزیر!» وی پاسخ می‌دهد: «بنده غلط کنم نخست‌وزیر ایشان (امام) بشوم.» صدوقی می‌گوید: «چطور؟» طباطبایی پاسخ می‌دهد که «من حالِ این را ندارم که هر روز یک نامه دریافت بکنم که جناب آقای نخست‌وزیر همانطوری که کرارا تذکر داده‌ام! من حالِ گرفتنِ این نامه‌ها را ندارم، هر امر دیگری بکنند چرا.» دوباره آقای صدوقی می‌گوید: «رئیس‌جمهور شوید.» وی پاسخ می‌دهد: «دیگه بدتر. خَسر الدنیا و الاخره می‌شوم!».

صادق طباطبایی اما رئیس جمهور نشد. روحش قرین با آرامشِ اخروی باد.