فلسفه صدرایی اگرچه امروز یکی از اصلی‌ترین آموزه‌های فلسفه اسلامی است، اما تا مدت‌ها پس از درگذشت صدرالمتألهین، نظم و نسقی نداشت. ملامحسن فیض کاشانی، قاضی سعید قمی، آخوند اسماعیل خواجویی و محمد بیدآبادی یکی پس از دیگری کوشیدند تا فلسفه صدرایی را انضباطی دهند و به عنوان یکی از مکاتب فکری اسلامی عرضه کنند، اما تا ملا علی نوری در نرسید این مهم سرانجام نیافت. ملای نوری بود که توانست فلسفه صدرایی را مضبوط و مشخص کند و از پراکندگی به در آورد.

ملا علی نوری از شارحان اندیشه صدرالمتألهین بود. او قریب به صد سال زندگانی کرد و هفتاد سال را به تدریس و تفحص در آراء صدرای شیرازی گذراند. او بود که کلیه افاضل عصر خود را متوجه اهمیت حکمت متعالیه به سبک ملاصدرا کرد. گفته می‌شود که اگر وی ظهور نمی‌کرد، حکمت صدرایی نیز مغفول می‌ماند و مقام واقعی خود را به دست نمی‌آورد.

برخی او را در تربیت شاگردان، بر ملاصدرا نیز مقدم داشته‌اند. نوشته‌اند که حوزه درسی ملاعلی نوری در اصفهان، محفل مشتاقان حکمت و عرفان در ایران بوده و متجاوز از ۴۰۰ شاگرد شایسته در مجلس درس وی حاضر می‌شده‌اند. در این جلسات افرادی چون ملاهادی سبزواری، آقا محمد رضا قمشه‌ای و حکیم مدرس زنوزی نیز حضور داشته‌اند. از همین روست که منشأ فکری «مکتب فلسفی تهران» را منتسب به ملا علی نوری می‌کنند. مکتب تهران به واسطه شاگردان وی تأسیس شد. به گفته سید حسین نصر، منشأ مکتب تهران را باید در مکتب اصفهان اوایل قرن سیزدهم و حلقه ی ملا علی نوری جستجو کرد .

در مورد اثر گذاری او در مکتب تهران گفته می‌شود: «در ایامی که میرزا شفیع مازندرانی صدر اعظم فتح‌علی‌شاه بود، شاه قاجار سالی به عزم گردش در قراء نور وارد قریه» واز «شد. وی چون از شهرت فراوان مرحوم ملاعلی نوری قبلا آگاه بود، سراغ او را گرفت در نتیجه آخوند به حضور شاه رسید. بخشی از علم حکمت مورد سؤال سلطان قرار گرفت. پاسخ‌های آخوند به حدی محکم، جامع و مستدل و عمیق بود که سلطان قاجاری که خود بهره‌ای از حکمت و عرفان داشت، فریفته وی شد و پی برد که او از لحاظ علوم حکمت الهی و فلسفه و عرفان صاحب نظریاتی عمیق است. سلطان از وی تقاضا کرد که برای ارشاد خلق به پایتخت بیاید و حتی در همان لحظه به میرزا شفیع صدر اعظم دستور داد در تهران مدرسه‌ای برای وی بنا کند. ملا علی نوری تقاضا کرد که اجازه داده شود در اصفهان بماند و در همانجا به تربیت شاگردان همت گمارد » ملا علی نوری با این پیشنهاد موافقت نکرد اما علی مدرس پسر آقا عبدﷲ مدرس نقل کرده است: «زمانی که مرحوم محمد حسن خان مروی، مدرسه مروی در تهران را ساخت از فتح‌علی‌شاه تقاضا کرد ملا علی نوری را از اصفهان برای تدریس معقول به تهران احضار نماید تا در آن مدرسه تدریس فرماید. پس از ابلاغ احضار، مرحوم ملا علی نوری در جواب نوشت که در اصفهان قریب به دو هزار طلبه مشغول تحصیل‌اند، که چهارصد نفر بلکه متجاوز به مجلس درس این دعاگو حاضر می‌شوند. چنانچه در تهران بیایم موجب پریشانی این همه طلاب علم خواهد شد. پس از رسیدن جواب، مرحوم خان مروی استدعا نمود که مجدداً امر صادر و فرمایش شود که یکی از تلامذ خود را که لایق دانند روانه‌ دارالخلافه کنند، که ملاعبدﷲ زنوزی به تهران آمدند و مکتب تهران تأسیس گردیده و تداوم یافت.»

ملا علی نوری اگرچه خود به تهران نرفت و مکتب اصفهان را زنده نگه داشت اما آقا علی مدرس زنوزی را به تهران فرستاد. زنوزی بود که توانست به همراه برخی دیگر از شاگردان ملا علی نوری، مدرسه فلسفی تهران را بنا بگذارد.

ملا علی نوری اگرچه قریحه‌ای فلسفی داشت و به تعلیم فلسفه می‌پرداخت اما منش او به گونه‌ای بود که حساسیت فقها را برنمی‌انگیخت. عقل و درایت این فیلسوف تا سرحد کمال بود و از همین رو، با درک وضع محیط و اجتماع زمان، هرگز دیگران را علیه فلسفه بسیج نکرد. ملا علی نیز هیچ‌گاه در صدد هتک احترام فقها و مجتهدان برنیامد. بر همین اساس بود که بانفوذترین علما و فقها هم به او اظهار ارادت می‌کردند. او توانسته بود هفتاد سال بر اساس همین رویّه به تربیت شاگردانی در زمینه فلسفه بپردازد.

ملا علی نوری اگرچه دلبسته فلسفه و عرفان بود اما از توجیهات عرفانی اشعار و اقوال تبری می‌جست. بنای او بر این بود که عارفان لزوماً همهٔ سخنان خود را بر اساس مشرب عرفانی بازگو نمی‌کنند. نقل شده است که شخصی از شاگردان وی سؤالی نوشت که چه معنی دارد که حافظ چنین شعری گفته است: می دو ساله و محبوب چارده ساله / همین بس است مرا صحبت صغیر و کبیر؛ و آن را به خدمت ملا علی نوری فرستاد. چون عرفا می‌گویند مراد حافظ از محبوب چارده ساله پیغمبر است که در چهل سالگی مبعوث شد و چهار ضربدر ده می‌شود چهل.

آخوند ملا علی در جواب نوشت: نور هر دو چشم من، معنی می دو ساله آن شرابی است که دو سال مانده باشد و گویند که تأثیر چنین شرابی برای مستی بیشتر از شراب‌های دیگر است؛ و مراد از محبوب چارده ساله جوانی است که سن او چهارده باشد و بر پشت لبش سبزه‌زار شده باشد و اهل ذوق گویند که با آن اَمرَد صحبت داشتن الذّ است، و حافظ غیر از این معنی اراده نکرده است. آنچه عرفا توجیه و تأویل می‌کنند خلاف است و مراد حافظ نبوده است.

ملا علی نوری کوشیده بود تا بر هر سخنی، صبغه عرفانی نکشاند و آن را توجیهات غیر واقعی نکند.

ملا علی نوری پس از یک قرن زندگانی فلسفی و معنوی در اصفهان بدرود حیات گفت. جنازه او بر اساس وصیتش در نجف و در کفش‌کنی حرم حضرت امیر^(ع) به خاک سپرده شد.