در دی ماه ۱۲۸۷ شیخ فضل ﷲ نوری مورد سوء قصد قرار گرفت. وی جزو نخستین علمای تهران بود که با سید عبدﷲ بهبهانی و سید محمد طباطبایی هم‌صدا شد و حرکت ضد استبدادی آنان را تقویت کرد. او در مهاجرت دسته‌جمعی و اعتراض‌آمیز علما به قم هم که به مهاجرت کبری مشهور شد، شرکت کرده بود. این مهاجرت اعتراضی سبب شده بود که شاه و دربار در مقابل خواستهٔ آنان سر خم کند و مجلسی برای تدوین قانون اساسی تشکیل دهد. شیخ فضل ﷲ اما بر سر مسئلهٔ مشروطه‌ای با قید مشروعه تأکید می‌کرد. این تأکید او باعث جدایی‌اش از مشروطه‌خواهان شد.

شیخ فضل ﷲ از آن پس، رهبری مذهبی مشروعه‌خواهان را بر عهده داشت. زمانی که درگیری میان این دو طیف بالا گرفته بود، گروهی از مشروعه‌خواهان در میدان توپخانهٔ تهران جمع شدند. در آن جمع، تعدادی از روحانیون به سخنرانی پرداختند و از مشروطه‌ای بدون قید شریعت، اعلام انزجار کردند. در آن جمع، فردی با نام میرزا عنایت صراف که تحمل ناسزاگویی به مشروطه را نداشت، برخاسته و به اعتراض پرداخته بود. وی در آن جمعِ احساسی مورد ضرب و شتم قرار گرفت و جان داد. مشروعه‌خواهان سپس جسد او را بر درختی آویزان کردند. حتی فردی به نام اعتماد السادات که فرزند یکی از روضه‌خوان‌های پایتخت بوده، پس از کشته شدنِ میرزا عنایت، با قلم‌تراشِ خود چشمان او را بیرون آورد. وی در حالی که به این کار خود می‌بالیده می‌گوید: «ای مردم! روز محشر در خدمت جدّم گواهی دهید که من اول کسی بودم که چشمان یک مشروطه‌خواهِ متعصب را از جایش کندم».

این گزارش‌ها نشانهٔ اوجِ فضای احساسی حاکم بر آن دوران است. پس از این واقعه در شهر پیچید که عامل اصلی برگزاری تجمع میدان توپخانه، شیخ فضل ﷲ نوری بوده است. تیر انتقادات به سمت شیخ فضل ﷲ نشانه رفت.

در این زمان مشروطه‌خواهان در تبریز توانسته بودند به پیروزی‌هایی دست پیدا کنند. این امر سبب شده بود که در سایر نقاط ایران، آشکارا به بدگویی مخالفان مشروطه بپردازند. در این ایام خبر درگذشت آیت‌ﷲ میرزا حسین تهرانی در نجف اشرف هم به تهران رسید. میرزا حسین تهرانی بعد از میرزای شیرازی، زعامت شیعیان را بر عهده گرفته بود. از او در کنار سید محمد کاظم خراسانی و سید عبدﷲ مازندرانی به عنوان رهبران مشروطه یاد می‌کنند. با درگذشت وی، مجالس ختم و سوگواری بسیاری برگزار شد و مشروطه‌خواهان را منسجم‌تر کرد. در این مجالس، شیخ فضل ﷲ نوری به عنوان عامل اصلیِ مخالفت با مشروطه معرفی گردید. در این زمان مشروطه‌خواهان به تشکیل جلسات محرمانه و سری هم پرداختند. انجمنی به نام بین الطلوعین تشکیل شد. جلسات این انجمن در منزل ابراهیم حکیمی- نخست وزیر محمد رضا شاه پهلوی پس از شهریور ۱۳۲۰- تشکیل می‌شده است. عبدﷲ شهبازی تاریخ‌نگار معاصر ادعا کرده است که اکثر اعضای این انجمن را بابی‌ها و بهایی‌ها تشکیل می‌داده‌اند. از نکات این انجمن حضور سید محمد صادق طباطبایی فرزند آیت‌ﷲ سید محمد طباطبایی، همچنین حضور فردی به نام آقا سید قریش از اعضای بیت آیت‌ﷲ طباطبایی در آن است. در این جمع، حتی شیخ مهدی فرزند شیخ فضل ﷲ نوری نیز حضور داشته است.

گرایش‌های تروریستی در میان انجمن بین الطلوعین از همان اوایل مشخص بوده. گفته می‌شود در یکی از این جلسات، طرح ترور سید عبدﷲ بهبهانی مطرح می‌شود که سید محمد صادق طباطبایی با آن مخالفت می‌کند. این انجمن اما به مرور، گرایش‌های خود را آشکارتر می‌کند و ماجرای ترور شیخ فضل ﷲ نوری را کلید می‌زند. آنها انجمنی دیگری به نام کمیتهٔ مجازات نیز ایجاد کردند. آنها تصمیم گرفتند به حذف افرادی بپردازند که به زعم آنها به کشور خیانت می‌کنند و سد راه آزادی‌اند.

کریم دواتگر، جوانی ۳۵ ساله موظف می‌شود که شیخ فضل ﷲ را از پای در آوَرَد. در شامگاه جمعه، شیخ فضل ﷲ در منزل ظهیر الاسلام بود. (ظهیر الاسلام امام جمعهٔ تهران بود. وی پدر همسر محمد مصدق بود.) شیخ فضل ﷲ نوری در راه بازگشت از منزل وی، مورد سوء قصد قرار می‌گیرد. عین السلطنه این ماجرا را در خاطرات خود این‌گونه نقل کرده است: «یکشنبه ۱۷ ذی الحجه؛ تفصیل مجروح شدنِ شیخ را مفصلاً از شاهزاده ملک آرا و آقای عماد السلطنه که هر دو به عیادت رفته بودند شنیدم. یک ساعت و نیم از شب گذشته در جلو خانه عضدالملک خیابان جلیل‌آباد از کالسکه پیاده شده که به سمت خانه تشریف ببرند. الاغ و فانوس برای آقا آورده بودند. شیخ می‌گوید سرد است، پیاده می‌رویم. آقا علی اکبر نوهٔ آقا جمال بروجردی جزو لاینفک آقا همراه بوده و با آن فانوس‌کِش، میرزا حاجی آقا دماوندی و یک طلبه دیگر هم بودند. شیخ که از جلو خانه به کوچه پشت خانه عضدالملک وارد می‌شود، عبدالکریم نام زنجانی دواتگر به سمت شیخ تیری خالی می‌کند که فوراً شیخ به زمین می‌افتد. فوراً حاجی آقا مهلت نداده، فانوس را رها کرده جلوی عبدالکریم می‌رود. دو تیر پی در پی به مشار الیه می‌خورد، یکی به شانه و دیگری به پایش. آن وقت عبدالکریم (کریم دواتگر) خودش را هدف تپانچه می‌کند. تیر خودش هم کاری نمی‌شود. گلوله لُپ او را سوراخ کرده بیرون می‌رود. چند نفری از این صدا جمع شده، هر سه چهار نفر را به یک خانه می‌برند و معلوم می‌کنند زخم هیچ‌کدام مهلک نیست. شیخ از ران چپ مجروح شده، یعنی گلوله، ران را لیسیده و رد شده و فرو نرفته است. یکی دو ساعت بعد شیخ را منزل می‌برند و ضارب را اداره پلیس دستگیر می‌کند و از آنجا به باغ شاه می‌برد.»(خاطرات عین السلطنه، ج ۳، ص ۲۲۵۸)

مُحرر شیخ فضل ﷲ نیز نامه‌ای برای فرزند شیخ فضل ﷲ در نجف نوشت و این واقعه را توضیح داد. او گفت: «تیری که شیخ خورده تنها زخمی برداشته و زخمش کاری نیست، ولی خود زننده (کریم دواتگر) حالش بد می‌بود و از آسیب گلوله سخن گفتن نمی‌توانست. این بود که هر چه پرسیدند پاسخی نگرفتند و تنها از مُهرش دانستند که نامش کریم است. فردا نیز جست‌وجوهایی کردند و دانستند پیشه دواتگری داشته است. به هر حال او را نگه داشتند و چون زخمش بهبودی یافت زنجیر به گردنش زده به زندان فرستادند». (تاریخ مشروطه ایران، ص ۸۳۰)

کریم دواتگر را به زندان بردند. او در زندان اعتراف کرده بود که با میرزا نجات خراسانی در ارتباط بوده است. میرزا نجات از اعضای فعال انجمن بین الطلوعین و فردی بهایی‌مذهب بود. شیخ فضل ﷲ علی‌رغم اصرارهای اطرافیان، به اعدام کریم دواتگر رضایت نداد. دواتگر اما بعد از انجام چندین ترور دیگر، توسط یکی دیگر از اعضای کمیتهٔ مجازات، ترور شد.

شیخ فضل ﷲ نوری از این سوء قصد، جان به سلامت برد. چند سال بعد اما او را به چوبهٔ اعدام سپردند؛ اعدامی که نقطه‌ای تاریکی را برای مرجعیت شیعه رقم زد.