گفته می‌شود که در نجف اگر سخن از فلسفه به میان می‌آمد، به نحو مَحرمانه‌ و مخفیانه‌ای بود. شُهرت نجف به فقه و اصول بود و سخن گفتن از فلسفه مورد بی‌مهری قرار می‌گرفت. اما با این وجود این شهر، معدودفیلسوفانی را نیز در خود پرورش داد. محمد تقی گلپایگانی نجفی از جمله افرادی بود که در نجف علوم عقلی تدریس می‌کرد.^‏[۱]‎ پس از وی ملاحسینقلی همدانی (متوفی ۱۳۱۱ق) در این شهر رحل اقامت افکند. وی شاگرد ملاهادی سبزواری بود و سبزواری شارحِ شهیر صدرالدین شیرازی. ملا حسینقلی حکمت متعالیه را در نجف تدریس می‌کرد. سید حسین بادکوبه‌ای (متوفی ۱۳۵۸) دیگر فیلسوفی بود که در جوار بارگاه امیرالمومنین^(ع)، به تدریس فلسفه مشغول بود و علامه سید محمد حسین طباطبایی از شاگردان وی محسوب می‌شد.

اگرچه معدود بوده‌اند فیلسوفانی که همّت کردند و در نجف به تدریس فلسفه اهتمام ورزیدند، اما فقیهانی هم بودند که فلسفه خواندند و اندیشه‌های فلسفی در استنباط‌های فقهی‌شان اثرگذار بود. ملا محمد کاظم خراسانی  فقیه برجسته نجف از جمله فقهایی بود که نزد ملاهادی سبزواری درس خواند. وی برخی نگرش‌های فلسفی خود را در مهم‌ترین اثرش «کفایه الاصول» طرح کرد.^‏[۲]‎

اما ورود فلسفه‌های غربی، حوزه نجف را نیز به تکاپو انداخت تا پاسخ‌های مناسبی به پرسش‌های فلسفی ارایه گردد.^‏[۳]‎ محمد‌رضا مسجد‌شاهی (متوفی ۱۳۶۲ق) کتاب «نقد فلسفه داروین» را در سال ۱۳۳۱ق در نجف اشرف نوشت. محمد جواد بلاغی (متوفی ۱۳۵۲ق) نیز در همین شهر بود که کتاب «انوار الهدی» را در نقد فلسفه داروین به رشته  تحریر درآورد. فلسفه‌های غربی چنان گسترش یافته بود که سید عبدالاعلی سبزواری از مراجع تقلید شیعه در تفسیر مواهب الرحمن نیز فرضیه داروین را به نقد کشید.^‏[۴]‎

دیگر فیلسوفی که اندیشه‌های غربی را به چالش کشید، سید محمد باقر صدر بود. او کتاب «فلسفتنا» را نگاشت. شهید صدر در این کتاب با آن‌که در ظاهر، نامی از اندیشه‌های فلسفی غرب نمی‌آورد، اما به‌واقع، چالشی جدی را با این اندیشه‌ها پیش می‌کشید. مواجهه صدر با فلسفه‌های غربی به‌گونه‌ای پرورده و پُخته بود که محمد شوقی، استاد دانشگاه قاهره از وی می‌پرسید در کدام یک از کالج‌های اروپایی دانش آموخته است؟! پاسخ شهید صدر این بود که در هیچ‌یک از دانشگاه‌های خارجی درس نخوانده و طلبه حوزه علمیه و مساجد نجف است. دکتر شوقی به نزد دکتر ذکی نجیف محمود رفت و در خواست کرد که این اثر به زبان انگلیسی ترجمه شود. پس از ترجمه این کتاب، روژه گارودی فیلسوف شهیر فرانسوی هم زبان به تحسین گشاد و آن اثر را اندیشه‌های دقیقی دانست که بر اساس روش نظام‌مند و صحیحی عرضه شده است.^‏[۵]‎

فلسفتنا، تفاوت‌هایی با دیگر آثار فلسفی داشت. شیوه‌ی کتاب در بحث فلسفی، به عکس روش معهود و معروف بود. در شیوه‌های سابق، بحث‌های فلسفیِ صرف، زمینه‌ساز و مقدمه بحث‌های انسانی از جمله مسایل اجتماعی قرار می‌گرفت؛ اما در شیوه  صدر، روشی متمایز از این موضوع در پیش گرفته شد. شهید صدر از این مهم هم غافل نبود که هر اندازه تفسیر فلسفی ما از هستی و حیات و زندگانی روشن باشد، رهیافت‌های اجتماعی و سیاسی نیز به همان میزان کارگشا خواهند بود. وی در طرح فلسفی خود این‌گونه حکم کرد که هر رأیی که در مورد نظام‌های سیاسی و اجتماعی بشر داده می‌شود بستگی به موفقیت تفسیر فلسفی آن نظام در تصویر حیات و دریافت آن دارد.^‏[۶]‎ شهید صدر در اندیشه فلسفی خود بر این نکته تأکید می‌ورزید که عقل استدلالی به تنهایی برای اثبات حقیقت کافی نیست؛ بلکه باید با آمیخته‌ای از معارف دیگر آن‌را کامل گرداند.

معرفت‌شناسی صدر بر این پایه استوار شده بود که فلسفه استدلالی را با دیگر فلسفه‌ها آشتی داده و سپس آن را با وحی مرتبط گرداند و با عقاید شیعه تطبیق دهد.^‏[۷]‎ در نظر شهید صدر، یقینی‌ترین معرفت،  نوع وحیانی آن است. این نوع معرفت همان است که عقل نیز آن را تأیید می‌کند. در اندیشه صدر، معرفت وحیانی در انطباق کامل با معرفت عقلانی و معرفت عرفانی است. آیت‌ﷲ سید کمال حیدری از شاگردان شهید صدر خاطره‌ای را از شهید صدر نقل کرده است. وی می‌گوید زمانی به نزد شهید صدر رفتم و از ایشان پرسیدم که اگر کسی از شما سؤال کند که محمدباقر صدر چگونه محمد باقر صدر شد، شما چه پاسخی می‌دهید؟ ایشان لبخندی زدند و گفتند سؤال خوبی است؛ بنده اگر با این سؤال مواجه شوم می‌گویم باقر صدر مساوی است با ۱۰ درصد مطالعه و ۹۰ درصد تفکر.^‏[۸]‎

با این شیوه بود که سید محمد باقر صدر توانست به مواجهه با فلسفه‌های غربی برود و مبانی اندیشه اسلامی را تحکیم کند. با این شیوه است که صدر حتی اگر در آکادمی‌های اروپایی تحصیل نکرده باشد، می‌تواند مبانی اندیشه غربی را به چالش بکشد؛ فیلسوفی که پرورش‌یافته حوزه و مساجد نجف بود.