آیتﷲ خمینی با شیوهٔ سیاسی آیتﷲ خوانساری بر سر مهر نبود. زمانی که ایشان در نجف بود و خبر رسید که آیتﷲ خوانساری قصد دیدار با ایشان را دارد، امام خمینی نامه‌ای به سید مرتضی پسندیده نوشت و از وی درخواست کرد تا از سفر سید خوانساری ممانعت کند. ایشان خطاب به آیتﷲ پسندیده گفته بود: «… من متأسفم که آبروی روحانیت با دست خودشان می‌ریزد و نخواهند فهمید یا نمی‌خواهند بفهمند.. اگر امکان داشته باشد با وسایلی آقای حاج سید احمد (خوانساری) را از سفر اینجا منصرف کنید. اشتهار [دارد] به اینکه برای مقاصد سویی می‌آید یا آنکه إن شاء ﷲ دروغ است. لکن همین، آبروی خود ایشان و جامعه ما را می‌برد و من با وسایلی تشبث کردم برای انصراف او، لکن شما نزدیک هستید. ممکن است بعضی دوستان ایشان را وادار کنند جداً جلو بگیرند».[۱]
به نظر می‌رسد آیتﷲ خوانساری قصد داشته تا به نجف برود و از اعتراض‌های مکرر آیتﷲ خمینی به حاکمیت پهلوی مانع شود. زمانی که آیتﷲ خمینی در حبس بود نیز مرحوم خوانساری به دیدار وی رفته بود. پس از این دیدار آیتﷲ خمینی این‌گونه از آن روز یاد کرد: «وقتی سر و کله آقای حاج سید احمد (خوانساری) پیدا شد من خیلی اوقاتم تلخ شد. گفتم ایشان الان می‌رود احساسات مردم را خاموش می‌کند و آب‌ها از آسیاب می‌افتد».[۲]
آیتﷲ خمینی اگرچه اختلافات نظری با سید خوانساری داشت اما ایشان را بسیار محترم می‌داشت. آیتﷲ غیوری در خاطره‌ای از نهایت احترام امام خمینی به ایشان یاد کرده است: «یک زمانی که خدمت امام بودم ایشان با آقای شریعتمداری با تلفن مشغول صحبت بودند و می‌گفتند: دیگر تا چه وقت می‌نشینید که به آیتﷲ خوانساری این قدر اهانت کنند. ما از آقای خوانساری بهتر چه کسی را داریم؟ و بعد آن‌قدر ایشان ناراحت شده بود که تلفن را قطع کرد. این جمله‌ای است که خود امام گفتند، در حالی که من نشسته بودم».[۳]
آیتﷲ منتظری اما بر این باور است که نخستین جرقه تفاوت نظر میان آیتﷲ خمینی و آیتﷲ خوانساری در جریان لوایح شش‌گانه شاه زده شد: «یادم هست که آیتﷲ خمینی هم روی این جهت اصرار داشت که اصل لوایح را نبایستی زیر سؤال برد و به آن اعتراض کرد و مرحوم آیتﷲ سید احمد خوانساری هم که در یک صحبت یا نوشته –که حالا دقیقاً یادم نیست- گفته بود این اصلاحات ارضی غلط است و زمین‌ها غصب است و نمی‌شود در آن نماز خواند و از این راه وارد شده بودند. آیتﷲ خمینی خیلی ناراحت شدند و در یک شب که ما پنج شش نفر منزل ایشان بودیم، گفتند: بروید هر جوری هست به آقای سید احمد خوانساری بگویید این چه وضعی است، ایشان با این کار خود به این نهضت ضربه زد، برای اینکه فردا کشاورزان را علیه ما می‌شورانند. اینکه ما بگوییم اصلاحات ارضی خلاف شرع است، راه مبارزه نیست، اینکه می‌خواهند بروند بچه‌های مردم را درس بدهند، ما نباید بگوییم نروید درس بدهید، ما باید با اصل رفراندوم مخالفت کنیم. برای اینکه کشور ما قانون دارد مجلس دارد، باز کردن باب رفراندوم صحیح نیست. چون ممکن است این‌ها فردا بیایند بگویند ما می‌خواهیم مذهب را لغو کنیم و یک رفراندوم ساختگی راه بیندازند و از این طریق بخواهند مقاصد خود را عمل کنند، ما با اصل رفراندم مخالفیم، زیرا یک بدعت تازه است…».[۴]
در سال ۱۳۵۰ که جشن‌های شاهنشاهی آغاز شد، روحانیون هم به اعتراض پرداختند. مخالفت‌ها اما در مقابل این‌گونه مراسم‌ها مختلف بود. ساواک، مخالفان را این‌گونه معرفی کرد: «روحانیون مخالف در مقابل جشن شاهنشاهی به طور کلی شامل دو دسته می‌باشند: روحانیونی که در مخالفت با انجام جشن‌ها صراحت رویّه دارند مثل آیتﷲ گلپایگانی در قم… دسته دیگر روحانیون میانه‌رو که در رأس آن‌ها آیتﷲ خوانساری در تهران و آیتﷲ مرعشی در قم می‌باشد. دسته اخیر ضمن مخالفت با جشن‌ها فعلاً رویّه‌ای بی‌تفاوت اتخاذ کرده‌اند».[۵] آیتﷲ خوانساری اگر در سال‌های ۴۱ و ۴۲ اعتراض‌هایی را به حاکمیت روا می‌داشت و بعضاً در محافل سیاسی حضور می‌یافت اما اینک کمتر به اختلافات با دولت دامن می‌زد.
در گزارشی از ساواک در یازدهم آبان ۱۳۵۰، از قول آیتﷲ خوانساری آمده است که ایشان با فشار جمعی از روحانیون تهران گفته است بهتر است از خمینی تقلید نشود و این موج اختلاف فعلاً ادامه دارد.[۶] گزارش‌ها خبر از مدارای آیتﷲ خوانساری با دولت شاهنشاهی می‌دهد. این منش آیتﷲ به اختلاف نظر بیشتر میان آیتﷲ خمینی و خوانساری می‌انجامید به گونه‌ای که طرفداران این دو نیز اختلافاتی با یکدیگر داشتند.
در سال ۱۳۵۱ گزارش شد که عده‌ای از متعصبین مذهبی، دیگر پشت سر آیتﷲ خوانساری نماز نمی‌خواندند. بر اساس گزارش ساواک، «عده‌ای از قبیل کلاهدوز که از متعصبین مذهبی هستند، پشت سر آقای خوانساری نماز نمی‌خواندند. حالا که عده‌ای بر اثر تبلیغات از آیتﷲ خوانساری و گلپایگانی دلسرد شده‌اند، اصلح است به نفع روحانیون موافق تبلیغ شده تا جای خالی این دو را مخالفین پر نکنند و احیاناً به طرف خمینی گرایش پیدا نکنند.»[۷]
در یکی دیگر از اسناد ساواک اختلاف نظر میان پیروان آیتﷲ خوانساری و خمینی به تصویر کشیده شده است: «… روز ۸/۲/۵۲ سید مهدی لواسانی به ملاقات آیتﷲ میلانی آمده و ضمن صحبت به او گفته است: آقا وضع ایران را چگونه می‌بینید؟ میلانی گفته به نظر من وضع مساعد نیست… میلانی اضافه نموده که من حاضرم با عمو زاده‌ام آیتﷲ سید محمد هادی میلانی صحبت کنم و او را تا اندازه‌ای حاضر نمایم که اگر خدای ناکرده خطری مملکت را تهدید نمود سه چهار نفری (حضرات شریعتمداری، خوانساری و میلانی‌ها) فتوای دفاع از رژیم سلطنت را بدهیم. لواسانی گفته: خمینی که مخالف است. میلانی جواب داده، من این حرف را تا به امروز نزده بودم، خمینی یک طلبه است و او قدرتی ندارد که با پادشاه یک مملکت دربیفتد و من معتقدم که به وسیله انگلیسی‌ها تربیت شده و حالا هم برنامه‌های آن‌ها را اجرا می‌کند.»[۸]
ساواک همچنین گزارش داد که نفوذ آیتﷲ خوانساری که در گذشته حدود وسیع‌تری داشت، در سنوات اخیر به علت کهولت و محدود بودن فعالیت‌های مذهبی یاد شده و هوادارانش رو به تنزل گذاشته است. از طرفی متعصبین مذهبی و روحانیون افراطی طرفدار خمینی با توجه به رویّه محافظه‌کارانه و بی‌طرفی او تبلیغاتی علیه وی در بین قشرهای مذهبی نموده‌اند که در محدود شدن نفوذ او تأثیر داشته است. از نفوذ و موقعیت وی در خارج کشور اطلاعی در دست نیست و به نظر نمی‌رسد که موقعیت و نفوذ چندانی در خارج داشته باشد.[۹]
آیتﷲ خوانساری در آستانه انقلاب و با فراگیری آن نیز، با انقلابیون همراهی چندانی نکرد. در ماجرای آتش‌سوزی سینما رکس آبادان، وی به همراه آیتﷲ شریعتمداری بر این باور بودند که اعلامیه‌های امام خمینی علت اصلی این‌گونه وقایع تلخ می‌شود.[۱۰] در ماجرای هفدهم شهریور ۵۷ هم، در گرماگرم نزاع‌ها، آیتﷲ خوانساری، موافقتی با تجمع‌های خیابانی نداشت و مردم را از این‌گونه حرکات منع می‌کرد. حجت‌الاسلام عمید زنجانی ماجرای هفدهم شهریور و مواجهه بیت آیتﷲ خوانساری را این‌گونه شرح می‌دهد: «بعد از کشتار… بالاخره ما به فکر افتادیم که با مراکزی تماس بگیریم و به ذهنمام آمد که با بیت مرحوم آقای خوانساری تماس حاصل نماییم. هر کاری کردیم که با وسایل مختلف با بیت آقای خوانساری تماس بگیریم و به خود ایشان دسترسی پیدا کنیم راه ندادند. در نهایت با آقا سید جعفر، آقازاده ایشان توانستیم تماس برقرار کنیم، البته دقیقاً یادم نیست که وی کجا بود اما در تهران هم نبود و یک جای دیگری حضور داشت و با التماس از ایشان خواستیم که آقای خوانساری اقدام بکند، تا اینکه اجازه بدهند این مجروحین را به یک جایی برسانند و مردمی که در خانه‌ها هستند متفرق بشوند. اصلاً آن‌ها یکی یکی از خانه‌ها بیرون بیایند و بروند. شاید دو ساعتی ما کلنجار رفتیم و حالا مسائلی که در تلفن شنیدیم بماند و آن‌ها حاکی از این بود که چرا این کار را کرده‌اند، گفتیم بالاخره کاری است که شده و الان آنچه هست یک تعدادی شهید و یک تعدادی مجروح است که به این مجروحین باید رسیدگی بشود. تلاش‌های ما نتیجه‌ای نداد و بسیاری از این‌ها که در خانه‌ها محصور شده بودند…».[۱۱] در این ماجرا، اعتراضِ اصلی آیتﷲ خوانساری به مردمی است که به خیابان آمده‌اند و به اعتراض می‌پرداختند.
در ماجرای ۱۹ دی ماه در قم، آیتﷲ خوانساری نامه‌ای به آیتﷲ مرعشی می‌نویسد و اعلام می‌کند که اگر خلاف نظر مراجع عمل نمی‌شد، این‌گونه وقایع هم رخ نمی‌داد. ایشان بر این باور بودند که نظر مراجع، عدم اعتراض‌های انقلابی است. اما ناشنیده گرفتن این پیام سبب شده است تا وقایع تلخی رخ دهد. ایشان در نامه به آیتﷲ مرعشی این‌گونه آوردند: «… از جهت وقوع حادثه در حوزه، همگی مکرر و شدیداً متأثر با مقامات مربوطه مذاکره شد. ان شاء لله تعالی این‌گونه حوادث در جوامع اسلامیه تکرار نمی‌شود و اگر حرکات برخلاف نظر حضرات آقایان مراجع انجام نمی‌گرفت این نوع حوادث اتفاق نمی‌افتاد».[۱۲]
آیتﷲ خوانساری با برخوردهای انقلابی موافقتی نکرد. وی اعتراض‌هایی را به نحوه عملکرد حاکمیت داشت، اما با مشی انقلابی‌گری نیز موافتی نکرد. حجت‌الاسلام حسینی همدانی، از روحانی وارسته‌ای یاد می‌کند با نام «آخوند». مرحوم آخوند از علمای همدان و از شاگردان آقا ملکی تبریزی بود. وی منش سید احمد خوانساری و مرحوم آخوند را در کنار هم می‌نهد. توضیحات حسینی همدانی می‌تواند مشی سیاسی سید احمد خوانساری را بر ما مکشوف کند: «میان روش مبارزاتی مرحوم آخوند و آیتﷲ خوانساری شباهت‌هایی وجود داشت. آیتﷲ احمد خوانساری هم خیلی مورد لطف امام قرار داشت. مرد عظیمی از نظر تقوا بود. به قول آقای آخوند که می‌گفت «من معتقدم سید احمد خوانساری معصوم به دنیا آمده است» اما همین آیتﷲ خوانساری در مبارزه سلیقه خاصی داشت، سلیقه‌اش این بود که بایستی حاد برخورد نکرد، آیتﷲ آخوند هم همین طور بود و به این دلیل بود که او در همدان قیام نکرد، ولی اگر قیام می‌کرد خیلی عجیب می‌شد. مکرر خدمت ایشان شرفیاب می‌شدم، می‌دیدم واقعاً از دستگاه ناراحت بود و خون دل می‌خورد، ولی گفت باید مبارزه منفی کرد یعنی قیام نکرد و برخورد حاد نکرد. پس از شروع نهضت، مردم تهران در مورد آیتﷲ خوانساری و مردم همدان در مورد آیتﷲ آخوند انتظار داشتند که مثل امام حرکت کنند، ولی هیچ کس نمی‌توانست مثل امام حرکت کند. مراجع قم هم نتوانستند، آقایان در سطح آرام‌تری حرکت می‌کردند».[۱۳]
آپارات
اینستاگرام
توییتر
تلگرام
ایتا
امتداد شاگردان علامه در انقلاب اسلامی
شیعهستیزی و راهکارهای دفاعی مطلوب
اسلام و غرب؛ امام خمینی و شارحانش
روحانیت اصیل و آفات آن از نگاه امام خمینی(ره)