شاید برگزیدن رأیی اعتدالی در منش دینی، امر سهل الوصولی نباشد. برخی بر جنبه‌های نقلی دین انگشت تأکید گذاشته‌‌اند، عده‌ای وجوه عقلی دینداری را در نظر آورده‌اند، برخی هم به آموزه‌های عرفانی نظر کرده‌اند. آنچه مسلّم است اینکه امر دین، فراتر از همهٔ این عرصه‌هاست و نگاهی متعالی‌تر را می‌طلبد. شیخ بهایی از جمله عالمانی بود که می‌توان اعتدال دینی را در منش وی نظاره کرد.

سیره‌ای که او برگزیده است، نه به صرف الزامات عقلی است و نه محدود بر معتقدات نقلی. شیخ بهایی آمیزه‌ای از هر دو مسلک را گرفته و منش دینداری خود را ترسیم کرده است.

سعید نفیسی در مورد این‌گونه رفتار شیخ بهایی گفته است: «شیخ بهایی در اندرون خانه هر یک از آنان اقامتگاهی محکم و آراسته دارد، در مسجد و میخانه، در مدرسه و خانقاه، در صومعه و خرابات، هرکجا قدم بگذاریم نام و نشان بلند و نمایانی از شیخ به جا مانده است. کیست جز او که توانسته باشد آب و آتش را به هم آمیخته از شاه و گدا عارف تا عامی امیر تا حقیر غنی تا فقیر همه را به خود راه دهد و در میان همه راه یابد؟» (سعید نفیسی به نقل از محمد باقر الفت، کلیات اشعار شیخ بهایی، ص ۷۸)

در نظر شیخ بهایی، اگر دانشی لقب دینی بر خود می‌گیرد، باید راهی به سعادت آدمی هم بگشاید. وی بر این باور بود که در راه کسب دانش، باید ابتدا قلب را از تعصب و تقلید خالی گردانیم، روی به حق آوریم تا شک و تردید را از دل بیرون کند. (الوحده الوجودیه، شیخ بهایی، ص ۳)

وی از دینداری، سعادت‌بخشی را انتظار می‌بُرد. این مهم در نظر او به صرفِ در افتادن در معارف علمی به دست نمی‌آمد. اینکه آدمی تمامی تلاش خود را به مداقه‌های عقلانی سپری کند، نمی‌تواند به کُنه دیانت نائل گردد.

این رَویّهٔ شیخ در بحث از عذاب قبر و چگونگی آن، نمایان است. وی در این بحث اشاره می‌کند که عذاب قبر، مورد اجماع است و قرآن کریم و احادیث بر وقوع عذاب برای گنهکاران در برزخ دلالت دارند. اغلب ادیان نیز بر چنین اعتقادی هستند و به انکار این موضوع نپرداخته‌اند. شیخ بهایی تأکید می‌کند، حال که چنین موضوعی مورد تأیید است، دیگر وارد شدن در جزئیات آن سودی به حال دینداری ندارد و جز تلاشی بیهوده نیست. او می‌گوید آنچه بر ما واجب است، همین تصدیق اجمالی عذابی است که پس از مرگ و پیش از حشر از برای مستحقان این عذاب واقع می‌گردد. ولی اینکه عذاب مورد بحث چگونه است و تفاصیل آن چیست، چیزی نیست که ما به آن مکلّف باشیم. تفاصیل و چگونگی وقوع این امور، چیزی نیست که عقل ما بدان راه یابد؛ پس می‌سزد که بحث و فحص از آن تفاصیل را فرو گذاریم و اوقاتمان را به کاری که مهم‌تر باشد مصروف داریم. (الأربعون حدیثا، ص ۲۸۳)

شیخ بهایی با صرف نظر از تفحص در جزئیات این مسئله، در عمل راه خود را از دو گروه جدا کرده است؛ یکی فیلسوفانی که می‌کوشند در چنین جزئیاتی جست‌وجوهای صرف منطقی کنند و از آنچه در برزخ می‌گذرد موشکافی‌های فلسفی داشته باشند. و دیگری اخباریان افراطی که در برابر این مسئله، به اخبار آحادی که اطمینان‌آور نیست اعتماد می‌کنند.

شیخ سپس بیان می‌کند: آنچه مهم‌تر است، آن چیزی است که می‌تواند این عذاب را از ما دفع کند. حال کیفیت و تفاصیل عذاب هر گونه که می‌خواهد باشد. آنچه عذاب را از آدمی دور می‌کند، مواظبت بر طاعات و اجتناب از منهیات است. احوال کسی که به جای کوشش برای نجات از این عذاب، اوقات خود را مصروف بحث و جدل در باب تفاصیل و کیفیات آن می‌کند، مانند کسی است که سلطان او را گرفته و به زندان انداخته باشد تا فردا روز دست و بینی‌اش ببُرد، آن‌گاه او به جای آنکه راه خلاص بجوید، تمام شب را در این اندیشه سر کند که آیا دست و بینی‌اش را به خنجر خواهند برید یا به شمشیر؟ و آیا این کار را زید بر عهده خواهد گرفت یا عمرو؟ (الأربعون حدیثا، ص-۲۸۴)

این سخن را سابق بر شیخ بهایی، جلال الدین مولوی هم این‌گونه به نظم کشیده بود:

در گشاد عقده‌ها گشتی تو پیر/ عقدهٔ چندی دگر بگشاده گیر

عقده‌ای کان بر گلوی ماست سخت/ که بدانی که خسی یا نیکبخت

حلّ این اشکال کن گر آدمی/ خرج این کن دم، اگر آدم دَمی

حدّ اعیان و عرض دانسته گیر / حد خود را دان که نبود زین گزیر

عمر در محمول و در موضوع رفت/ بی بصیرت عمر در مسموع رفت

هر دلیلی بی‌نتجه و بی اثر/ باطل آمد در نتیجهٔ خود نگر

… می‌فزاید در وسایط فلسفی/ از دلایل باز بر عکسش صفی…

شیخ بهایی اگرچه سعادتمندی را فراتر از در افتادن در مباحث فلسفی می‌دانست، اما با حکمت مرسوم و فلسفه نیز آشنا بود. آنچه مهم است، دغدغهٔ درآویختن او با فیلسوفان نبود. شیخ بهایی در کتاب الحدیقه الهلالیة نشان داده بود که از توان فلسفی بالایی بهره‌مند است. وی با ادلهٔ بسیار در بحث از خرق افلاک وارد شده بود و مخالفان را با ادلهٔ عقلی، به سکوت کشانده بود. (دانشنامه جهان اسلام ۴/۶۶۶)

حکمت عقلی تا بدانجا که راهی به سعادت می‌گشاید مورد تأکید شیخ بود. وی اما علاوه بر معقولات، منقولات را نیز در عرصهٔ دینداری مورد تأکید قرار می‌داد. او در کتاب اربعین می‌گوید: «شیخ صدوق در کتاب امالی نقل کرده است که امیر المومنین^(ع) به پیامبر از داشتن قرض شکوه کرد، حضرت فرمودند یا علی این دعا را بخوان: «ﷲم أغننی بحلالک عن حرامک و بفضلک عن من سواک»». شیخ بهایی بعد از نقل این حدیث می‌گوید: یک وقتی قرض من زیاد شد تا اینکه از ۱۵۰۰ مثقال طلا تجاوز کرد و صاحبان قرض در درخواست مال خود سخت‌گیری می‌کردند تا اینکه همّ و غمّ من بدان مشغول شد و از کارهایم باز می‌ماندم تا اینکه چند روزی بعد از نماز صبح و برخی موقع هم بعد از دیگر نمازها، این دعاها را می‌خواندم، پس خدای تعالی به زودی اسباب ادای قرض را از راه‌های ناشناخته برایم فراهم نمود. (شرح اربعین، ترجمه ابن خاتون، ص ۲۲۰).

سلوک رفتاری شیخ بهایی به گونه‌ای بود که اگرچه بر دانش‌های عدیده‌ای عالم بود و هر کدام را راهی به مقصود می‌دانست، اما هیچ‌گاه این دانش‌ها او را از تمسک به احادیث منقوله باز نداشت و از آنها کسب معرفت و معنویت می‌کرد.

او برای رسیدن به کسب حقیقت از هر دانشی پرسشی کرده بود. شیخ بر سیرهٔ اصحاب وحدت وجود هم به دیدهٔ انکار نظر نکرده بود. در زمانه‌ای که انواع اتهامات را بر داعیه‌داران عرفان وارد می‌کردند، شیخ بهایی از درِ دفاع از این جماعت بر آمده بود. وی در دفاع و توجیه قول به وحدت وجود رساله‌ای به عربی نگاشت. در مقدمهٔ آن اثر نوشته بود: «از آنجا که کلمات صوفیه خارج از طور عقل است، سبب فتنه بین مردم شده است و مورد انکار و محل تهمت قرار گرفته است. به خصوص مسئلهٔ وجود و قول به وحدت آن سبب تکفیر عده‌ای از مردم شده است.» از همین روی وی سبب تألیف این رساله را چنین می‌نگارد: «من در این رساله بر آنم که کلمات صوفیه را تلخیص کنم و مراد ایشان را از گفتارشان روشن سازم تا محل نزاع تحریر شود و پذیرش و عدم پذیرش آسان گردد و مردود از مقبول تمیز داده شود.»

و ادامه می‌دهد: «اگر از من بپرسی که اعتقادت در مورد صوفیه چیست آیا در صدق ایشان شک داری و یا از جانب پروردگارت بینّه‌ای در مورد ایشان داری؟ می‌گوید: «من از جانب پروردگارم در مورد ایشان بیّنه دارم و به ایمان ایشان یقین دارم و بحمدﷲ تعالی بعضی از آنچه را آنها چشیده‌اند چشیده‌ام و برخی از آنچه را یافته‌اند یافته‌ام…»» (الوحدة الوجودیة، شیخ بهایی، صص ۳-۶)

شیخ بهایی بیم داشت که یک جنبه از دانش سبب شود تا از رسیدن به حقیقت مانعی حاصل آید. وی حتی دانش‌های فقه و حدیث را هم به صرفِ دانش‌اندوزی و عدم توجه به سعادت‌بخشی آن، موجب گمراهی می‌دانست.

علم فقه و علم تفسیر و حدیث/ هست از تلبیس ابلیس خبیث

زان نگردد بر تو هرگز کشف راز/ گر بود شاگرد او صد فخر راز

از همین روی بود که از عالمانی که به دانش خود غرّه شده‌اند تبری می‌جست و خود را کافر می‌خواند.

زاهد، به تو تقوی و ریا ارزانی/ من دانم و بی‌دینی و بی‌ایمانی

تو باش چنین و طعنه می‌زن بر من/ من کافر و من یهود و من نصرانی (شیخ بهایی، رباعیات، صص ۱۳۵)

شیخ بهایی با سعهٔ صدر و فراخی دانشی که داشت، راه سعادت را در سایر گرایشات دینی جست‌وجو می‌کرد. وی نه به دیدهٔ انکار بر دانشی می‌نگریست و نه تمسک بر یک نحله را وافی به مقصود نهایی می‌دانست. و این شیوه‌ای بود که اعتدال دینی را برای وی به ارمغان آورده بود.