منش انقلابی آیتﷲ خمینی و طرفداران ایشان، مطابق با سلوک سیاسی آیتﷲ خویی و همفکرانش نبود. برخی از حامیان امام خمینی البته برای سرپوش گذاشتن بر فعالیت‌های سیاسی خود، به درس آیتﷲ خویی نیز می‌رفتند؛ از جمله حجت‌الاسلام محمود دعایی؛ وی می گوید: «من به‌عنوان طلبه‌ای که علاقه‌مند به امام است و تازه به محیط وارد شده است با بیت و بیرونی امام ارتباط داشتم و درس‌هایی را که در قم خوانده بودم مرور می‌کردم. البته در درس خارج اصول آقای خویی و مراجع دیگر هم به جهت سرپوش گذاشتن بر فعالیت‌های خودم و این‌که مشخص نشود فرد تندی هستم، گاهی شرکت می‌کردم».[۱]
آن‌چنان که از این خاطره نیز مشخص است، منش سیاسی این دو مرجع با یکدیگر تفاوت داشته که درس مرحوم خویی مورد حساسیت واقع نمی‌شده است. آیتﷲ خویی اگرچه در اوج حوادث سیاسی در سال‌های ۴۱ تا ۴۳ بیانیه‌هایی را صادر کرده و مشی مبارزاتی را پیشه ساخته بود؛ اما عدم اقبال او به فعالیت‌های سیاسی، مخالفت‌هایی را از جانب روحانیون انقلابی به همراه داشت. این اختلافات به تنش میان طرفداران آیتﷲ خمینی و مرحوم خویی نیز منجر می‌شد. عمید زنجانی دراین‌باره می‌گوید: «… دقیقاً الان در خاطرم نیست که از چه تاریخی یک مرتبه یک تغییر رویّه‌ای در بیت آقای خویی به‌وجود آمد و کم‌کم اطرافیان آقای خویی از جمله بعضی از فرزندان ایشان شروع به بدگویی از نهضت و بی‌مهری نسبت به امام کردند و اعلامیه‌ها قطع شد. این مسأله مطرح شد که چطور این نهضت فقط فایده‌اش برای امام امّت است و تنها مقلّدین و علاقه‌مندان ایشان زیاد می‌شوند؛ بقیه هم در این نهضت سهیم هستند؛ می‌گفتند اگر نهضت برای اسلام است چطور فقط ثمره و آثارش برای یک نفر است».[۲] عمید زنجانی سپس از دیدار خود با آیتﷲ خویی سخن می‌گوید و از اعتراضی که نسبت به طرفداران آیتﷲ داشته پرده برمی‌دارد: «چند مورد هم ما رفتیم خدمت آیتﷲ خویی و گلایه کردیم و از برخی از اطرافیان ایشان شکوه نمودیم. حتی یکی از منصوبین به ایشان در مدرسه آیتﷲ بروجردی نجف اهانتی به امام کرد و این اهانت را ما به آقای خویی انتقال دادیم؛ آقای خویی تنها به این اکتفا کرد و گفت که خوب به امام صادق(ع) هم دروغ می‌گفتند و من نمی‌توانم جلو آقایان را بگیرم. عرض کردیم که بالاخره شما نهی بفرمایید؛ نهی شما منعکس می‌شود و لااقل فضلا و طلاب نجف متوجه می‌شوند که این حرف، حرف شخصی آن آقا است؛ نه این‌که آن آقا چون وابسته به شماست حرفش انتصاب به شما داشته باشد. البته آقای خویی این کار را کرده بود و آن آقا را خواسته و توبیخ کرده بود؛ که همین توبیخ برای ما مسأله‌ای شد و نسبت به من و دوستانم هم کارشکنی‌های زیادی می‌شد».[۳]
اختلاف میان طرفداران آیتﷲ خمینی و آیتﷲ خویی به‌گونه‌ای بود که برگزاری مراسم‌های مذهبی نیز از جانب هوارادان این دو به تنش کشیده می‌شد. در مرداد ماه ۱۳۵۱ که مصادف بود با سالروز ولادت حضرت فاطمه(س)، قرار بود جشنی در مدرسه علمیه سامرا برگزار شود. در این جشن طلاب سه مرجع تقلید یعنی حضرات آیات خویی، شاهرودی و خمینی شرکت داشتند. قبل از شروع جشن، طرفداران آیتﷲ خمینی تکلیف نمودند که باید در این مجلس علیه حکومت ایران به شدت و مفصلاً سخنرانی گردد. این امر با مخالفت طرفداران آیات خویی و شاهرودی قرار گرفت؛ زیرا آن‌ها معتقد بودند که جشن به‌خاطر ولادت حضرت فاطمه(س) برگزار می‌شود و جشن مذهبی است نه میتینگ سیاسی. در نتیجه زد و خورد در میان آن‌ها رخ می‌دهد.[۴] گزارش دیگری حاکی است که در مراسم بزرگداشت آیتﷲ سعیدی نیز میان طرفداران حضرات خویی و خمینی تنش به‌وجود می‌آید و از ادامه برپایی مراسم جلوگیری می‌شود.[۵] این نزاع‌ها تنها در ایران نبود؛ در اسناد ساواک گزارش می شود که در عراق میان طرفداران آیتﷲ خویی و آیتﷲ خمینی شدیداً اختلاف افتاده است.[۶] آیتﷲ گرامی می‌گوید: «شنیدم برخی از علاقه‌مندان آقای خویی به دکان کسبه می‌رفتند و بدگویی امام را کرده، می‌گفتند امام وابسته به خارج است».[۷]
دعوای طرفداران این دو مرجع به‌گونه‌ای بوده که جمعی از پیشنمازان طرفدار آیتﷲ خویی در تهران نامه‌ای به آیتﷲ خمینی می‌نویسند و از روحانیون طرفدار وی شکایت می‌کنند. در این نامه نوشته بودند «این افراد عده‌ای جوان ناپخته – و بعضاً عیاش – هستند و به همه مراجع جز شما توهین می‌کنند؛ این که وضع نشد!». آیتﷲ خمینی جواب می‌دهد که من نمی‌خواهم کسی برای ترویج من فعالیت کند. من شاید تا دو سال دیگر زنده نباشم؛ برای چه اهل منبر به نفع من فعالیت می‌کنند؟ اگر به دیگران توهین شود من راضی نیستم.[۸]
اعتراض انقلابیون بر سر سکوت سیاسی آیتﷲ خویی بود. آن‌ها بر آیتﷲ خرده می‌گرفتند که چرا سابقاً انقلابیون را همراهی می‌کرده، اما به مرور از حمایت‌های خود دست کشیده است؟ حمید روحانی از روحانیون طرفدار آیتﷲ خمینی به آیتﷲ خویی اعتراض می‌کند که «آیتﷲ خویی که در سال ۱۳۴۲ پیام داده بود که نهال اسلام رو به خشکی است و احتیاج به خون دارد و من خونم را در این راه اهدا می‌کنم، اما روز دیگر خون شهیدان را پایمال کرده به شاه انگشتر می‌دادند».[۹]
پس از درگذشت آیتﷲ حکیم اختلافات بیش‌تری میان حامیان حضرات آیات خویی و خمینی بروز می‌کند. مرحوم امام و آیتﷲ خویی شاخص نجف در آن زمان بودند. اختلافات در این مقطع به‌گونه‌ای بوده که برخی از وابستگان به این دو حتی قهر کرده و مهاجرت می‌کنند. پسر آقا شیخ نصرﷲ خلخالی قهر کرده و مدتی به سوریه یا نجف رفته بود. جدال بر سر مرجعیت آیتﷲ خویی و آیتﷲ خمینی در میان طرفداران ایشان بالا گرفته بود. حمید روحانی که از مدافعان مرجعیت آیتﷲ خمینی بود، بر حامیان خویی طعن می‌زند. وی ماجرای جدال بر سر مرجعیت آیتﷲ خمینی و آیتﷲ خویی را این‌گونه گزارش می‌کند: «روحانی‌نماها و پیش‌نمازهای نامتعهد که طی چند نشست تصمیم گرفتند مردم را به ظاهر در برگزیدن خویی یا خمینی برای تقلید آزاد بگذارند و با تاکتیک‌هایی زمینه را جهت مرجعیت عامه‌ی خویی و عقب‌زدن امام، هموار سازند، یکباره خود را در برابر گرایش سیل‌آسای مردم به‌سوی امام یافتند و نیز در برابر موضع قاطع، صریح و انقلابی علمای مجاهد و متعهد درباره مرجعیت جهان‌شمول امام غافل‌گیر شدند و دریافتند که تمام رشته‌ها پنبه شده و نقشه‌ها نقش بر آب گردیده است. این‌جا بود که به‌طور ناگهانی و شتابزدگی بر آن شدند که راه علاجی را برای شکست توطئه خود بیابند و از آن‌جا که فرصت را برای تشکیل جلسه مجدد کوتاه می‌دیدند، طی تماس تلفنی به یکدیگر گوشزد کردند که به‌جای اختیار دادن به مردم در برگزیدن خویی یا خمینی، آقای خویی را رسماً اعلم معرفی کنند. در غیر این صورت کار از کار می‌گذرد و ملت به سویی می‌رود که به‌نظر آنان نباید برود. از این رو آن‌ها که تا دیروز آقایان خویی و خمینی را از نظر مراتب علمی، پرهیزکاری و دیگر شرایط رهبری مساوی می‌دیدند، یکباره خواب‌نما شدند که آقای خویی اعلم است و به‌طور مشخص باید از او تقلید کرد… نکته جالب توجه این‌که پیش‌نمازهای تهران که نخست آقایان خویی و خمینی را از نظر داشتن شرایط مرجعیت مساوی می‌دانستند و تقلید از یکی از آن دو را مجزی اعلام می‌کردند و سپس یکباره به اعلمیت آقای خویی رای دادند، در پاسخ این پرسش که چگونه در ظرف چند روز، نظر شما به‌طور ناگهانی تغییر یافت، پاسخ دادند: ما اول برای احترام آقای خمینی هر دو را مساوی اعلام کردیم؛ اما وقتی دیدیم هواداران آقای خمینی در قم و تهران به اعلمیت او رأی دادند و آقای خویی را اصلاً به حساب نیاوردند، ما هم علی‌رغم آن‌ها آقای خویی را اعلم معرفی کردیم! تو خود حدیث مفصل بخوان از این مجمل».[۱۰]
حمید روحانی با ذکر این خاطره بر آن است که اعلمیت آیتﷲ خویی و رجوع برخی مقلدین به ایشان، عواملی غیرعلمی داشته و لجاجت و درگیری‌هایی که میان طرفداران این دو پیش آمده، سبب رجوع به آیتﷲ خویی شده است. وی بر این باور است که حزب‌الدعوه عراق نیز به دلیل آن‌که آن‌روز با امام خمینی حقد و کینه ویژه‌ای داشته است، مرجعیت آیتﷲ خویی را می‌پذیرد و عناصری از اعضا و هواداران حزب را برای تبلیغات به نفع خویی به کشورهای مختلف گسیل می‌دارد.[۱۱]
عبدالمجید معادیخواه نیز از اختلاف دیدگاه‌ها میان طرفداران آیتﷲ خمینی و مرحوم خویی یاد می‌کند. وی می‌گوید در مسجد جامع سیرجان طرفداران آیتﷲ خویی حضور داشتند که با شعار سیاست‌گریزی، در تقابل با جنبش اسلامی قرار داشتند.[۱۲] این تقابل در دیگر مساجد و اماکن مذهبی نیز وجود داشته است. تمایز در مشی سیاسی طرفداران آیتﷲ خمینی و آیتﷲ خویی امری بدیهی به‌نظر می‌رسیده است. حجت‌الاسلام مهدی طاهری خرم‌آبادی در خاطره‌ای، از ارتباط میان دو روحانی یاد می‌کند که یکی طرفدار آیتﷲ خمینی بوده و دیگری از مشی آیتﷲ خویی تبعیت می‌کرده است: «شهید آیتﷲ دستغیب در قم مهمان سید احمد فهری بود. مرحوم دستغیب هم عالمی معروف و مجتهدی عارف بود و هم شخصیتی انقلابی و طرفدار و نماینده امام. البته سید احمد فهری وکیل آیتﷲ خویی بود و انقلابی نبود. آن‌چه آن دو را به هم متصل و نزدیک می‌کرد، جنبه عرفانی شخصیت آن‌دو بود».[۱۳]
اختلاف طرفدران آیتﷲ خویی و امام خمینی در جایی دیگر این‌گونه گزارش شده است: «… آقا سید محمد شیرازی در آن زمان یک پایگاه و پناهگاه برای طلابی بود که در جهت امام و نهضت گام برمی‌داشتند؛ به همین دلیل هم اطرافیان آقای خویی سخت آقا سید محمد را می‌کوبیدند. معروف شد که آقای خویی فرموده است: ایشان مجتهد نیست؛ یا عبارتی شبیه این را شایع کرده بودند که ایشان چنین و چنان است».[۱۴] این بیان نشان از اوج اختلاف میان طرفداران این دو مرجع دارد؛ به‌گونه‌ای که حمایت از امام خمینی مورد غضب طرفداران آیتﷲ خویی قرار می‌گرفته است.
انقلابیون و حامیان امام، به سیاست‌های آیتﷲ خویی در عراق نیز معترض بودند. آن‌ها سکوت مرحوم خویی را در قبال فعالیت‌های شهید صدر مورد اعتراض قرار می‌دادند. آیتﷲ خاتم یزدی بر این باور است که سکوت مرحوم خویی منجر به شهادت یاران شهید صدر شده بود. به تعبیر او «رژیم بعثی عراق… در مدت کوتاهی به شناسایی و قلع و قمع آنان (یاران شهید صدر) که با سکوت مرحوم آقای خویی و عدم موضع‌گیری ایشان همراه بود پرداخت…».[۱۵]
شروع درس‌های حکومت اسلامی توسط امام خمینی نیز آتش اختلافات میان طرفداران را بیش‌تر شعله‌ور کرد. آیتﷲ خویی و به‌تبع وی طرفداران ایشان، بحث حکومت اسلامی را آن‌گونه که امام داعیه‌دار آن بود برنمی‌تابیدند. طرفداران امام اما در این مقطع سعی می‌کنند که واکنش نشان دهند. حجت‌الاسلام فردوسی‌پور، واکنش حامیان امام خمینی را این‌گونه گزارش داده است: «… جمعی از مبارزان و طرفداران امام تصمیم گرفتیم که به این آقایان سلام نکنیم. آن‌هایی را که در بیوت این آقایان جمع می‌شدند و این حرف‌ها را می‌زدند می‌شناختیم. یکی از چیزهایی که در نجف خیلی مهم است، اصلاً شخصیت این آقایان به سلام کردن و احوالپرسی است… اگر آن‌ها را می‌دیدی و احوالپرسی می‌کردی این‌ها خوشحال می‌شدند؛ اما اگر می‌دیدی و اعتنایشان نمی‌کردی، می‌گفتند چه خبر شده. از آن جمله تصمیم گرفتیم که به آقای نخجوانی – مغز سیاسی بیت آیتﷲ خویی – سلام نکنیم. وی دو دفعه به آقای محتشمی برخورد کرده بود که آقای محتشمی سلام نکرده بود و شاید ایشان سلام کرده بود و آقای محتشمی جواب سلام هم نداده بود. ایشان نقل می‌کرد دفعه سوم آقای نخجوانی برگشت جلوی من را گرفت که آقا چه شده است؟ من امروز می‌بینم که همه شما از دست ما عصبانی هستید و جواب سلام ما را نمی‌دهید؛ من کسی بودم که به استقبال امام رفتم؛ برای امام خانه تهیه کردم؛ شروع کرده بود فعالیت‌های خودش را گفتن. آقای محتشمی هم گفته بود چیزی نشده است؛ شما جلوی دهانتان را بگیرید و حواستان جمع باشد علیه آقا صحبتی نکنید».[۱۶]
واکنش‌ها و اعتراضات به درس‌های حکومت اسلامی بیش از این بود. یکی از روحانیون که جزو مراجع به‌حساب می‌آمد، در میان جمعی از طلاب به انتقاد علیه تدریس حکومت اسلامی می‌پردازد. آن شخص بعد از نماز مغرب و عشا به حالت ایستاده گفته بود که دیشب تیمور بختیار آمده و این مطالب در باب حکومت اسلامی را به آیتﷲ خمینی دیکته کرده است. آن شخص مورد غضب طرفدران آیتﷲ خمینی قرار می‌گیرد. این در حالی بود که دولت عراق دستور داده بود آن شخص را از عراق اخراج کنند؛ اما آیتﷲ خویی از ایشان حمایت می‌کند. آیتﷲ خویی پیغام داده بود: «نفس کنفس»؛ اگر قرار باشد او برود من هم باید بروم و شما باید اخراج او را از عراق لغو کنید؛ دولت عراق هم مسامحه و از اخراج وی خودداری می‌کند.[۱۷]
مخالفت طرفداران آیتﷲ خمینی با شیوه رفتاری مرحوم خویی به‌گونه‌ای بود که در آستانه انقلاب و در دی ماه ۵۷ شیخ مهدی شمس‌الدین که از نزدیکان امام موسی صدر و ساکن لبنان بود، تلگرافی به آیتﷲ خمینی می‌نویسد و از ایشان می‌خواهد تا به مقلدین و طرفداران خود در ایران یادآور شود که از هتک حرمت آیتﷲ خویی خودداری نمایند.[۱۸] ساواک نیز گزارش داد: «به‌دنبال انتشار اخباری مبنی بر تنفید و تحریک علیه آیتﷲ خویی از جانب طرفداران خمینی، تعداد قابل توجهی از طرفداران آیتﷲ خویی در تهران درصددند ضمن مسافرت دسته‌جمعی به قم و ملاقات با شریعتمداری، گلپایگانی و نجفی از آنان درخواست نمایند که از ادامه تحریکاتی علیه مرجعی مانند آیتﷲ خویی جلوگیری نمایند».[۱۹]