تحقیق و پژوهش، عامل اصلی در بهره‌برداری از داشته‌های علمی است، اما عدم توجه کافی به این امر مهم در حوزه‌های علمیه باعث می‌شود توان علمی طلبه‌ها در سمت و سوی تولید علم قرار نگیرد. هزاران طلبه سالیان درازی را در حوزه به تحصیل می‌پردازند اما به دلایلی، توانمندی لازم برای استفاده از ذخیره علمی خود را ندارند. به چند نکته در این زمینه اشاره شده است:

۱- استادی می‌گفت ۳۰ مرتبه کتاب کفایه را خوانده است و برای تدریس روزانه، چند ساعت هم وقت می‌گذارد. این استاد به‌گونه‌ای درس را برای ما سخت می‌کرد که هنوز هم اسم این کتاب‌ها ما را به وحشت می‌اندازد. ما که پای درس این استاد محترم می‌رفتیم، برایمان قطعی شده بود که ما طلبه‌ها از نظر علمی توان علمی خاصی نداریم و فکر نوشتن در زمینه علوم اسلامی را کاری بس سخت و دشوار می‌پنداشتیم. تقریبا در بسیاری از کلاس‌های حوزه، این روال مشاهده می‌شود. قطعا استاد می‌خواهد با این تاکیدات، شاگردان را تشویق به درس خواندن بیشتر کند، اما نتیجه تضعیف روحیه و اعتماد به نفس طلبه‌ها است. اما توجه داشته باشید همین طلبه‌ها وقتی پای به مراکز دیگر همچون دانشگاه می‌گذارند، اساتید از همان سال اول، آنها را تشویق می‌کنند که دیدگاه‌های ولو سطحی خود را بنویسند و همین مساله، مسیر نوشتن و پژوهش را به زودی فراهم می‌کند. خلاصه آنکه انگیزه و اشتیاق به نوشتن، نقطه شروع کار پژوهشی است که در بین طلاب باید تقویت شود.

۲- داشتن انگیزه، قدم اول در این زمینه است. کسی که می‌خواهد کار علمی انجام دهد، نیاز به مهارت پژوهشی دارد. اینگونه نیست که یک فرد با انگیزه، بدون آموزش بتواند کار پژوهشی انجام دهد. در دروس رسمی حوزه علمیه، در هیچ مقطعی درس‌های روش‌شناسی و روش تحقیق گنجانده نشده است. از این رو ممکن است یک طلبه بعد از ۱۵ سال تحصیل، از نوشتن یک نامه یا درخواست کوتاه ناتوان باشد. اگر چه در سال‌های اخیر در دوره مقدمات، از طلبه‌ها می‌خواهند تحقیقاتی ارائه کنند اما نکته این است که در این زمینه، آموزش خاصی در مدارس ارائه نمی‌شود و طلبه به خاطر گرفتن نمره، مجبور است خود را به آب و آتش بزند و احیانا از روی کتاب یا از طریق اینترنت، متنی را پیدا کند و خود را خلاص کند. از این رو گنجاندن چند واحد درسی در میان دروس حوزه می‌تواند حداقل مهارت‌های پژوهشی را به طلبه‌ها منتقل کند. نگاهی به وضعیت پایان‌نامه‌های طلبه‌ها می‌تواند روشنگر این بخش باشد. طلبه‌ای که ۱۲-۱۰ سال در حوزه درس خوانده، باید پایان‌نامه سطح سه را بنویسد، اما حتی نمی‌داند باید از کجا شروع کند و چه کاری باید انجام دهد. همین مساله باعث شده است عده بسیاری از طلبه‌ها از خیر نوشتن پایان‌نامه بگذرند؛ پایان‌نامه‌هایی که می‌تواند سرمایه علمی مغتنمی بر تولیدات حوزه علمیه باشد.

۳- امروزه روش‌شناسی از بخش‌های اصلی هر علمی محسوب می‌شود و وجه تمایز یک علم از علم دیگر را روش علم بیان می‌کنند. در حوزه علمیه، علوم مختلفی از قبیل فقه و اصول، کلام، تفسیر، فلسفه، اخلاق و… خوانده می‌شود، اما کمتر از منظر روش‌شناسی به این علوم توجه می‌شود و همین مساله باعث می‌شود طلبه پس از سال‌ها تحصیل در این علوم، نتواند به خوبی بر روش این علوم تسلط پیدا کند و این در حالی است که اگر طلبه‌ای روش یک علم را بداند، حتی اگر کتاب‌های کمی هم درباره آن علم خوانده باشد، با دانستن روش، می‌تواند تسلط خوبی بر آن علم داشته باشد. در واقع قدم اصلی در یافتن ذهنیت پژوهشی، شناخت این روش‌ها خواهد بود.

۴-تقریرنویسی و حاشیه‌نویسی، از سنت‌های حوزوی بود که مسائل پژوهشی طلاب را سر و سامان می‌داد. طلبه‌ها دروس اساتید را می‌نوشتند و همین مساله علاوه بر آنکه تسلط طلبه را بر درس استاد دوچندان می‌کرد، قدرت نوشتن را نیز ایجاد می‌کرد. طلبه‌ها بعد از چند سال شرکت در دروس خارج و نوشتن‌ها، کم‌کم سعی می‌کردند دیدگاه‌های خود را نیز در حاشیه درس استاد یادداشت کنند و همین مساله، ذهنیت پژوهشی و تولید علم را نیز در نزد طلاب تقویت می‌کرد. امروز به هر دلیلی سنت تقریرنویسی و حاشیه‌نویسی در بین طلاب کمرنگ شده، و جای آن نیز هنوز با روش‌های دیگر پر نشده است.